ДсрА РНҚ - DsrA RNA

ДсрА РНҚ
RF00014.jpg
Идентификаторлар
ТаңбаДсрА
РфамRF00014
Басқа деректер
РНҚ түріДжин; сРНҚ
Домен (дер)Бактериялар
СОSO: 0000378
PDB құрылымдарPDBe

ДсрА РНҚ Бұл кодталмаған РНҚ екеуін де реттейді транскрипция, нуклеоидпен байланысты транскрипциялық тыныштықты жеңу арқылы H-NS ақуызы,[1] және аударма, стресс сигма факторын тиімді аударуға ықпал ету арқылы, RpoS.[2][3] DsrA-ның осы екі әрекетін мутация арқылы бөлуге болады: үшеуінің біріншісі сабақтар 85 нуклеотид РНҚ RpoS трансляциясы үшін қажет, бірақ анти-HS-әрекеті үшін қажет емес, ал екінші діңгек цикл антисилент үшін өте маңызды және RpoS трансляциясы үшін онша маңызды емес. Транскрипция терминаторы ретінде әрекет ететін үшінші діңгек циклін -мен ауыстыруға болады трп транскрипция терминаторы DsrA функциясын жоғалтпайды. DsrA-ның бірінші діңгек циклінің дәйектілігі RpoS мессенджері РНҚ-ның жоғарғы бөлігімен толықтырылады, бұл DsrA-ді RpoS хабарламасымен жұптастыру трансляциялық реттеу үшін маңызды болуы мүмкін деп болжайды. DsrA және DsrA / rpoS кешендерінің құрылымдары зерттелді NMR. Зерттеу қорытындысы бойынша, sRNA-да оның екінші бағаналы цикл үшін динамикалық конформациялық тепе-теңдік бар, бұл DsrA үшін көптеген мақсатты мРНҚ-ның аудармаларын реттеудің маңызды механизмі болуы мүмкін.[4]

DsrA РНҚ-сы өзін-өзі толықтыратын үш аймақтың антисенциалды өзара әрекеттесуі арқылы өзін-өзі наноқұрылымдарға жинай алатындығы туралы дәлелдер бар.[5][6]

DsrA мақсаттары

DsrA ақуызды кодтайтын гендермен өзара әрекеттесетінін дәлелдейтін тәжірибелік дәлелдер бар,[7][8][9] rbsD,[7] argR,[7] ilvI[7] және rpoS[10][11][12][13] арқылы сезімге қарсы механизм.

