TMEM8B - TMEM8B
Трансмембраналық ақуыз 8В Бұл ақуыз адамдарда кодталған TMEM8B ген. Ол а кодтайды трансмембраналық ақуыз ұзындығы 338 амин қышқылдары және адамның 9-хромосомасында орналасқан.[5] Бұл генмен байланысты бүркеншік аттарға C9orf127, NAG-5 және NGX61 жатады.[6]
Джин
Орналасқан жері
Цитогендік орналасуы: 9р13.3[7]Орналасқан 9-хромосома адам геномында Ол 35,814,451 негізгі жұбынан басталып, 35,865,518-де аяқталады және құрамында 19 экзон бар. Ақуызды кодтайтын 13 транскрипция нұсқасы бар, ал ең ұзын транскрипт нұсқасы - 790 аминқышқылының ұзындығы.
Өрнек
TMB8B-дегі NCBI-дің EST Abundance профилі парағындағы ақпаратты қолдану арқылы экспрессия деңгейлері адамның әртүрлі 32 тінінде өзгереді. Экспрессияның ең жоғары деңгейлерін ми, аналық без, простата, плацента, және ұйқы безі.[8] Кейбір қатерлі ісік тіндерінде экспрессия деңгейі төмендейді, атап айтқанда назофаринс және колоректальды карциномалар. TMEM8B дамудың барлық кезеңдерінде, соның ішінде ұрық кезеңдерінде көрінеді, өйткені экспрессияның төменгі деңгейі бар ұрықтың бауыры, ми және тимус.[8]
мРНҚ
Splice нұсқалары
TMEM8B-де адамдарда мРНҚ-ны біріктірудің 13 белгілі нұсқасы бар: Төмендегі кестені қараңыз. Барлық 13 нұсқа ақуыздарды кодтайды және олардың барлығы 19 экзоннан тұрады.
| Аты-жөні | Қосылу нөмірі | Аминоқышқылдың ұзындығы | мРНҚ |
|---|---|---|---|
| Isoform A | NP_001036055.1 | 472 | NM_001042589.2 |
| Isoform B | NP_057530.2 | 338 | NM_016446.3 |
| Isoform X1 | XP_011516213.1 | 508 | XM_011517911.2 |
| Isoform X2 | XP_011516204.1 | 498 | XM_011517902.2 |
| Isoform X3 | XP_024303339.1 | 482 | XM_024447571.1 |
| Isoform X4 | XP_011516205.1 | 399 | XM_011517903.2 |
| Isoform X5 | XP_024303338.1 | 373 | XM_024447570.1 |
| Isoform X6 | XP_011516206.1 | 790 | XM_011517904.3 |
| Isoform X7 | XP_011516207.1 | 334 | XM_011517905.1 |
| Isoform X8 | XP_016870294.1 | 675 | XM_017014805.1 |
| Isoform X9 | XP_011516218.1 | 450 | XM_011517916.2 |
| Isoform X10 | XP_016870296.1 | 406 | XM_017014807.1 |
| Isoform X11 | XP_011516220.1 | 398 | XM_011517918.3 |
Төмендегі суретте NCBI генінен TMEM8B-мен салыстырғанда әр изоформаның хромосомалық орналасуы көрсетілген.
