TMED5 - TMED5
Трансмембраналық emp24 домені бар ақуыз 5 Бұл ақуыз адамдарда кодталған TMED5 ген.[5]
Джин
Жалпы қасиеттері
TMED5 (құрамында трансмембраналық emp24 домені бар ақуыз 5) ретінде де белгілі б28, p24g2, және CGI-100.[5] Адам гені 30 775 базалық жұпты 4-тен асырады экзондар және 3 интрондар транскрипциялық нұсқа үшін 1, 5 экзон және транскрипт үшін 2 интрон, және ол минус тізбегінде орналасқан 1-хромосома, 1p22.1-де.[6]
Өрнек
TMED5-те 246 тіндерде анықталған транскрипциясы бар барлық жерде өрнек бар.[7] Андрогенді айыру тышқандардағы экспрессияның төмендеуіне әкелді спленоциттер бақылауға қарағанда.[8] Адам дендритті жасушалар жұқтырған Хламидиоз пневмониясы болмауын көрсетті TMED5 орташа экспрессияға ие жұқтырылмаған дендритті жасушалармен салыстырғанда өрнек.[9]
mRNA транскрипті
TMED5-те екі кодталған транскрипт нұсқасы бар және бір кодталмаған транскрипт нұсқасы бар балама қосу.[7] Isoform 1-де 4 экзоны бар және 229 аминқышқылындағы ақуызды кодтайды. Isoform 2-де 5 экзоны бар және қосымша эксонның арқасында кадрдың жылжуын тудыратын ақуызды қысқа С-терминалы 193 аминқышқылымен кодтайды.[5]
Ақуыз
Жалпы қасиеттері
TMED5 құрамында сигналдық пептид бар.[10] Сигнал пептиді бөлінгеннен кейін TMED5 изоформасы 1 202 амин қышқылынан тұрады және оның молекулалық салмағы ~ 23 кДа.[11] Піскен изоформ 2 формасы 166 амин қышқылынан тұрады және оның молекулалық салмағы ~ 19 кДа.[12] Екі изоформада да бар изолектрлік нүкте шамамен 4.6.[13]
Композиция
Адам ақуыздарының анықтамалық жиынтығымен салыстырғанда, TMED5 аланин мен пролин қалдықтары азырақ, бірақ аспарагин қышқылы мен фенилаланин қалдықтары көп.[14] TMED5 изоформ 1 трансмембраналық аймағына сәйкес келетін бір гидрофобты сегментке ие.[14]
Домендер мен мотивтер
TMED5 изоформ 1 - бір өтпелі трансмембраналық ақуыз және люменальды доменнен, бір трансмембраналық (спираль тәрізді) доменден және цитоплазмалық доменнен тұрады.[7]
TMED5 - бұл emp24 / gp25L / p24 тұқымдасы / GOLD отбасы ақуызының бөлігі.[7]
TMED5 құрамында ди-лизиндік мотив бар және болжанған NLS оның цитоплазмалық құйрығында.[16][17]
Құрылым
TMED5 изоформасы 1 құрылымы люменальды аймақты құрайтын бета жіптерден, диспаратталған катушкалардан тұратын аймақтардан, трансмембрана доменін құрайтын альфа спиралдардан және цитоплазмалық доменнің бір бөлігін құрайтын альфа спиралдардан тұрады.[18][19]
Аудармадан кейінгі модификация
TMED5 цитозолдық аймағында екі болжамды фосфорлану орны бар, Ser227 және Thr229.[21][22]
Локализация
TMED5 болжамды орналасуы плазмалық мембранада, жасушадан тыс N-терминалымен және жасушаішілік C-терминасымен. TMED5 локализациясы цитоплазмалық деп болжануда, бірақ кейбір тіндерде ядрода орналасуы анықталды.[17][23]
Өзара әрекеттесетін белоктар
Келесі кестеде TMED5-пен өзара әрекеттесуі ықтимал белоктар тізімі келтірілген. Кестеде көрсетілмеген Белокты емес ақуыздар олармен өзара әрекеттесетіні белгілі p24 ақуыздар отбасы.[24]
| Ақуыздың атауы | Ақуыз Абрев | ДБ көзі | Түрлер | Дәлелдемелер | Өзара әрекеттесу | PubMed идентификаторы |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Трансмембраналық emp24 домені бар ақуыз 2 | TMED2 | IntAct | Homo sapiens | Коиммунопреципитацияға қарсы тег[25] | Қауымдастық | 28514442 |
