TMEM275 - TMEM275

TMEM275 (Трансмембраналық ақуыз 275[1]) Бұл ақуыз адамдарда TMEM275 кодталған ген.[2] TMEM275 екі консервіленген, спираль трансмембрана аймақтар.[3][4] Ішінде өмір сүреді деп болжануда плазмалық мембрана немесе эндоплазмалық тор мембрана.[5]

Джин

Локус

Жылы адамдар, ген орналасқан хромосомалық жолақ 1p33 минус тізбегінде.[2][6] Ол 1-хромосомада chr1: 46,532,166-46,543,969 орналасқан.[6] TMEM275 ұзындығы 11,804 а.к.[6]

TMEM275 Геномдық орналасудағы ген: Ensembl бойынша жолақтар.[7] TMEM275-тің 1-хромосома ішіндегі геномдық орналасуын көрсететін қызыл сызық.[6]

Гендер маңы

Ағысқа қарсы, минус бұрым, TMEM275 басқа ген; KNCN.[8]

TMEM275-тің құстардың көрінісі, мұнда қызыл түспен, оның гендік аймағында бейнеленген.

Транскрипттер

TMEM275 ген төртеуін кодтайды экзондар, оның тек үшеуі мРНҚ-ның соңғы транскриптіне енгізілген.[9] Осы үшеудің екеуі 5 ’шегінде UTR және кодтау реттілігі 177 үшін кодтар аминқышқылдары.[2][6] TMEM275 екі потенциалға ие екендігі анықталды изоформалар оның анықтамасынан тыс транскрипт. Анықтама изоформасы 1 экзоны кірмейді, ал X1 изоформасы 5 'қысқартылған UTR және X2 изоформасы 3 'қысқартылған UTR.[10][11][12] Алайда, барлық нұсқалары mRNA транскрипттері 177 аминқышқылдарының бірізділігі.

Ақуыз

Жалпы қасиеттері

TMEM275 ақуыз құрамында 177 амин қышқылы бар молекулалық масса 17,2 кДа және а pI 8.13.[13] TMEM275 құрамында жоғары деңгейге ие екендігі анықталды аланин және пролин көптеген белоктарға қарағанда аминқышқылдарының қалдықтары.[14] Қарау кезінде ортологиялық аланин қатысуы басқа түрлерде сақталған, бірақ пролиннің болуы туралы дәл осылай айту мүмкін емес.

Талдау EMBL-EBI SAPS биоинформатика бағдарламасы арқылы жүргізілді. [2]

Бастапқы реттілік

TMEM275 ақуыз 177-ден тұрады аминқышқылдары.[7] Ақуыз немесе полипептид кодталған тізбек кодтау реттілігі процесі арқылы жасалады аударма және төменде басқа қызығушылық тудыратын аймақтар арасында көрсетілген. Сондай-ақ поли-А, немесе бар полиаденилдену сигналы, 3'UTR соңына қарай.

TMEM275 мРНҚ тізбегінің аминқышқылдары таңбаланған концептуалды аудармасы. Сонымен қатар кейбір аудармадан кейінгі модификациялар мен қызығушылық тудыратын сайттар кіреді.

Домендер

TMEM275-те спираль тәрізді транс мембраналық екі аймақ бар.[3][4] Аймақтар күлгін түстермен тұжырымдамалық аударма аясында жоғарыдағы аминқышқылдарының тізбегінде көрінуі мүмкін. Эволюция ары талдау бұлардың барлығын көрсетті транс мембраналық домендер барлығында жоғары деңгейде сақталған ортолог таксондар.

Протер арқылы кескінделген екі спиральды трансмембраналық домендерді бейнелеу[2] және EMBOSS Pepwheel[15].

Екінші құрылым

Болжамды талдау үшін көптеген бағдарламалар қолданылды екінші құрылым TMEM275 үшін. Оның құрылымы өте әртүрлі екендігі анықталды. Алайда, болжам деректері қолдайды альфа спираль екеуінің құрылымы трансмембраналық домендер.[16][17][18][19][20]

Реттеу

Ген деңгейін реттеу

Промоутер

Болжалды промоутер аймақ ұзындығы 1116 б.т. және орналасқан хромосома Минус тізбегінде 1 және 46535401- 46536515 аралығында созылады.[21]

Промотор (сары), экзон (жасыл), интрондар (сұр), аударылмаған аймақтар (көк) және ықтимал транскрипцияның басталу учаскелері (қызыл) ескертілген TMEM275-тің құс көрінісі.

