TMEM44 - TMEM44

TMEM44
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарTMEM44, трансмембраналық ақуыз 44
Сыртқы жеке куәліктерMGI: 1924489 HomoloGene: 26702 Ген-карталар: TMEM44
Геннің орналасуы (адам)
3-хромосома (адам)
Хр.3-хромосома (адам)[1]
3-хромосома (адам)
TMEM44 үшін геномдық орналасу
TMEM44 үшін геномдық орналасу
Топ3q29Бастау194,587,673 bp[1]
Соңы194,633,689 bp[1]
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез

93109

224090

Ансамбль

ENSG00000145014

ENSMUSG00000022537

UniProt

Q2T9K0

жоқ

RefSeq (mRNA)

NM_001011655
NM_001166305
NM_001166306
NM_138399

NM_172614
NM_001357413
NM_001357414
NM_001357415
NM_001361297

RefSeq (ақуыз)

NP_001011655
NP_001159777
NP_001159778
NP_612408

жоқ

Орналасқан жері (UCSC)Chr 3: 194.59 - 194.63 MbХр 16: 30.51 - 30.55 Мб
PubMed іздеу[3][4]
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеуТінтуірді қарау / өңдеу

TMEM44 (трансмембраналық ақуыз 44) Бұл ақуыз адамдарда TMEM44 кодталған ген[5]. DKFZp686O18124 - бұл TMEM44 синонимі.

Джин

TMEM44 генінде 14 бар транспипттер (қосудың нұсқалары). Барлық аралық ген 46 016 құрайды негізгі жұптар ұзақ, ал мРНҚ TMEM44 тізбегінің ұзындығы 1,483 базалық жұп, 13-ке тең экзондар. Exon 1 және 2 ішінара бөлігі болып табылады 5'-UTR, ал ішінара экзон 2 тек жоғары сақталған приматтарда[6].

Реттеу

5 эксперименттік расталған промоутерлер, және 4 болжамды. Промоутер GXP_232172, ол 5-ші промотор жиынтығы, ұзындығы - 1276 базалық жұп және жалпы 11 кодтау транскрипті бар.[7].

Өрнек

Адамның бүкіл дене мүшелерінде және бүкіл даму кезеңінде TMEM44 генінің жалпы төмен деңгейдегі экспрессиясы бар. TMEM44 өрнегі анықталған кейбір бөліктер орналасқан сүйек, ми, көз, аналық без, ұйқы безі және жатыр. Кейбір өрнектер денсаулық жағдайында, соның ішінде анықталды асқазан-ішек ісігі, глиома, аналық без ісігі, ұйқы безінің ісігі, бұлшықет тіндерінің ісігі және жатырдың ісігі[8].

Локус

TMEM44 гені ұзын қолдың ұшына жақын орналасқан 3-хромосома (3q29) адамдарда (Homo sapiens)[9].

Адамның 3-хромосомасындағы TMEM44 гені

Ақуыз

TMEM44 - ұзындығы 428 амин қышқылдары. Ақуыздың молекулалық салмағы 47,1кДа, ал оның формуласы С2086H3315N585O611S22, барлығы 6,619 атом бар[10]. Теориялық изоэлектрлік нүкте TMEM44 (pI) - 8.12[11]. The тұрақсыздық индексі (II) TMEM44 47,96 құрайды, бұл ақуызды тұрақсыз деп жіктейді. 12 бар изоформалар TMEM44, бұл изофромнан бастап ең ұзын[9]. TMEM44 функциясы қазіргі уақытта белгісіз.

Ішкі жасушалық локализация

Цитоплазмада TMEM44-тің C-терминасы кездеседі, ал ақуыз эндоплазмалық тордың мембранасында интеграцияланады деп болжануда[12].

Екінші құрылым

TMEM44 құрамында 41,12% альфа-спираль, 15,65% ұзартылған жіп және 43,22% кездейсоқ катушкалар бар.[13].

119-дан 267-ге дейінгі реттіліктен тұратын ішінара TMEM44 ақуызының 3D мөлшері (сәйкестілік 13%)

Трансмембраналық аймақты бөлу

TMEM44 ақуызында болжанған жеті трансмембраналық домен бар.

Адамның TMEM44 ақуызының фобиусының артқы ықтималдығы

Өзара әрекеттесетін ақуыздар

GSK3B (Гликоген синтаза киназа 3 бета), KAT6B (Гистон ацетилтрансфераза KAT6B / Гистон ацетилтрансфераза MYST4), TMEM31 (Трансмембраналық ақуыз 31), SPAG9 (сперматозоидпен байланысты антиген 9) және TNKS (танкираза-1) TMEM44-пен өзара әрекеттеседі деп болжануда[14][15][16].

Аудармадан кейінгі модификация

TMEM44 өтеді треонин, тирозин және серин фосфорлану[17]. Көптеген сериндік фосфорлану С-терминалының маңында жүреді және оның теріс зарядталуына әкеледі.

