TMEM39B - TMEM39B
| TMEM39B | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторлар | |||||||
| Бүркеншік аттар | |||||||
| Сыртқы жеке куәліктер | Ген-карталар: [1] | ||||||
| Ортологтар | |||||||
| Түрлер | Адам | Тышқан | |||||
| Энтрез |
|
| |||||
| Ансамбль |
|
| |||||
| UniProt |
|
| |||||
| RefSeq (mRNA) |
|
| |||||
| RefSeq (ақуыз) |
|
| |||||
| Орналасқан жері (UCSC) | жоқ | жоқ | |||||
| PubMed іздеу | жоқ | жоқ | |||||
| Уикидеректер | |||||||
| |||||||
Трансмембраналық ақуыз 39B (TMEM39B) - бұл адамдарда TMEM39B генімен кодталған ақуыз.[1] TMEM39B бұл а көп жолақты мембраналық ақуыз сегіз трансмембраналық домендермен.[1] Ақуыз плазмалық мембрана мен көпіршіктерге локализацияланған.[1][2] TMEM39B дәл функциясын ғылыми қауымдастық әлі жақсы түсінбеді, бірақ дифференциалды өрнек өмір сүрумен байланысты В жасушалы лимфома, және TMEM39B нокдаунының төмендеуімен байланысты аутофагия жұқтырған жасушаларда Sindbis вирусы.[3][4] Сонымен қатар, TMEM39B ақуызының SARS-CoV-2 ORF9C (ORF14 деп те аталады) ақуыз.[5] TMEM39B тіндердің көпшілігінде орташа деңгейде байқалады, бұл кезде аталық безде, плацентада, лейкоциттерде, бүйрек үсті безінде, тимус пен ұрық миында жоғары экспрессия байқалады.[6][7]
Джин
Адамдардағы TMEM39B гені плюс тізбегінде 1p35.2 орналасқан.[1] Ген 14 экзоннан тұрады және 32.072.031-ден 32.102.866-ға дейінгі аралықта 30.8 кб құрайды.[1] Оның қапталында KHDRBS1 жоғары және KPNA6 ағынмен.[1] TMEM39B ген аймағында сонымен қатар бар микроРНҚ - MIR5585 генін кодтау.[1]
Транскрипт
Әр түрлі промоутерлер шығарған TMEM39B үшін төрт расталған транскрипт нұсқалары бар балама қосу.[1] 1-транскрипт нұсқасы ең ұзын және ең мол белок изоформасына аударылады.
| Транскрипт нұсқасы | RefSeq қосылуы | Ұзындығы (bp) | Сипаттама | Экзондар саны |
| Транскрипт нұсқасы 1 | NM_018056.4 | 1778 б.т. | Изоформаны кодтайды 1 | 9 |
| Транскрипцияның 2-нұсқасы | NM_001319677.1 | 2106 а.к. | Ұзартылған 5 'UTR, изоформаны 2 кодтайды | 9 |
| Транскрипт нұсқасы 3 | NM_001319678.2 | 1542 а.к. | 5 'кодтау аймағының бөлігі жоқ, изоформаны 3 кодтайды | 7 |
| Транскрипт нұсқасы 4 | NM_001319679.2 | 1539 б.т. | 5 'кодтау аймағының бөлігі жоқ, изоформаны 3 кодтайды | 7 |
Ақуыз
Isoforms
TMEM39B үшін үш расталған ақуыз изоформасы бар.[1] Isoform 1 ең ұзын, ал қалған екі изоформалар ағынның төменгі жағында кадр ішіндегі бастау кодонын қолданады.[1]
| Ақуыз изоформасы | Ақуыз мөлшері | Молекулалық салмақ | Сипаттама |
| Isoform 1 | 492 аа | 56 кДа | Ең ұзақ және ең көп изоформ |