| Трансмембраналық эмп24 домені бар ақуыз 10 | TMED10 | IntAct | Бұлшықет бұлшықеті | Коиммунопреципитацияға қарсы тег[26] | Қауымдастық | 26496610 |
| ERGIC-53 ақуызы | LMAN1 | MINT | Homo sapiens | Флуоресценттік микроскопия[27] | Колоколизация | 22094269 |
| C-X-C мотиві 9 | CXCL9 | IntAct | Homo sapiens | Екі гибридті растады[28] | Физикалық қауымдастық | 32296183 |
| Ақуыз аргинині N-метилтрансфераза 6 | PRMT6 | MINT | Homo sapiens | Екі гибридті[29] | Физикалық қауымдастық | 23455924 |
| Фосфатидилетаноламинді байланыстыратын ақуыз 1 | PEBP1 | IntAct | Homo sapiens | Коиммунопреципитацияға қарсы тег[30] | Қауымдастық | 31980649 |
| Ras 1 киназының супрессоры | KSR1 | IntAct | Homo sapiens | Коиммунопреципитацияға қарсы тег[31] | Қауымдастық | 27086506 |
| Эндотелий липазы | LIPG | IntAct | Бұлшықет бұлшықеті | Коиммунопреципитацияға қарсы тег[32] | Қауымдастық | 28514442 |
| Гистон-лизин N-метилтрансфераза PRDM16 | Прдм16 | MINT | Бұлшықет бұлшықеті | Коиммунопреципитацияға қарсы тег[33] | Қауымдастық | 30462309 |
| Жасушаішілік өсу локусы, суббірлік С | iglC2 | MINT | Francisella tularensis | Екі гибридті біріктіру тәсілі[34] | Физикалық қауымдастық | 26714771 |
| ORF9C | ORF9C | BioGRID | SARS-CoV-2 | Affinity Capture-MS[35] | Қауымдастық | 32353859 |
| Сипатталмаған ақуыз 14 | ORF14 | IntAct | SARS-CoV-2 | Төмен қарай тартыңыз[35] | Қауымдастық | 32353859 |
Қызметі және клиникалық маңызы
TMED5 бөлігі болып табылады p24 ақуыздар отбасы оның жалпы функциялары ақуыз айналымы секреторлық жол үшін.[36] TMED5-ті қалыптастыру үшін қажет деп санайды Голги лентаға.[37]
Гликозилфосфатидилинозитолмен бекітілген протеиндер (GPI-AP) п24 жүк рецепторларына байланысты ER дейін Голги.[38] Нокдаун p24γ2 (тышқанның ортологы TMED5) тышқандар GPI-AP тасымалдаудың бұзылуына әкелді. Зерттеу нәтижесінде p24γ2 α-спиральды аймақ GPI-ді байланыстырады, оны енгізу үшін қажет COPII тасымалдау көпіршіктері.[38]
TMED5 секрециясы үшін қажет деп хабарлайды Лигандтар. TMED5 канондық WNT-CTNNB1 / β-катенин сигнализация жолын белсендіре отырып, WNT7B-мен өзара әрекеттесетіні анықталды.[39] Бұл жол көптеген қатерлі ісіктермен байланысты, себебі Wnt / β-катениннің сигналдық жолының реттелуі β-катениннің цитозолалық жинақталуына әкеліп, жасушалық пролиферацияға ықпал етеді.[40]
Зерттеулер анықтады қуық қатерлі ісігі 1p21-22 кезінде жалпы хромосомалық күшейтуге ие және айтарлықтай реттелуін көрсетті TMED5.[41]
Эволюция
Гомология
Паралогтар
TMED5 параллельдер қосу TMED1, TMED2, TMED3, TMED4, TMED6, TMED7, TMED8, TMED9 және TMED10.[42] Барлық параллельдер консервіленген трансмембраналық доменді бөліседі және emp24 / gp25L / p24 тұқымдасы / GOLD отбасы ақуыздарына енетін GOLD доменін сипаттайды.[7]
Ортологтар
TMED5 омыртқалыларда, омыртқасыздарда, өсімдіктерде және саңырауқұлақтарда сақталатыны анықталды, және генмен ортологтары бар 243 организм белгілі.[5] Келесі кестеде TMED5 ортологиялық кеңістігінің үлгісі келтірілген.