Ақуыз
Ақуыздарды талдау
Ақуыздарды талдау Isoform A.TMEM8B изоформасында ұзындығы 472 амин қышқылдары болды. Молекулалық салмағы 36,8 кДа,[9] ал изоэлектрлік нүкте 6,773 құрайды.[10] 7 бар трансмембраналық домендер нәтижесінде 52% ақуыз құрамында болады плазмалық мембрана.[11] С заряды> N-заряд, демек C-терминалы соңы ішкі жағында. Трансмембраналық домендер көптеген сүтқоректілерді қосқанда көптеген ортологтарда сақталады. TMEM8B басқа ақуыздарға қатысты қалыпты деңгейден жоғары K, Лизин және L, Лейцин.[9] TMEM8B консервацияланған домендерінде лейцинге бай үш қайталанатын аймақ бар, барлығы 4 аминқышқылдары. Лейцинге бай аймақтар нәтижесінде гидрофобтық өзара әрекеттесулер болуы мүмкін.[12]
Екінші құрылым
Екінші құрылымды анықтау осы ақуыздың қызметін одан әрі талдауға көмектеседі. Альфа спиралдары трансмембраналық аймақтардың ең күшті индикаторлары болып табылады, өйткені спираль тәрізді құрылым барлық магистральды сутегі байланыстарын іштей қанағаттандыра алады. Сондықтан бұл ақуыздың қайталама құрылымы практикалық болып табылады, өйткені альфа спиральдарының көп бөлігі болжанған трансмембраналық аймақтарға жатады. Бұл ақуызда анықталған басқа құрылымдарға маңызды деп болжанған кеңейтілген жіптер жатады жиналмалы аймақтар, және кездейсоқ катушкалар, тұрақты қайталама құрылым болмаған кездегі конформациялар класы.
Үшінші құрылым
I-TASSER[13] альфа спиралдары мен бета парақтарын стратегиялық бүктей отырып, TMEM8B үшінші деңгейлі құрылымын болжады. TMEM8B жоғары баллдық гидрофобты сегменттері болмаса да, олар әдетте 3D құрылымының ішкі бөлігінде жасырылатын болады, бұл ақуыздың құрамындағы лейцин (L) аминқышқылдарының көп мөлшері өзімен гидрофобты өзара әрекеттесуді тудырады және бұл аудандар болжануда құрылымның ішкі жағына көмілген.[12] Болжалды үшінші құрылымды көру үшін төмендегі суретке жүгініңіз.
TMEM8B жоғары деңгейлі құрылымға өте ұқсас, ол ұқсас Рилин ақуызы, 42% қамту және 14,79% сәйкестілікпен болжанған[14] Рилин ақуызында трансмембраналық домендер жоқ, көбінесе оларда кездеседі ми қыртысы және гиппокамп, онда ол бақылауда маңызды рөл атқарады нейрондық миграция және мидың дамуы кезінде жасушалық қабаттардың пайда болуы.
Гомология
Ортологтар
TMEM8B ортологтары BLAST-та дәйектелді[15] және 20 түрлі ортолог таңдалды. Ортологтар - көп клеткалы организмдер және әр түрлі болады сүтқоректілер, кеміргіштер, құстар, балық, қосмекенділер, эхинодермалар, аккордтар, жәндіктер, және синдиарлар. Төмендегі кестені қараңыз. Уақыт ағашы MYA көрсетілген эволюциялық тармақталуды табу үшін қолданылған бағдарлама болды,[16] және геномның сақталған домендері табылды және ClustalW көмегімен талданды.[17]
| Түрлер | Жалпы аты | Адамдардан алшақтық (MYA) | Қосылу нөмірі | Аминоқышқылдың ұзындығы | Реттік сәйкестілік | Тізбектік ұқсастық |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Адамдар | -- | EAW58325.1 | 338 | -- | -- |
| Carlito syrichta | Филиппиндік шайыр | 67.1 | XP_008061336.2 | 273 | 96% | 97% |