| Isoform 2 | 365 аа | 42 кДа | N-терминалында қысқа, кадрда бастапқы кодонды қолданады |
| Isoform 3 | 293 аа | 33 кДа | N-терминалында қысқа, кадрда бастапқы кодонды қолданады |
Жалпы қасиеттері
Адамның TMEM39B белок изоформасы 1 492 амин қышқылынан тұрады және болжанған молекулалық салмағы 56 кДа құрайды.[1] Ақуыздың базальды изоэлектрлік нүктесі (pI) 9,51 құрайды.[10] Адамның протеомының құрамымен салыстырғанда, TMEM39B серин, гистидин және лейцин пайыздық мөлшерінен жоғары және глутамат пен аспартат пайызынан төмен, бұл оны негізге алады.[11] Онда екі жұп тандемді қайталау бар: 21-28 амин қышқылдарынан «GSSG» және 107–114 амин қышқылдарынан «PPSH».[11] 168–195 аминқышқылдарынан бөлек жеті қалдықтың аралықтарында орналасқан төрт лейциннің периодты мотиві бар, ол лейциндік найзағай түзеді деп болжанбайды. 183-202 амин қышқылдарынан үш рет қайталанатын «F..Y» мотиві және 409–416 амин қышқылдарының қалған қалдықтарында фенилаланин мотиві бар.[11] Белгілі бір зарядтау кластері, зарядтың жүруі немесе аралықтары, сондай-ақ сұрыптау сигналдары жоқ.[11]
Топология
TMEM39B изоформасы 1 сегіз трансмембраналық аймақты қамтиды, ал N-терминал мен C-терминал цитозольде орналасады деп болжануда.[9]
Реттеу
Гендік деңгейдегі реттеу
Промоутер
TMEM39B-да GenoMatix ElDorado болжамдаған бірнеше промоутерлік аймақтар бар.[12] Промоутерлердің көпшілігі ұқсас облыста қабаттасады, егер басқа промоутерлерді қолдану бірінші экзонды өткізіп жіберсе ғана.
Транскрипция факторлары
TMEM39B транскрипт 1 нұсқасының промоутерінде көптеген транскрипция факторларын байланыстыратын орындар бар. Транскрипция факторлары SMARCA3, TLX1 және CMYB байланыстыру учаскесінің жанында жоғары аффинділігімен байланыстыратын учаскелері бар транскрипция коэффициенті IIB, сондықтан олар ген транскрипциясының потенциалды реттеушілері болып табылады.[13]
| Транскрипция коэффициенті | Сипаттама | Матрицалық ұқсастық |
| TCF11 | TCF11 / LCR-F1 / Nrf1 гомодимерлері | 1 |
| TFIIB | Транскрипция коэффициенті II B (TFIIB) тану элементі | 1 |
| ETV1 | Ets нұсқасы 1 | 0.996 |
| ZNF300 | KRAB бар мырыш саусақ ақуызы 300 | 0.994 |
| CMYB | c-Myb, гемопоэзде маңызды, құс миобластозы вирусының онкогенді жасушалық эквиваленті v-myb | 0.994 |
| ASCL1 | Ахета-скуттар отбасы bHLH транскрипциясы 1-фактор | 0.99 |
| OSR2 | 2 байланысты | 0.99 |
| E2F1 | E2F транскрипциясы коэффициенті 1 | 0.989 |
| ZNF35 | Адамның мырыш саусақ ZNF35 ақуызы | 0.986 |
| GKLF | Ішекте байытылған Круеппель тәрізді фактор | 0.981 |