Транскрипция коэффициентін байланыстыратын орындар

Genomatix арқылы ElDorado үздік 20-ны талдау үшін пайдаланылды транскрипция коэффициенті байланыстыратын тораптар ішінде промоутер.[22]

TMEM275’s GXP_8972667’s-нің репрезентативті диаграммасы промоутер, Genomatix тапқан және матрицалық ұқсастықтың жоғары нәтижелері бойынша шешілген, TF байланыстыратын сайттың ең жақсы 20 матчымен белгіленген, мүмкін болатынға жақын транскрипцияны бастау сайттары, және / немесе приматтар арқылы жоғары сақтау.

Өрнек үлгісі

TMEM275 РНҚ деңгейлері шамамен 11 аптада өте жоғары жүктілік ішінде ішектер.[23] Кейбір басқа шыңдарға сәйкесінше 10, 16 және 20 апталарда өкпе, бүйрек және бүйрек үсті тіндері жатады.[24] Сонымен қатар, адамның 20 тінінің ішінен РНҚ-ның құрамында болғаны анықталды ұрық ми тіні.[25] Тіндердің түрлері бойынша одан әрі тестілеу TMEM275-тің аталық безге, миға және қуықасты бездеріне тіндік ерекшелігі болуы мүмкін екендігін анықтауға әкеледі.[26] Қалқанша безімен және аналық безімен бірге.[27]

Ақуыз деңгейінің реттелуі

Ішкі жасушалық локализация

TMEM275 ішінде болады деп болжануда плазмалық мембрана немесе эндоплазмалық тор мембрана.[5]

Аудармадан кейінгі модификация

Әр түрлі PTM TMEM275-пен байланыстырылып талданды. Оған а бар-жоғын іздеу кіреді СУМО -мотив, ацетилдену алаңдары, сигнал пептидтерінің болуы және кез-келген O-GlcNAc учаскесі және N-миристилдену болжамдары.[28][29][30]

Бөлшек орны
Бөлшек орны туралы метионин TMEM275 аминқышқылдарының тізбегінде көрсетілген.[7]
Фосфорлану
TMEM275 ’үшін фосфорлануды болжау PTM. Талдау NetPhos сервері арқылы жүргізілді және ұпайларға мүмкін сайттардың батыл орналасуы енгізілді.[7]

Гомология

Паралогтар

Белгілі біреуі жоқ параллельдер TMEM275 үшін.

Гомологтар

Жоқ гомологтар немесе гомологиялық домендер TMEM275 ішінде бар.

Ортологтар

Барлығы 105 организмдер құрамында адамның TMEM275 гендері бар ортологтары бар, олардың барлығы Телеостоми, немесе жақ омыртқалылар, қаптау.[31] Ортологиялық TMEM275: 49 организмнің ішінде: 49 сүтқоректілер, 27 болып табылады құстар, 3 болып табылады тасбақалар, 3 болып табылады кесірткелер, 3 қосмекенділер, 19 болып табылады сүйекті балықтар, ал 1 - ан аллигатор.[31]

Пайыздық сәйкестілігі бойынша ең ұқсас тізбектері бар топ таңқаларлық емес еді Сүтқоректілер. Адамдарға қатысты осы ортологиялық ақуыздардың пайыздық үлесі 52,1% -дан 70,9% -ке дейін болды. Ортологиялық TMEM275 болған, бірақ ең аз ұқсас топ болды Actinopterygii немесе сүйекті балықтар. Олардың пайыздық ұқсастығы 38,5% -дан 47,6% -ке дейін болды. Проценттік ұқсастықтар а жүргізу арқылы табылды жұптық әр түрдегі әр ортологиялық ақуызды адам ақуызына қарсы талдау.[32]

Адамның TMEM275 және олардың тұқымдары мен түрлерін, жалпы атауы, таксономиялық тобы, дивергенция күні, қосылу нөмірі, реттік ұзындығы, адамның TMEM275-ке қатысты реттік сәйкестігі және адамның TMEM275-ке қатысты дәйектілігі бойынша салыстыру үшін таңдалған ортологтардың кестелік көрінісі. Дивергенция күні, содан кейін пайыздық сәйкестілік бойынша сұрыпталған.

Филогения

Геннің пайда болуы

TMEM275 сүйек балықтарында 435 MYA пайда болған сияқты Actinopterygii.

Өзара әрекеттесетін белоктар

Белгілі болған жоқ ақуыздың өзара әрекеттесуі TMEM275 үшін.