| Түр және түрлер | NCBI кіру нөмірі | Дивергенция күні (MYA)[43] | Тізбектің ұзындығы | Реттік сәйкестілік[42] |
|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens (Адам) | NP_057124.3 | 0 | 229 | 100 |
| Пантроглодиттер (Шимпанзе) | XP_001154650.1 | 6 | 229 | 99.6 |
| Бұлшықет бұлшықеті (Тышқан) | NP_083152.1 | 89 | 229 | 90 |
| Monodelphis domestica (Сұр қысқа құйрықты опоссум) | XP_016284519.1 | 160 | 228 | 84 |
| Gallus gallus (Тауық) | NP_001007957.1 | 318 | 226 | 83 |
| Gekko japonicus (Гекко) | XP_015268825.1 | 318 | 245 | 73.1 |
| Xenopus tropicalis (Батыс тырнақ бақа) | XP_031755940.1 | 351 | 223 | 67.7 |
| Данио рерио (Зебрафиш) | NP_956697.1 | 433 | 225 | 65.1 |
| Rhincodon типусы (Кит акуласы) | XP_020385910.1 | 465 | 224 | 66.8 |
| Octopus vulgaris (Сегізаяқ) | XP_029646555.1 | 736 | 239 | 42.5 |
| Cryptotermes secundus (термит) | XP_023712535.1 | 736 | 235 | 37.5 |
| Caenorhabditis elegans (Дөңгелек құрт) | NP_502288.1 | 736 | 234 | 37.3 |
| Мозавеноз дрозофиласы (Жеміс шыбыны) | XP_002009472.2 | 736 | 239 | 36.3 |
| Eufriesea мексика (орхидея арасы) | XP_017762298.1 | 736 | 227 | 26.8 |
| Trichoplax adhaerens | XP_002108774.1 | 747 | 193 | 32.1 |
| Rhizopus microsporus | XP_023464765.1 | 1017 | 199 | 30.2 |
| Coprinopsis cinerea (Сұр шағыл саңырауқұлағы) | XP_001836898.2 | 1017 | 199 | 28.5 |
| Kluyveromyces lactis | XP_453709.1 | 1017 | 208 | 28.1 |
| Rhoamnia argentea (Маллетвуд) | XP_030545696.1 | 1275 | 217 | 28.9 |
| Quercus suber (Тығын емен) | XP_023882547.1 | 1275 | 277 | 28.7 |
| Vitis riparia (Өзен жағасындағы жүзім) | XP_034686416.1 | 1275 | 215 | 27.3 |
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000117500 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000063406 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ а б c г. Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. «Трансмембраналық р24 айналымының ақуызы 5». NCBI гені.
- ^ Вайцман Ғылым Институты. «TMED5 гені». Гендік карталар Адам гендерінің мәліметтер базасы.
- ^ а б c г. e UniProt консорциумы. "TMED5 ген ». UniProtKB.
- ^ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI). «GDS5301 өрнек профилі». Гендер экспрессиясының барлық репозиторийі.
- ^ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI). «GDS3573 өрнек профилі». Гендер экспрессиясының барлық репозиторийі.
- ^ Биологиялық дәйекті талдау орталығы. «SignalP-5.0 сервері». Болжау серверлері.
- ^ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. «Трансмембраналық emp24 домені бар ақуыз 5 изоформ 1 прекурсоры». NCBI ақуызы.
- ^ Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. «Құрамында 5 изоформ 2 ақуызы бар трансмембраналық emp24 домені бар». NCBI ақуызы.