| ПУРАЛФА | Пуринге бай элементті байланыстыратын ақуыз А | 0.974 |
| SMARCA3 | SWI / SNF байланысты, матрицамен байланысқан, хроматиннің актинге тәуелді реттегіші, a подфамилиясы, мүше 3 | 0.973 |
| NFAT | Белсендірілген Т-жасушалардың ядролық факторы | 0.971 |
| ZF5 | Мырыш саусағы / POZ доменінің транскрипциясы коэффициенті | 0.962 |
| INSM1 | Инсулиномамен байланысқан мырыш саусақ протеині 1 (IA-1) | 0.958 |
| ZBTB14 | Құрамында мырыш саусағы және BTB домені 14 (ZFP-5, ZFP161) | 0.914 |
| KLF6 | Круеппел типіндегі 3 мырыш саусағымен (KLF6, ZF9) негізгі промотормен байланысатын ақуыз (CPBP) | 0.891 |
| GABPA | GA байланыстыратын ақуыз транскрипциясы коэффициенті, альфа | 0.891 |
| TLX1 | Т-жасушалы лейкемия гомеобоксы 1 | 0.873 |
| ZNF704 | 704. Мырыш саусақ ақуызы | 0.847 |
Өрнек үлгісі
РНҚ секвенциясының деректері TMEM39B барлық тіндердің типтерінде, аталық безде, плацентада, лейкоциттерде, бүйрек үсті безінде, тимус пен ұрық миында жоғары деңгеймен көрінетіндігін көрсетеді.[6][7] Микроарра деректері TMEM39B көптеген тіндерде орташа деңгейде, белгілі бір мата үлгісінде көрсетілген гендердің 58-процентилінде орта деңгейде көрсетілгенін көрсетеді.[14] TMEM39B пайыздық дәрежесі бойынша BDCA4 + дендритті жасушалардағы, CD19 + B-жасушалардағы және CD14 + моноциттердегі басқа гендерге қатысты жоғары дәрежеде көрінеді.[14]
Транскрипт деңгейіндегі реттеу
miRNA байланыстыратын учаскелер
TMEM39B ақуызының 3 'UTR құрамында байланысатын орындар бар миРНҚ miR-1290, miR-4450 және miRNA-520d-5p.[15] Осы миРНҚ-ны байланыстыруы мүмкін РНҚ тынышталуы.
мРНҚ-мен байланысатын ақуыздар
РНҚ-мен байланысатын ақуыздар SFRS13A, ELAVL1, және KHDRBS3 3 'UTR-де байланысатын учаскелер және ақуыздар бар KHSRP, SFRS9 және YBX1 5 'UTR-де байланыстыратын тораптары бар.[17][18]
Екінші құрылым
TMEM39B 5 'және 3' UTR-нің болжамды қайталама құрылымында тұрақтылық пен байланыста рөл атқара алатын бірнеше діңгек ілмектері бар.[16]
Ақуыз деңгейіндегі реттеу
Аудармадан кейінгі модификация
TMEM39B ақуызында көптеген болжамды орындар бар аудармадан кейінгі модификация, оның ішінде фосфорлану, SUMOylation, ацетилдеу, және гликозилдену.[19][20][21][22][23][24][25] Cys13, Cys87 және Cys264 болжамды S-палмитоиляция сайттары ортологтарда сақталған. SUMOlyation Lys279 және Lys359 деңгейлерінде болжанады. Фосфорлану, гликация және O-мен байланысқан-N-ацетилглюкозаминилденуі ақуыздың цитозоликалық аймақтарында болжанады, бұл TMEM39B транскриптінің 1 нұсқасының тұжырымдамалық аудармасында түсіндірілген.
