TMEM125 - TMEM125

Адамның хромосомасы 1

Трансмембраналық ақуыз 125 бұл ақуыз, ол адамдарда TMEM125 генімен кодталады.[1] Бұл 4 трансмембраналық домендер және өкпеде, қалқанша безде, ұйқы безінде, ішекте, жұлында және мида көрінеді. Қазіргі уақытта ғылыми қауымдастық оның функциясын жете түсінбесе де, зерттеулер оның колоректальды және өкпенің қатерлі ісігі жүйелерінде болуы мүмкін екенін көрсетеді.[2] Сонымен қатар, ол а ретінде анықталды жасушалардың адгезия молекуласы олигодендроциттерде бұл нейрон миелинациясында рөл атқаруы мүмкін деп болжайды.[3]

Джин

TMEM125 генінің бүркеншік аты жоқ, тек оның кодталған ақуыздың атауынан басқа. Оның цитогендік орналасуы плюс тізбегінде 1p34.2-де орналасқан және ол 43,272,723-тен 43,273,379-ға дейін созылады. TMEM125 төрт экзоннан тұрады.[1]

Гендік деңгейдегі реттеу

Genomatix Gene2Promoter арқылы бес TMEM125 промоутері анықталды. Бастапқы промоутер (NM_001320244) ұзындығы 1881 б.р.[4] Ол шанышқы басының домендік факторлары мен мырыш саусақ транскрипциясы факторларын байланыстыратын орындардан тұрады.

Транскрипт

TMEM125-те екі нұсқалық транскрипция бар, олар тек ерекшеленеді 5 'аударылмаған аймақ (UTR), бірақ екеуі де бір ақуызды кодтайды. mRNA 1 нұсқасы екі нұсқаның ұзындығын білдіреді және ұзындығы 1898 базалық жұпты құрайды (bp); 2-нұсқа 1797 а.к.[1]

Транскрипт деңгейіндегі реттеу

TMEM125 микроаррай - адамның қалыпты тініндегі экспрессияның бағаланған көрінісі экспрессияның негізгі тіндерін ұйқы безі, өкпе, сілекей бездері, трахея, ми, қуықасты безі, жұлын және қалқанша бездер көрсетеді.[5] Қосымша, РНҚ-сек деректер транскрипцияны келесі қосымша тіндерде көрсетеді: тоқ ішек, жіңішке ішектер, қуықасты безі және асқазан.[6]

Ақуыз

Болжамды құрылым

TMEM125 Phyre2 жасаған топологияны болжады

TMEM125 құрамында төрт трансмембраналық домендері бар 219 аминқышқылдары бар.[1] Оның болжамды изоэлектрлік нүктесі - 8,32, ал болжанған молекулалық салмағы - 22,1 кДа.[7] Бұл, ең алдымен, лейцинге, екіншіден, аланинге және глицинге бай; TMEM125 сонымен қатар аргинин және лизин тапшылығы бар. Оның екі негізгі қайталанатын блоктары бар, олар VALL және TTSS, екеуі де ақуыздың ішінде екі рет пайда болады.[8]

TMEM125 екінші құрылымы мынадан тұрады деп болжануда α-спиралдар және кіші сегменттері парақ.[9][10][11][12]

TMEM125-тің үшінші құрылымы мен топологиясы Phyre2 арқылы алдын-ала болжанған және бейнеленген.[13]

TMEM125 домендері және кейінгі аударма модификациясының болжамды сайттары (PTM)

Трансляциядан кейінгі модификация және локализация

TMEM125-те 1 болжам бар фосфорлану учаске (CK2 Phos), 5 болжамды N-миристоиляция алаңдары (N-mir), 2 болжамды пальмитоиляция сайттар (Pal), және 1 болжамдалған амидация сайт (Amid).[14] Ол сонымен қатар белгісіз функцияның домені 66 (DUF66).