| Trichechus manatus latirostris | Флорида манаты | 105 | XP_004372337.1 | 273 | 96% | 97% |
| Neomonachus schauinslandi | Гавайлық монахтардың мөрі | 96 | XP_021546789.1 | 280 | 96% | 96% |
| Pelecanus Crispus | Далматиялық пеликан | 312 | XP_009481450.1 | 219 | 75% | 86% |
| Сальмо салар | Атлантикалық лосось | 435 | XP_013999021.1 | 494 | 68% | 86% |
| Struthio camelus australis | Оңтүстік түйеқұс | 312 | XP_009675834.1 | 283 | 70% | 81% |
| Cariama cristata | Қызыл аяқты серия | 312 | XP_009701221.1 | 280 | 68% | 80% |
| Egretta garzetta | Кішкентай аққұтан | 312 | XP_009645653.1 | 282 | 68% | 79% |
| Sinocyclocheilus graham | Алтын желі балықтар | 435 | XP_016091386.1 | 295 | 62% | 76% |
| Charadrius vociferus | Кильдер | 312 | XP_009889203.1 | 420 | 63% | 75% |
| Chrysochloris asiatica | Мыс тәрізді алтын мең | 105 | XP_006863153.1 | 392 | 93% | 75% |
| Branchiostoma belcheri | Belcher's Lancelet | 684 | XP_019646192.1 | 209 | 37% | 54% |
| Xenopus laevis | Африкалық тырнақталған бақа | 352 | XP_018123357.1 | 480 | 65% | 50% |
| Диахазма аллеясы | Жалпы өрмекші | 797 | XP_015126938.1 | 252 | 29% | 47% |
| Megachile rotundata | Жоңышқаның жапырақты арасы | 797 | XP_003700975.2 | 242 | 29% | 46% |
| Strongylocentrotus purpuratus | Күлгін теңіз кірпісі | 684 | XP_011666469.1 | 240 | 23% | 38% |
| Криптотериялар | Термит | 794 | XP_023705434.1 | 361 | 31% | 29% |
| Exaiptasia pallida | Теңіз анемоны | 824 | XP_020898578.1 | 361 | 29% | 28% |
| Ciona intestinalis | Ваза туникасы | 676 | XP_009857467.1 | 384 | 33% | 18% |
Паралогтар
Бұл протеин BLAST-та секвенирленген кезде адамның бір параллелі табылды. Ол ұзындығы 416 амин қышқылдары, 40% реттілігі және 45% ұқсастығы бар. Бұл ақуыздың есептік нөмірі: NP_067082.2.
TMEM8B дифергенциясы
TMEM8B эволюциялық салыстыруында әр топтан бір түр (мысалы, сүтқоректілер, құстар, балықтар) бір графикте ақпараттың көптігін болдырмау үшін салынған. Сондай-ақ, тез алшақтықты салыстыруды жоспарлады цитохром С және баяу алшақтау фибриноген. TMEM8B осы екі белок арасындағы дивергенцияны көрсетеді.
Клиникалық маңызы
TMEM8B төменгі өрнек жылдамдығын көрсетеді мұрын-жұтқыншақ карциномалары, және өрнек сонымен бірге төменде реттеледі тік ішек қатерлі ісіктері. Бұл ген эпидермиялық өсу факторының рецепторы (EGFR) жолында да теріс рөл атқарады.[5] Ол жасуша циклінің G0-G1 прогрессиясын кешіктіреді және осылайша тежей алады жасушалардың көбеюі назофарингеальды карцинома жасушаларында.[5]
Бұл геннің мутациясы патогенді болуы мүмкін және себебі болуы мүмкін созылмалы ауырсыну бұзылыстары, нақты эритромелалгия белгілері.[5][18][19] Эритромелалгия - бұл сирек кездесетін жағдай, бұл аяқ-қолдарға әсер етеді (қолдар мен аяқтар), және қатты, жанғыш ауырсынумен, қатты қызарумен және терінің температурасының жоғарылауымен сипатталады.[20] Симптомдарды азайтуға арналған дәрі-дәрмектер бар, дегенмен, сирек кездесетін аурудың емі жоқ.[20]
Өзара әрекеттесетін ақуыздар
Екі өзара әрекеттесетін ақуыз табылды: EGF ақуызы, және ATXN1L ақуызы.