Ішкі жасушалық локализация
TMEM39B ақуызы көпіршіктерге локализацияланатыны анықталды иммуногистохимия.[2]
Гомология және эволюция
Паралогтар
Адамның TMEM39B генінде 3q13.33 орналасқан SUSR2 (rpl-43 мутанттарындағы SQST-1 агрегаттарының супрессоры) бүркеншік атымен аталған TMEM39A деп аталатын паралогы бар.[26] TMEM39A ақуызында 488 амин қышқылы бар және TMEM39B-мен 51,2% сәйкестілікке ие.[27] TMEM39A паралогының функциясы жақсы түсінілмегенімен, нұсқалары аутоиммунды аурудың үлкен қаупімен байланысты.[28] TMEM39A параллелінің өзара әрекеттесуі де анықталды Энцефаломиокардит вирусы (EMCV) капсид ақуыздар вирустың реттеушісі ретінде аутофагия жол.[29]
Ортологтар
TMEM39B сияқты түрлерде де ортологтар бар шеміршекті балықтар.[27] Сүтқоректілердің ортологтары адамның TMEM39B-ге өте ұқсас, олардың жеке идентификациясы 85% -дан асады. Құстардағы, бауырымен жорғалаушылардағы және қосмекенділердегі ортологтарда адамның TMEM39B идентификациясының пайызы 70% -дан 85% аралығында болады. Балықтарда идентификация пайызы 40% -дан 75% -ға дейін. TMEM39B омыртқалы жануарларда ғана сақталады, бірақ TMEM39A параллелінде артроподтар сияқты алыс түрлерде ортологтар бар.[27] NCBI-ден таңдалған ортологтардың тізімі Жарылыс төменде көрсетілген.[27]
| Түр және түрлер | Жалпы аты | Таксономиялық топ | Адамдардан бөліну күні (MYA)[30] | Қосылу № | Рет ұзындығы (аа) | Адам ақуызының бірізділігі | Адам ақуызына ұқсастық |
| Homo sapiens | Адам | Сүтқоректілер | 0 | NP_060526.2 | 492 | 100 | 100 |
| Бұлшықет бұлшықеті | Үй тышқаны | Сүтқоректілер | 89 | NP_955009.1 | 492 | 96.1 | 98 |
| Ornithorhynchus anatinus | Платипус | Сүтқоректілер | 180 | XP_028937398.1 | 489 | 85.8 | 90.5 |
| Gallus gallus | Қызыл джунгли | Aves | 318 | NP_001006313.2 | 489 | 85 | 91.5 |
| Тамнофис элегандары | Батыс жердегі гартерлік жылан | Рептилия | 318 | XP_032083369.1 | 491 | 81.5 | 88.5 |
| Xenopus tropicalis | Батыс тырнақ бақа | Амфибия | 352 | NP_001005048.1 | 483 | 75.2 | 83.2 |
| Оризиялар | Жапон медакасы | Actinopterygii | 433 | XP_004082414.1 | 488 | 74.3 | 85.2 |
| Данио рерио | Зебрбиш | Actinopterygii | 433 | NP_956154.1 | 491 | 74.2 | 84.9 |
| Erpetoichthys calabaricus | Редфиш | Actinopterygii | 433 | XP_028675900.1 | 489 | 71.8 | 84.6 |
| Callorhinchus milii | Австралиялық елес | Хондрихтиз | 465 | XP_007902480.1 | 490 | 73 | 85.1 |
| Amblyraja radiata | Тікенді коньки | Хондрихтиз | 465 | XP_032900681.1 | 504 | 70.5 | 83.5 |
| Scyliorhinus torazame | Бұлтты мысық | Хондрихтиз | 465 | GCB75241.1 | 373 | 55.5 | 65.4 |
Эволюция
TMEM39B гені адамдардан шамамен 465 миллион жыл бұрын бөлінген шеміршекті балықтарда (хондрихтиздерде) ең алыста пайда болады.[30] TMEM39A параллелінің ортологтары адамдардан шамамен 763 миллион жыл бұрын бөлінген буынаяқтыларда кездеседі, бұл TMEM39B ата-баба формасын қайталау арқылы пайда болған деген болжам жасайды.[30]
TMEM39B салыстырмалы түрде баяу қарқынмен дамиды; Аминоқышқылдар тізбегінің 1% өзгеруі шамамен 13,9 миллион жылды қажет етеді. Ортологтардың дәйектілік ұқсастығына сүйене отырып, TMEM39B шамамен 1,5 есе жылдам дамиды цитохром с және қарағанда 7 есе баяу фибриноген альфа.