Клиникалық маңызы

TMEM275-те медициналық сілтеме жоқ ауру.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «TMEM275 Gene - GeneCards | TM275 Протеин | TM275 Антидене». www.genecards.org. Алынған 2020-05-01.
  2. ^ а б c г. e «TMEM275 трансмембраналық ақуыз 275 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-01.
  3. ^ а б «Протер - протеиннің интерактивті ерекшеліктерін визуализациялау». wlab.ethz.ch. Алынған 2020-05-04.
  4. ^ а б «TMEM275 трансмембраналық ақуыз 275 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-04.
  5. ^ а б «PSORT II Болжамы». psort.hgc.jp. Алынған 2020-05-05.
  6. ^ а б c г. e «TMEM275 Gene - GeneCards | TM275 Протеин | TM275 Антидене». www.genecards.org. Алынған 2020-05-04.
  7. ^ а б c г. «Ген: TMEM275 (ENSG00000282881) - түйіндеме - Homo sapiens - Ensembl genome browser 100». useast.ensembl.org. Алынған 2020-05-04.
  8. ^ «KNCN киноцилин [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-04.
  9. ^ «Genome Data Viewer». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-04.
  10. ^ «БАҒАЛАНҒАН: Homo sapiens трансмембраналық ақуыз 275 (TMEM275), транскрипт нұсқасы X1, mRNA». 2020-03-02. Журналға сілтеме жасау қажет | журнал = (Көмектесіңдер)
  11. ^ «БАҒАЛАНДЫ: Homo sapiens трансмембраналық ақуыз 275 (TMEM275), транскрипт нұсқасы X2, mRNA». 2020-03-02. Журналға сілтеме жасау қажет | журнал = (Көмектесіңдер)
  12. ^ «Homo sapiens трансмембраналық ақуыз 275 (TMEM275), mRNA». 2019-07-07. Журналға сілтеме жасау қажет | журнал = (Көмектесіңдер)
  13. ^ «ExPASy - pI / Mw есептеу құралы». web.expasy.org. Алынған 2020-05-01.
  14. ^ «SAPS <Реттілік статистикасы . www.ebi.ac.uk. Алынған 2020-05-04.
  15. ^ «EMBOSS: Pepwheel». www.bioinformatics.nl. Алынған 2020-05-01.
  16. ^ «PHYRE2 ақуызды бүктеу сервері». www.sbg.bio.ic.ac.uk. Алынған 2020-05-05.
  17. ^ «NPS @: консенсус екінші құрылымды болжау». npsa-prabi.ibcp.fr. Алынған 2020-05-05.
  18. ^ «CFSSP: Chou & Fasman екінші құрылымын болжау сервері». www.biogem.org. Алынған 2020-05-05.
  19. ^ «JPred: ақуыздың екінші құрылымын болжау сервері». www.compbio.dundee.ac.uk. Алынған 2020-05-05.
  20. ^ «Биоинформатикаға арналған нұсқаулық». toolkit.tuebingen.mpg.de. Алынған 2020-05-05.
  21. ^ «Genomatix: Аннотация және талдау». www.genomatix.de. Алынған 2020-05-01.
  22. ^ «TMEM275 - ElDorado - GenoMatix». www.genomatix.de. Алынған 2020-05-05.
  23. ^ «Адамның ұрықтың дамуы кезінде тіндерге спецификалық шеңберлі РНҚ индукциясы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-05.
  24. ^ «TMEM275 гендік экспрессия - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-05.
  25. ^ «Адамның 20 тінінен алынған жалпы РНҚ-ның РНҚ секвенциясы - TMEM275 Ген экспрессиясы - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-05.
  26. ^ «HPA RNA-seq қалыпты тіндер - TMEM275 Gen Expression - Gene - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-05.
  27. ^ «Illumina bodyMap2 транскриптомы - TMEM275 геннің экспрессиясы - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-05.
  28. ^ «TERMINUS - терминалға қош келдіңіз». терминал. Алынған 2020-05-05.
  29. ^ «SignalP-5.0». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-05-05.
  30. ^ «SUMOplot ™ талдау бағдарламасы | Abcepta». www.abcepta.com. Алынған 2020-05-05.
  31. ^ а б «TMEM275 ортологтары». NCBI. Алынған 2020-05-01.
  32. ^ «EMBOSS инесі <Бірізділікті туралау . www.ebi.ac.uk. Алынған 2020-05-01.