EGF мұрын-жұтқыншақ карциномаларында жасушалардың адгезиясында маңызды рөл атқарады (TMEM8B бұл карциномаларда да рөл атқарады). Бұл ақуыз жасуша бетінде а түрінде көрінеді гликопротеин, және EGF-нің эктопиялық индукциясы NPC жасушаларының миграциясын нашарлатуы және жақсартуы мүмкін жасушалардың адгезиясы және ажырымдық жасушааралық байланыс.[21]
ATXN1L ақуызымен корреляция бар нейродегенеративті бұзылулар. Нейродегенеративті бұзылулар церебральярға байланысты тепе-теңдіктің бұзылуымен сипатталады Пуркинье дегенерациясы. Атаксияны тудыратын ақуыздар өзара әрекеттесетін серіктестермен бөліседі, олардың бір бөлігі жануарлар модельдерінде нейродегенерацияны өзгертетіні анықталды. Интерактом нейродегенеративті бұзылуларға тән патогендік механизмдерді түсінуге арналған құрал ұсынады.[22]
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000137103 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000078716 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ а б c г. Чжан XM, Ванг XY, Шэнг СР, Ван Дж., Ли Дж (тамыз 2003). «Ісікке байланысты гендердің NGX6, NAG-7, BRD7 асқазан және тік ішек рагында экспрессиясы». Дүниежүзілік гастроэнтерология журналы. 9 (8): 1729–33. дои:10.3748 / wjg.v9.i8.1729. PMC 4611532. PMID 12918109.
- ^ NCBI, нуклеотид
- ^ «NCBI ақуызы». NCBI. Алынған 24 сәуір 2018.
- ^ а б «Синтетикалық конструкция Homo sapiens клоны ccsbBroadEn_08344 TMEM8B гені, - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 3 мамыр 2018.
- ^ а б «SAPS <Реттілік статистикасы
- ^ Козловский, Лукаш П. «IPC - ақуыздар мен пептидтердің ISOELECTRIC нүктесін есептеу». isoelectric.org.
- ^ «TMHMM Server, v. 2.0». www.cbs.dtu.dk.
- ^ а б «Протеин құрылымы: бастапқы, екінші, үшінші, төрттік құрылымдар». www.particlescience.com. Алынған 3 мамыр 2018.
- ^ «I-TASSER нәтижелері». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Алынған 1 мамыр 2018.
- ^ {{сілтеме веб | тақырып = SWISS-MODEL |
- ^ BLAST ақуыздар тізбегі, c9orf127
- ^ Уақыт ағашы http://www.timetree.org/resources
- ^ Clustal W, Бірізділікті туралау
- ^ Андерссон Б, Вентланд М.А., Рикафренте Дж., Лю В, Гиббс Р.А. (сәуір 1996). «Мылтық кітапханасын жақсартуға арналған» қос адаптер «әдісі». Аналитикалық биохимия. 236 (1): 107–13. дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- ^ «C9orf127 хромосомасы 9 ашық оқудың жақтауы 127». Entrez Gene.
- ^ а б «Эритромелалгия - NORD (Сирек кездесетін бұзылулар жөніндегі ұлттық ұйым)». NORD (Сирек кездесетін бұзылулар жөніндегі ұлттық ұйым). Алынған 2 мамыр 2018.
- ^ Ma, J. (16 қыркүйек 2004). «EGF тәрізді доменді қамтитын жаңа геннің NGX6 генінің назофарингеальды карцинома жасушаларында жасушалардың адгезиясын модуляциялаудағы рөлі». Канцерогенез. 26 (2): 281–291. дои:10.1093 / карцин / bgh312. PMID 15498789.
- ^ Лим, Джангху; Хао, Тонг; Шоу, Чад; Пател, Акаш Дж .; Сабо, Габор; Руаль, Жан-Франсуа; Фиск, Джозеф; Ли, Нин; Смоляр, Алекс; Хилл, Дэвид Е .; Барабаси, Альберт-Ласло; Видал, Марк; Зогби, Худа Ю. (2006 ж. 19 мамыр). «Адамның тұқым қуалайтын атаксиялары мен Пуркинье жасушаларының деградациясының бұзылыстары үшін ақуыз-ақуыздың өзара әрекеттесу желісі». Ұяшық. 125 (4): 801–814. дои:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Әрі қарай оқу
- Мацуяма А (2017). Моногенді ауырсыну бұзылыстарымен байланысты гендерді зерттеу арқылы ауыру механизмдеріне жаңа түсініктер (PhD диссертация). Лондон университетінің колледжі.