Өзара әрекеттесетін белоктар
Иммундық ақуыздар
Бірлескен иммунопреципитация, MS аффиненттілігі және екі гибридті экрандар көмегімен TMEM39B ақуызы әртүрлі мембраналық гликопротеиндермен әрекеттесетіні анықталды.[31][32][33] Көптеген өзара әрекеттесетін белоктар иммундық функцияларға ие, соның ішінде IL13RA1 (интерлейкин-13 рецепторлары альфа-1 суббірлігі), KLRD1 (өлтіруші жасуша лектин тәрізді рецепторлы D-отбасы, мүше 1), және SEMA7A (семафорин-7А). SEMA7A активатор ретінде әрекет етеді Т жасушалары және моноциттер, ал KLDR1 табиғи киллер жасушаларында ұсынылған антигенді кодтайды.[34][35] IL13RA1 делдал болу ұсынылды JAK-STAT сигнализациясы, иммундық жасушалардың активтенуін реттейді.[36]
SARS-CoV-2
TMEM39B ақуызы SARS-CoV-2 ORF9c аксессуары, кейде оны ORF14 деп те атайды.[5][37] ORF9C нуклеокапсид (N) генінің ішінде орналасқан, ORF9b қабаттасқан.[37] OFC9c екі мутациясы пайда болды мерзімінен бұрын тоқтайтын кодондар SARS-CoV-2 изоляттарында байқалған, бұл вирустық репликацияға арналған диспенсерлер.[38] ORF9c ақуызы ішке өткенде көпіршіктерге локализацияланатыны дәлелденген HeLa жасушалары және цитоплазмалық емес домен мен трансмембраналық доменге ие болады деп болжануда.[39]
Нұсқалар
Көптеген SNPs (жалғыз нуклеотидті полиморфизмдер) TMEM39B генінде анықталды, оның кіші жиынтығы себеп болады жасырын аминқышқылының өзгеруі.[40] Трансляциядан кейінгі модификациялар, мотивтер немесе жоғары консервіленген аминқышқылдары пайда болған жерлерде SNP саны аз; осы аминқышқылдарының өзгеруі фенотиптік әсер етуі мүмкін. Төмендегі кестеде осындай сайттардың өзгеруіне әкелетін таңдалған SNP тізімдері келтірілген.
| SNP | mRNA позициясы | Негізгі өзгеріс | Аминқышқылының жағдайы | Амин қышқылының өзгеруі | Сипаттама |
|---|---|---|---|---|---|
| RS1259613993 | 180 | C> T | 11 | S> P | «GSSG» қайталау |
| RS1446462546 | 271 | C> T | 41 | S> F | O-GlcNAc, фосфорлану орны |
| RS867417059 | 282 | A> T | 45 | S> C | O-GlcNAc, фосфорлану орны |
| RS1009960963 | 289 | C> T | 47 | S> F | Фосфорлану орны |
| RS377359320 | 503 | C> A | 118 | N> K | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS748779192 | 555 | C> T | 136 | R> C | Жоғары деңгейде сақталған |
| rs778604874 | 558 | C> T | 137 | R> C | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS1419668726 | 696 | T> C | 183 | F> L | [F..Y] мотиві |
| rs759591458 | 963 | C> T | 272 | R> C | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS1180695332 | 1003 | G> C | 285 | R> P | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS200048180 | 1009 | A> G | 287 | K> R | Гликация алаңы |
| RS1445226108 | 1060 | C> T | 304 | P> L | Жоғары деңгейде сақталған |
| rs771743935 | 1206 | C> A | 353 | H> N | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS376257849 | 1294 | G> A | 382 | G> D | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS1368770455 | 1302 | G> T | 385 | V> L | Жоғары деңгейде сақталған |
| rs756106866 | 1336 | G> A | 396 | G> D | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS868721112 | 1356 | C> T | 403 | P> S | Жоғары деңгейде сақталған |
| RS1383803294 | 1369 | C> G | 407 | S> C | Фосфорлану орны |
| RS917085732 | 1581 | T> G | 478 | S> A | O-GlcNAc, фосфорлану орны |
Клиникалық маңызы
Зерттеу барысында диффузды ірі пациенттерден 164 ісік үлгілері қолданылған В жасушалы лимфома, TMEM39B 5 жылдық прогрессиясыз тіршілік ету үшін болжамдық профильдің бөлігі ретінде анықталған 17 геннің бірі болды.[3] Жалпы геномды сиРНҚ экранын қолданған басқа зерттеуде TMEM39B-ді сиРНҚ-мен нокдауну вирусты азайтты капсид /аутофагосома колокализация, вирус жұқтырған жасушалардың өмір сүруі және ішіндегі митофагия ХеЛа жұқтырған жасушалар Sindbis вирусы.[4] Бұл TMEM39B-дің рөл атқаратындығын көрсетуі мүмкін вирустық аутофагия оның параллелі TMEM39A сияқты.