DsrA үшеуі бар құрылымға бүктеледі шаш түйреуіштері. Бұлардың екіншісі (нуклеотидтер 23-60) байланыстырады Hfq.[14]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Следжески, Д; Готтесман С (1995). «Кішкентай РНҚ ішек таяқшасының H-NS-тынышталған rcsA генінің антисиленсері ретінде жұмыс істейді». Proc Natl Acad Sci USA. 92 (6): 2003–2007. Бибкод:1995 PNAS ... 92.2003S. дои:10.1073 / pnas.92.6.2003. PMC  42411. PMID  7534408.
  2. ^ Маждалани, Н; Айлакер С; Следжески Д; Эллиотт Т; Готтесман С (1998). «DsrA РНҚ RpoS хабарламасының транскрипцияның антисиленсері ретіндегі әсерінен тәуелсіз, антисензияға қарсы механизммен аудармасын реттейді». Proc Natl Acad Sci USA. 95 (21): 12462–12467. Бибкод:1998 PNAS ... 9512462M. дои:10.1073 / pnas.95.21.12462. PMC  22853. PMID  9770508.
  3. ^ Готтесман, С (2005). «Микробтарға арналған микро: бактериялардағы кодталмайтын реттеуші РНҚ». Трендтер генетикасы. 21 (7): 399–404. CiteSeerX  10.1.1.391.8944. дои:10.1016 / j.tig.2005.05.008. PMID  15913835.
  4. ^ Ву, Пенчжи; Лю, Сяодан; Янг, Лингна; Күн, Йитонг; Гун, Цингуо; Ву, Джихуй; Ши, Юню (2017-09-19). «DsrA sRNA-ның бірнеше мақсатты реттеуді бейімдеу үшін маңызды конформациялық пластикасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 45 (16): 9625–9639. дои:10.1093 / nar / gkx570. ISSN  1362-4962. PMC  5766208. PMID  28934467.
  5. ^ Cayrol B, Nogues C, Dawid A, Sagi I, Silberzan P, Isambert H (2009). «Бактериялық кодталмаған РНҚ-дан жасалған наноқұрылым». J Am Chem Soc. 131 (47): 17270–17276. дои:10.1021 / ja906076e. PMID  19821568.
  6. ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J, Busi F, Le Dérout J, Piétrement O, Le Cam E, Régnier P, Lavelle C, Arluison V (2009). «E. coli DsrA шағын кодталмаған РНҚ-ны автоматты түрде жинау: молекулалық сипаттамалары және функционалдық салдары.» РНҚ Биол. 6 (4): 434–445. дои:10.4161 / rna.6.4.8949. PMID  19535898.
  7. ^ а б c г. Лизинг Р.А., Кусик М.Е., Белфорт М (1998). «Ішек таяқшасындағы риборегуляция: DsrA РНҚ РНҚ әсер етеді: РНҚ өзара әрекеттесуі». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (21): 12456–12461. Бибкод:1998 PNAS ... 9512456L. дои:10.1073 / pnas.95.21.12456. PMC  22852. PMID  9770507.
  8. ^ Urban JH, Vogel J (2007). «Escherichia coli ұсақ РНҚ-ны in vivo арқылы трансляциялық бақылау және мақсатты тану». Нуклеин қышқылдары. 35 (3): 1018–1037. дои:10.1093 / nar / gkl1040. PMC  1807950. PMID  17264113.
  9. ^ RA Belfort M арендасы (2000). «Трансшерлік РНҚ ішек таяқшасындағы басқару қосқышы ретінде: DsrA альтернативті құрылымдарды құру арқылы функцияны модуляциялайды». Proc Natl Acad Sci U S A. 97 (18): 9919–9924. Бибкод:2000PNAS ... 97.9919L. дои:10.1073 / pnas.170281497. PMC  27626. PMID  10954740.
  10. ^ Majdalani N, Cunning C, Sledjeski D, Elliott T, Gottesman S (1998). «DsrA РНҚ RpoS хабарламасының транскрипцияның антисиленсері ретіндегі әсерінен тәуелсіз, антисензияға қарсы механизммен аудармасын реттейді». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (21): 12462–12467. Бибкод:1998 PNAS ... 9512462M. дои:10.1073 / pnas.95.21.12462. PMC  22853. PMID  9770508.
  11. ^ Majdalani N, Chen S, Murrow J, St John K, Gottesman S (2001). «RpoS-ті жаңа шағын РНҚ-мен реттеу: RprA сипаттамасы». Мол микробиол. 39 (5): 1382–1394. дои:10.1111 / j.1365-2958.2001.02329.x. PMID  11251852.
  12. ^ Следжески Д.Д., Гупта А, Готтесман С (1996). «Кішкентай РНҚ, DsrA, ішек таяқшасында экспоненциалды өсу кезінде RpoS төмен температуралық экспрессиясы үшін маңызды». EMBO J. 15 (15): 3993–4000. дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00773.x. PMC  452119. PMID  8670904.
  13. ^ Следжески Д.Д., Уитмен С, Чжан А (2001). «Hfq аударылмаған DsrA РНҚ-сы үшін қажет». J бактериол. 183 (6): 1997–2005. дои:10.1128 / JB.183.6.1997-2005.2001. PMC  95095. PMID  11222598.
  14. ^ Брешия, КС; Микулечки, П.Дж .; Фейг, АЛ; Sledjeski, DD (қаңтар 2003). «DsrA РНҚ-да Hfq байланыстыратын орынды анықтау: Hfq DsrA екінші құрылымын өзгертусіз байланысады». РНҚ. 9 (1): 33–43. дои:10.1261 / rna.2570803. PMC  1370368. PMID  12554874.

Әрі қарай оқу

Сыртқы сілтемелер