- ^ Швейцария биоинформатика институты. «PI / Mw есептеу құралы». ExPASy.
- ^ а б Еуропалық молекулалық биология зертханасы - Еуропалық биоинформатика институты (EMBL-EBI). «Белоктар тізбегін статистикалық талдау (SAPS)».
- ^ а б Протер: ақуыздың интерактивті ерекшелігін визуалдау және тәжірибелік протеомдық мәліметтермен интеграциялау. Omasits U, Ahrens CH, Müller S, Wollscheid B. Биоинформатика. 2014 наурыз 15; 30 (6): 884-6. doi: 10.1093 / биоинформатика / btt607.
- ^ Белоктардағы функционалды сайттарға арналған Эукариоттық Лайнер Мотиві (ELM) ресурсы. «ELM болжамы».
- ^ а б Аминоқышқылдар тізбегіндегі белоктарды сұрыптау сигналдары мен локализация сайттарын болжау. «PSORT II Болжамы». WWW сервері.
- ^ Макс Планк институты (MPI) Даму биологиясы, Тюбинген, Германия. «Ali2D». MPI биоинформатикасы бойынша нұсқаулық.
- ^ Мичиган университеті. «I-TASSER ақуыздың құрылымы және функцияларының болжамдары». Чжан зертханасы.
- ^ Келли, Л., Мезулис, С., Йейтс, С. және т.б. Ақуыздарды модельдеуге, болжауға және талдауға арналған Phyre2 веб-порталы. Nat Protoc 10, 845–858 (2015). https://doi.org/10.1038/nprot.2015.053
- ^ Швейцария биоинформатика институты. «MyHits Motif Scan». ExPASy.
- ^ Блом, Николай. «Net Phos 3.1 сервері». DTU биоинформатика.
- ^ Тіндік атлас. «TMED5 тіндік өрнегі». Адамның ақуыздық атласы.
- ^ Buechling, T., Chaudhary, V., Spirohn, K., Weiss, M. and Boutros, M. (2011), Wnt лигандтарының секрециясы үшін p24 ақуыздары қажет. EMBO есептері, 12: 1265-1272. дои: 10.1038 / embor.2011.212
- ^ Хаттлин, EL, Брукнер, RJ, Паулу, Дж.А., Каннон, JR, Тинг, Л., Бальтье, К., Колби, Г., Гебраб, Ф., Гиги, MP, Парцен, Х., Шпыт, Дж., Там, С., Заррага, Г., Понтано-Вейтс, Л., Сваруп, С., Уайт, А.Е., Швеппе, Д.К., Рад, Р., Эриксон, Б.К., Обар, РА,… Харпер, JW (2017) . Адамның интерактомының архитектурасы ақуыздар қауымдастығын және аурулар желісін анықтайды. Табиғат, 545(7655), 505–509. https://doi.org/10.1038/nature22366
- ^ Хейн, МЕН, Хабнер, НК, Позер, И., Кокс, Дж., Нагарай, Н., Тойода, Ю., Гак, И.А., Вайсванге, И., Мансфельд, Дж., Бухгольц, Ф., Химан, А.А. , & Манн, М. (2015). Стехиометрия және молшылықпен ұйымдастырылған үш сандық өлшемдегі адамның интерактомы. Ұяшық, 163(3), 712-723. https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.09.053
- ^ Buechling, T., Chaudhary, V., Spirohn, K., Weiss, M., & Boutros, M. (2011). Wnt лигандтарының секрециясы үшін p24 ақуыздары қажет. EMBO хабарлайды, 12(12), 1265–1272. https://doi.org/10.1038/embor.2011.212
- ^ Luck, K., Kim, DK, Lambourne, L., Spirohn, K., Begg, BE, Bian, W., Brignall, R., Cafarelli, T., Campos-Laborie, FJ, Charloteaux, B., Choi , Д., Коте, А.Г., Дейли, М., Деймлинг, С., Десбюл, А., Дрикот, А., Геббиа, М., Харди, МФ, Кишор, Н., Кнапп, Дж., ... Калдервуд, МА (2020). Адамның екілік ақуызының интерактомының анықтамалық картасы. Табиғат, 580(7803), 402-408. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2188-x