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б c г. e f ж сағ мен j к л «TMEM39B трансмембраналық ақуыз 39B [Homo sapiens (адам)]». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. АҚШ ұлттық медицина кітапханасы. Алынған 11 маусым 2020.
- ^ а б «HPA040191 қоянында өндірілген анти-TMEM39B антиденесі». Сигма-Олдрич. Алынған 2020-07-30.
- ^ а б Ким; т.б. (2014). «Диффузды ірі В-жасушалы лимфома кезінде прогрессиясыз тіршілік етуді болжау үшін гендік экспрессия профильдері: DASL талдауының нәтижелері». Гематология шежіресі. 93 (3): 437–447. дои:10.1007 / s00277-013-1884-0. PMID 23975159.
- ^ а б Орведаль; т.б. (2011). «Жалпы сурет бойынша геномды siRNA экраны селективті аутофагия факторларын анықтайды». Табиғат. 480 (7375). 113–117 бб, 2-сурет. дои:10.1038 / табиғат10546. PMC 3229641. PMID 22020285.
- ^ а б Гордон, Дэвид Е .; Джанг, Гвендолин М .; Бухадду, Мехди; Xu, Jiewei; Обернье, Кирстен; Уайт, Крис М .; О'Меара, Мэттью Дж.; Резелж, Вероника V .; Гуо, Джеффри З .; Суэни, Даниэль Л.; Туммино, Тиа А. (2020-04-30). «SARS-CoV-2 протеинінің өзара әрекеттесу картасы есірткіні қайта тағайындаудың мақсаттарын анықтайды». Табиғат. 583 (7816): 459–468. дои:10.1038 / s41586-020-2286-9. ISSN 1476-4687. PMC 7431030. PMID 32353859.
- ^ а б Фагерберг Л, Халлстрем Б.М., Оксволд П және т.б. (2014). «Транскриптомикалар мен антиденелерге негізделген протеомикаларды геномдық интеграциялау арқылы адамның тініне тән экспрессияны талдау». Mol Cell Proteomics. 13 (2): 397–406. дои:10.1074 / mcp.M113.035600. PMC 3916642. PMID 24309898.
- ^ а б «Illumina bodyMap2 транскриптомы (ID 204271) - BioProject - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-07-30.
- ^ «AceView: Ген: TMEM39B, mRNA немесе ESTsAceView бар адам, тышқан және құрт гендерінің толық аннотациясы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-07-30.
- ^ а б Omasits U, Ahrens CH, Müller S, Wollscheid B (15 наурыз 2014). «Протер: протеиннің интерактивті ерекшеліктерін визуалдау және интеграциялау». Биоинформатика. 30 (6): 884–6. дои:10.1093 / биоинформатика / btt607. PMID 24162465.
- ^ «ExPASy - pI / Mw есептеу құралы». web.expasy.org. Алынған 2020-08-02.
- ^ а б c г. Мадейра Ф, Парк Ю.М., Ли Дж және т.б. (2019). «2019 жылы EMBL-EBI іздеу және реттік талдау құралдарының API интерфейстері». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 47 (W1): W636-W641. дои:10.1093 / nar / gkz268. PMC 6602479. PMID 30976793.
- ^ Genomatix: ElDorado. TMEM39B
- ^ «GenoMatix MatInspector». GenoMatix.