TMEM125 ішіндегі жасушалық локализацияланған деп болжануда плазмалық мембрана. Екіншіден, локализацияланған деп болжануда эндоплазмалық тор.[15]

Ақуыздардың өзара әрекеттесуі

TMEM125 үшін анықталған ғылыми тексерілген ақуыздық өзара әрекеттесулер болған жоқ. String ақуыздарының өзара әрекеттесуі TMEM125 үшін 10 функционалды ақуыз серіктестерін болжады, бірақ олардың барлығы мәтіндік өңдеу арқылы анықталды.[16]

Гомология / эволюция

TMEM125 ортологтарының тізімі

TMEM125 адамға шеміршекті балықтар сияқты алыс түрлерде сақталады, бұл адамдар үшін ең соңғы атасы 465 миллион жыл бұрын болған.[17] TMEM125 приматтарда, сүтқоректілерде, құстарда, бауырымен жорғалаушыларда, сүйекті балықтарда және шеміршекті балықтарда жоғары деңгейде сақталады, бірақ омыртқасыздарда байқалмайды.[18]

TMEM125-те ешқандай теңдеулер жоқ.[1]

Клиникалық маңызы

Топологиялық транскриптомды талдауда зерттеушілер кіші жасушалы емес өкпенің қатерлі ісігін реттейтін желінің маңызды ақуыздарын профильдеп, TMEM125-тің қатерлі және қалыпты жағдайда әр түрлі топологиялық сипаттамаларын көрсететіндігін анықтады, бұл оның өкпенің қатерлі ісігі желілеріндегі маңыздылығын көрсетеді.[2]

Бұл кейінгі аудармалық модификация талдауларымен сәйкес келеді; TMEM125 фосфорлануы оның сигналды өткізу жолында немесе рецепторлық ақуыз түрінде болуы мүмкін екенін болжайды. Сонымен қатар, оның миристоиляция алаңдары оның сигналды өткізуге, апоптозға және жасушадан тыс балама экспортына қатысуын ұсынады.[19]

TMEM125 олигодендроциттермен байытылған тетраспанин жасушаларының адгезия молекуласы ретінде анықталды, бұл оның миелинизацияда рөл атқаруы мүмкін деген болжам жасады. Сонымен қатар, оның эксгрессиясы in vitro-да олигодендроциттерді саралау кезінде байқалмады, бірақ олигодендроциттерде емделген егеуқұйрық миынан анықталды, бұл оның экспрессиясы аксондардың болуымен реттеледі.[3]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e «TMEM125 трансмембраналық ақуыз 125 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-02-25.
  2. ^ а б Изади, Ф. «Желілік топология және модульдік талдау негізінде кіші жасушалы емес өкпенің қатерлі ісігі кезіндегі негізгі реттеушілерді анықтау» (PDF). Арванд денсаулық және медициналық ғылымдар журналы. 1 (3).
  3. ^ а б Голан, Неев (шілде 2008). «Tmem10 / Opalin-ді генетикалық жасуша абляциясымен біріктірілген экспрессия профилін қолдану арқылы олигодендроциттермен байытылған ген ретінде анықтау». Глия. 56 (11): 1176–1186. дои:10.1002 / glia.20688. PMC  2830273. PMID  18571792.
  4. ^ TMEM125 үшін Genomatix Gene2Promoter https://www.genomatix.de/?s=0a5ff9bd8789702a10b4944121907066
  5. ^ TMB125 әр түрлі қалыпты ұлпаларға арналған NCBI GEO профильдері https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/49001241
  6. ^ NCBI Gene TMEM125 өрнегі туралы есеп, 3 ақпан 2019 ж https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/128218/?report=expression
  7. ^ ExPASy Compute pI / Mw құралы https://web.expasy.org/compute_pi/
  8. ^ EMBL-EBI SAPS Homo sapiens TMEM125 үшін матрица https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/saps/
  9. ^ CFSSP http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/
  10. ^ PRABI Лион-Жерланд SOPMA https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html
  11. ^ Jpred4 http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/
  12. ^ Ali2D https://omictools.com/ali2d-tool
  13. ^ Фире2 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
  14. ^ SIB MyHits MotifScan https://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan
  15. ^ TMEM125 үшін PSort II https://www.psort.org/
  16. ^ Эликсир STRING https://string-db.org/
  17. ^ TimeTree: Life Timescale іздеуі бойынша екі түрлі таксонға бөліну уақыты http://www.timetree.org/
  18. ^ TMB125 ортологтарын NCBI BLASTp іздеу https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Протеиндер
  19. ^ Маурер-Строх, С .; Эйзенхабер, Б .; Эйзенхабер, Ф. (2002). «Ақуыздардың N-терминалының N-миристоиляциясы: реттік мотивтің нақтылануы және оның таксонға тән айырмашылықтары». Молекулалық биология журналы. 317 (4): 523–540. дои:10.1006 / jmbi.2002.5425. PMID  11955007.