- Ван Л, Ма Дж, Ли Дж, Ли Х, Чжан Q, Пенг S, Пенг С, Чжоу М, Сион В, Ян Дж, Чжоу Дж, Фан С, Тан С, Ян Q, Шен С, Ли Г (мамыр 2005) ). «NGX6 гені жасушалардың көбеюін тежейді және назофарингеальды карцинома жасушаларында EGFR жолында теріс рөл атқарады». Жасушалық биохимия журналы. 95 (1): 64–73. дои:10.1002 / jcb.20393. PMID 15723283. S2CID 22108618.
- Пенг СП, Ли ХЛ, Ванг Л, Оу-Янг Дж, Ма Дж, Ванг Л.Л., Лю Х.Й., Чжоу М, Тан YL, Ли WS, Луо XM, Цао Л, Тан К, Шен СР, Ли Ги (2006). «NGX6 және оның жойылу мутанттарының мұрын-жұтқыншақ ісігі 5-8F жасушаларының көбеюіндегі, адгезиясындағы және миграциясындағы рөлі». Онкология. 71 (3–4): 273–81. дои:10.1159/000106073. PMID 17641538. S2CID 33593476.
- Ма Дж, Чжоу Дж, Фан С, Ван Л, Ли Х, Ян Q, Чжоу М, Лю Х, Чжан Q, Чжоу Х, Ган К, Ли З, Пенг С, Сионг В, Тан С, Шен С, Ян Дж , Ли Дж, Ли Г (ақпан 2005). «EGF тәрізді доменді қамтитын жаңа геннің NGX6 генінің назофарингеальды карцинома жасушаларында жасушалардың адгезиялануындағы рөлі». Канцерогенез. 26 (2): 281–91. дои:10.1093 / карцин / bgh312. PMID 15498789.
- Ма Дж, Ли Дж, Чжоу Дж, Ли XL, Тан К, Чжоу М, Ян Дж.Б, Ян Q, Шен SR, Ху GX, Ли GY (желтоқсан 2002). «Профильді гендер, cDNA массивімен NGX6 шамадан тыс экспрессияланған мұрын-жұтқыншақ карциномасы жасушаларында әр түрлі көрсетілген». Онкологиялық зерттеулер және клиникалық онкология журналы. 128 (12): 683–90. дои:10.1007 / s00432-002-0387-5. PMID 12474055. S2CID 21997313.
- Li J, Tan C, Xiang Q, Zhang X, Ma J, Wang JR, Yang J, Li W, Shen SR, Liang S, Li G (сәуір, 2001). «Адамның мұрын-жұтқыншақ карцинома жасушаларына трансфекцияланған NGX6 әсерінен туындаған ақуыз синтезінің өзгеруін протеомиялық анықтау». Ақуыздар химиясы журналы. 20 (3): 265–71. дои:10.1023 / A: 1010912311564. PMID 11565907. S2CID 38667111.
- Ю В, Андерссон Б, Уорли К.С., Музни Д.М., Динг Ю, Лю В, Рикафренте Дж., Вентлэнд М.А., Леннон Г, Гиббс Р.А. (сәуір 1997). «Үлкен масштабты біріктіру cDNA тізбегі». Геномды зерттеу. 7 (4): 353–8. дои:10.1101 / гр.7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Сыртқы сілтемелер
- Адам TMEM8B геномның орналасуы және TMEM8B геннің егжей-тегжейлі беті UCSC Genome Browser.
- Адамдағы онлайн менделік мұра (OMIM): трансмембраналық ақуыз 8B; TMEM8B - 616888
- ExPasy, Sibs биоинформатикасын талдау
- EMBOSS ине протеині