- ^ а б NCBI GEO (Гендердің экспрессиясының ұлттық биотехнология орталығы) GDS596. TMEM39B. Су А.И., Уилтшир Т, Баталов С, Лапп Н және басқалар. Тінтуірдің ген атласы және адамның ақуызды кодтайтын транскриптомдары. Proc Natl Acad Sci U S A 2004 сәуір 20; 101 (16): 6062-7. PMID 15075390
- ^ «miRDB - болжамды болжаудың MicroRNA дерекқоры». mirdb.org. Алынған 2020-07-30.
- ^ а б c «РНҚ-ның жиналмалы формасы | mfold.rit.albany.edu». ашылмаған.rna.albany.edu. Алынған 2020-08-02.
- ^ «RBPDB: РНҚ-ны байланыстыратын ерекшеліктер базасы». rbpdb.ccbr.utoronto.ca. Алынған 2020-08-02.
- ^ «miRDB - болжамды болжаудың MicroRNA дерекқоры». mirdb.org. Алынған 2020-08-02.
- ^ Xie Y, Zheng Y, Li H, Luo X, He Z, Cao S, Shi Y, Zhao Q, Xue Y, Zuo Z, Ren J (2016). «GPS-липид: бірнеше липидтік модификация алаңдарын болжауға арналған сенімді құрал». Ғылыми баяндамалар. 6: 28249. Бибкод:2016 Натрия ... 628249X. дои:10.1038 / srep28249. PMC 4910163. PMID 27306108.
- ^ Рен Дж, Вен Л, Гао Х, Джин С, Сюэ Ю, Яо Х (2008). «CSS-Palm 2.0: пальмитоиляция сайттарын болжауға арналған жаңартылған бағдарламалық жасақтама». Ақуыздарды жасау, жобалау және таңдау. 21 (11): 639–644. дои:10.1093 / ақуыз / gzn039. PMC 2569006. PMID 18753194.
- ^ «SUMOplot талдау бағдарламасы». Абцепта.
- ^ Чжао Q, Xie Y, Zheng Y, Jiang S, Liu W, Mu W, Liu Z, Zhao Y, Xue Y, Ren J (2014). «GPS-SUMO: сумоляция алаңдарын және SUMO өзара әрекеттесу мотивтерін болжауға арналған құрал». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (W1): W325-W330. дои:10.1093 / nar / gku383. PMC 4086084. PMID 24880689.
- ^ Блом Н, Гаммельтофт С, Брунак С (1999). «Эукариотты ақуыздың фосфорлану учаскелерінің реттілігі мен құрылымға негізделген болжамы». Молекулалық биология журналы. 294 (5): 1351–1362. дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ Йохансен, Мортен Бо; Киемер, Ларс; Брунак, Сорен (2006). «Сүтқоректілердің ақуыз гликациясын талдау және болжау». Гликобиология. 16 (9): 844–853. дои:10.1093 / glycob / cwl009. PMID 16762979.
- ^ Steentoft C, Вахрушев С.Я., Джоши Х.Дж., Конг Y, Вестер-Кристенсен М.Б., Шжолдагер К.Т., Лаврсен К, Дабелстин С, Педерсен Н.Б., Маркос-Силва Л, Гупта Р, Беннетт Е.П., Мандель У, Брунак С, Уэндолл Х., Левери С.Б., Клаузен Н (15 мамыр, 2013). «SimpleCell технологиясы бойынша адамның O-GalNAc гликопротеомын дәл картаға түсіру». EMBO J. 32 (10): 1478–88. дои:10.1038 / emboj.2013.79. PMC 3655468. PMID 23584533.
- ^ «TMEM39A трансмембраналық ақуыз 39A [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-07-30.
- ^ а б c г. e «Стандартты ақуызды жарылыс». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы.
- ^ Tran Q, Park J, Lee H, Hong Y, Hong S, Park S, Park J, Kim SH (2017). «TMEM39A және адам аурулары: қысқаша шолу». Токсикологиялық зерттеулер. 33 (3): 205–209. дои:10.5487 / TR.2017.33.3.205. PMC 5523561. PMID 28744351.