Адамның TMEM44 ақуызындағы болжамды фосфорлану орындары

The Глицин (G) C терминалына жақын орналасқан деп болжануда гликозилфосфатидилинозит (GPI) ақуызды жасушалық плазмалық мембранаға бекітетін бекітілген[18].

Алғашқы 45 аминқышқылдары а сигнал пептидінің бөлінуі сайт [19].

Сақтау

Ортологтар

Ортологтар TMEM44 ақуызымен бірге қосмекенділер, құстар, балықтар және сүтқоректілер. Адамнан TMEM44 ең жақын ортолог болып табылады қарапайым шимпанзе (Пантроглодиттер) 98% сәйкестілікпен, ал ең алшақ туыстықты орфолог болып табылады қарапайым сазан (Cyprinus carpio) 27% сәйкестілікпен[20].

Төменде TMEM44 таңдалған 12 ортологы көрсетілген.

TMEM44 ортологтары
реттік нөміртүртүрлеріжалпы атаубөліну күні / MYANCBI[21] қосылу нөміріжеке басын куәландыратын/%
Хомосапиендерадам0AAI44160.1100
1Макакаfascicularisкраб жейтін макака29XP_005545405.194
2РинолофуссиникусҚытайлық руфф таяқшасы96XP_019578895.180
3Кондилуракристатажұлдызды мұрын96XP_012585115.179
4Энгидраlutris kenyoniтеңіз суы96XP_022370817.178
5Сорексаранеусқарапайым қасық96XP_012791655.163
6Хриземисpicta belliiтасбақа боялған312XP_023967126.151
7Ниппонияниппонөрілген ибис312XP_009466798.142
8Ксенопусtropicalisбатыс тырнақ бақа353XP_012818195.139
9Сальвелинусальпинусарктикалық char435XP_023859379.135
10Гиппокампкеледіжолбарыс құйрығы теңіз аты435XP_019735697.133
11ОреохромисniloticusНіл тілапиясы435XP_013119610.130
12МоноптерусальбусАзиялық батпақты жылан435XP_020452501.129

TMEM44 негізінен тез дамып келеді, 100-ге аминқышқылдарының миллионға шаққанда 0,310 өзгерісі болады.

Түзетілген аминқышқылдарының 100 қалдыққа өзгеруінің графигі (м) басқа ақуыздармен салыстырғанда TMEM44 (қызыл) жылдамдығын көрсететін уақыт ішінде

Паралогтар

Болжалды параллель TMEM44 ақуыздары болып табылады C9IZ85, F8WCY1, F8WE47, H7C3X7, J3KQW3, Q6PL43, және Q96I73[22].

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000145014 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000022537 - Ансамбль, Мамыр 2017
  3. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  4. ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  5. ^ «Entrez Gene: Трансмембраналық ақуыз 44». Алынған 2018-05-01.
  6. ^ «Homo sapiens трансмембраналық ақуыз 44, мРНҚ (cDNA клонының кескіні: 4747146) - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-02-18.
  7. ^ «Genomatix - NGS деректерін талдау және дербестендірілген медицина». www.genomatix.de. Алынған 2018-05-05.
  8. ^ Топ, Шулер. «EST профилі - Hs.478729». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-04-23.
  9. ^ а б «TMEM44 трансмембраналық ақуыз 44 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-02-15.
  10. ^ «ExPASy - ProtParam құралы». web.expasy.org. Алынған 2018-04-22.
  11. ^ «ExPASy - pI / Mw есептеу құралы». web.expasy.org. Алынған 2018-05-05.
  12. ^ «PSORT WWW сервері». psort.hgc.jp. Алынған 2018-05-05.
  13. ^ UCBL, Institution de Biologie et Chimie des Proteines - UMR5086 - CNRS -. «NPS @: GOR4 екінші ретті құрылымын болжау». npsa-prabi.ibcp.fr. Алынған 2018-05-05.
  14. ^ IntAct. «https://www.ebi.ac.uk/intact/». www.ebi.ac.uk. Алынған 2018-04-22. Сыртқы сілтеме | тақырып = (Көмектесіңдер)
  15. ^ Зертхана, Майк Тайерс. «BioGRID | Ақуыздар, химиялық және генетикалық өзара әрекеттесулер туралы мәліметтер базасы». thebiogrid.org. Алынған 2018-04-22.
  16. ^ «Молекулалық өзара әрекеттесу дерекқоры - ELIXIR негізгі ресурсы». жалбыз.био.унирома2.it. Алынған 2018-04-22.
  17. ^ «NetPhos 3.1 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2018-04-22.
  18. ^ «GPI болжау сервері». mendel.imp.ac.at. Алынған 2018-05-05.
  19. ^ «ProP 1.0 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2018-05-05.
  20. ^ «BLAST: Негізгі туралау іздеу құралы». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-02-18.
  21. ^ «Үй - Протеин - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-05.
  22. ^ .Деректер базасы, GeneCards Адам гені. «TMEM44 Gene - GeneCards | TMM44 Протеин | TMM44 Антидене». www.genecards.org. Алынған 2018-04-23.