- ^ Li X, Ma R, Li Q, Li S, Zhang H, Xie J, Bai J, Idris A, Feng R (2019). «Трансмембраналық протеин 39А энцефаломиокардит вирусының репликациясына ықпал етеді арқылы Автофагия жолы «. Микробиологиядағы шекаралар. 10: 2680. дои:10.3389 / fmicb.2019.02680. PMC 6901969. PMID 31849860.
- ^ а б c Kumar S, Stecher G, Suleski M, Hedges SB (2017) TimeTree: уақыт кестелері, уақыт кестелері және алшақтық уақыттары үшін ресурс. Mol Biol Evol doi: 10.1093 / molbev / msx116
- ^ Хаттлин Э.Л., Тинг Л, Брукнер Р.Ж. және т.б. (2015). «BioPlex желісі: адамның интерактомын жүйелі түрде зерттеу». Ұяшық. 162 (2): 425–440. дои:10.1016 / j.cell.2015.06.043. PMC 4617211. PMID 26186194.
- ^ Хаттлин Э.Л., Брукнер Р.Ж., Паулу Дж.А. және т.б. (2017). «Адамның интерактомының архитектурасы ақуыздар қауымдастығын және аурулар желісін анықтайды». Табиғат. 545 (7655): 505–509. Бибкод:2017 ж. 545..505H. дои:10.1038 / табиғат 22366. PMC 5531611. PMID 28514442.
- ^ Ванг Дж, Хуо К, Ма Л және т.б. (11 қазан 2011). «Адам бауырының ақуыздық өзара әрекеттесу желісін түсінуге». Mol Syst Biol. 7: 536. дои:10.1038 / msb.2011.67. PMC 3261708. PMID 21988832.
- ^ Xie J, Wang H (2017). «Семафорин 7А потенциалды иммундық реттегіш және ревматоидты артрит кезінде перспективалық терапевтік мақсат ретінде». Артритті зерттеу және терапия. 19 (1): 10. дои:10.1186 / s13075-016-1217-5. PMC 5251212. PMID 28109308.
- ^ Lanier, L. L. (2015). «KLRK1 (өлтіруші жасуша лектин тәрізді рецепторлы подфамилия К, мүше 1)». Онкология мен гематологиядағы генетика және цитогенетика атласы. 19 (3): 172–175. дои:10.4267/2042/56407. hdl:2042/56407.
- ^ Шейх Ф, Диккеншит Н, Педрас-Васконселос Дж, т.б. (2015). «Интерлейкин-13 рецептор-α1 тізбегі IL-13 емес, балама макрофагты активациялау жолын индукциялау үшін маңызды». Тума иммунитет журналы. 7 (5): 494–505. дои:10.1159/000376579. PMC 4553078. PMID 25766112.
- ^ а б Шукла А, Хильгенфельд Р (2015). «Коронавирустардың жаңа белоктық домендерін сатып алуы: SARS коронавирусында N және 9b ақуыздарын кодтайтын қабаттасқан гендерді талдау». Вирустық гендер. 50 (1): 29–38. дои:10.1007 / s11262-014-1139-8. PMC 7089080. PMID 25410051.
- ^ фон Брунн, А., Тип, С., Симпсон, Дж., Пепперкок, Р., Фридель, С.С., Циммер, Р., ... & Хаас, Дж. (2007). ЖРВИ коронавирусының ORFeome вирусы мен ақуыздың вирустық өзара әрекеттесуін талдау. PLOS ONE, 2(5), e459.
- ^ Baruah, C., Devi, P., & Sharma, D. K. (2020). SARS-CoV-2 аксессуарлары 9b және ORF14 ретін талдау және құрылымды болжау: эволюциялық талдау коронавируспен тығыз байланыстылығын көрсетеді.
- ^ а б «SNP генге байланысты (ген: 55116) Контиг аннотациясы арқылы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-08-02.