- ^ Вейманн, М., Гроссман, А., Вудсмит, Дж., Озкан, З., туылу, П., Мейерхофер, Д., Бенласфер, Н., Валовка, Т., Тиммерманн, Б., Ванкер, Е.Е., Зауэр , S., & Stelzl, U. (2013). Y2H-seq әдісі адамның метилтрансфераза протеинін протеинді анықтайды. Табиғат әдістері, 10(4), 339–342. https://doi.org/10.1038/nmeth.2397
- ^ Кеннеди, SA, Джарбуи, MA, Шрихари, С., Расо, С., Брайан, К., Дернайка, Л., Шариту, Т., Бернал-Ллинарес, М., Эррера-Монтавес, С., Крстич, А ., Маталланас, Д., Котляр, М., Юрисика, И., Курак, Дж., Вонг, В., Стагляр, И., Лебихан, Т., Имри, Л., Пиллай, П., Линн, М.А. ,… Колч, В. (2020). KRASG13D трансформирлеуші деңгейлерін білдіретін колоректальды қатерлі ісік жасушаларында EGFR желісін кеңінен қайта құру. Табиғат байланысы, 11(1), 499. https://doi.org/10.1038/s41467-019-14224-9
- ^ Брайан, К., Джарбуи, М.А., Расо, С., Бернал-Ллинарес, М., Макканн, Б., Рауч, Дж., Болдт, К., және Линн, Дж. (2016). HiQuant: Ірі масштабта генерацияланған протеомика туралы деректерді постквантификациядан тез талдау. Протеомды зерттеу журналы, 15(6), 2072–2079. https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.5b01008
- ^ Хаттлин, EL, Брукнер, RJ, Паулу, Дж.А., Каннон, JR, Тинг, Л., Бальтье, К., Колби, Г., Гебраб, Ф., Гиги, MP, Парцен, Х., Шпыт, Дж., Там, С., Заррага, Г., Понтано-Вейтс, Л., Сваруп, С., Уайт, А.Е., Швеппе, Д.К., Рад, Р., Эриксон, Б.К., Обар, РА,… Харпер, JW (2017) . Адамның интерактомының архитектурасы ақуыздар қауымдастығын және аурулар желісін анықтайды. Табиғат, 545(7655), 505–509. https://doi.org/10.1038/nature22366
- ^ Иваночко, Д., Галабелян, Л., Гендерсон, Э., Савицкий, П., Джейн, Х., Маркон, Э., Дуан, С., Хатчинсон, А., Сейитова, А., Барсайт-Лавжой, Д. ., Filippakopoulos, P., Greenblatt, J., Lima-Fernandes, E., & Arrowsmith, CH (2019). PRDM3 және PRDM16 ісік супрессорлары мен NuRD хроматинді қайта құру кешені арасындағы тікелей өзара әрекеттесу. Нуклеин қышқылдарын зерттеу, 47(3), 1225–1238. https://doi.org/10.1093/nar/gky1192
- ^ Вальквист, А., Мемишевич, В., Завалевски, Н., Пипер, Р., Раджагопала, С.В., Квон, К., Ю, С., Гувер, Т.А. және Рейфман, Дж. (2015). Francisella tularensis вируленттілік факторларын анықтау және сипаттау үшін хост-патогенді ақуыздың өзара әрекеттесуін қолдану. BMC геномикасы, 16, 1106. https://doi.org/10.1186/s12864-015-2351-1
- ^ а б Гордон, Де, Джанг, Г.М., Бухадду, М., Сю, Дж., Оберниер, К., Уайт, К.М., О'Меара, МДж, Резелж, В.В., Гуо, Дж.З., Суэни, Дл, Туммино, ТА, Хюттенхейн , R., Kaake, RM, Richards, AL, Tutuncuoglu, B., Foussard, H., Batra, J., Haas, K., Modak, M., Kim, M.,… Krogan, NJ (2020). SARS-CoV-2 протеинінің өзара әрекеттесу картасы есірткіні қайта тағайындаудың мақсаттарын анықтайды. Табиғат, 583(7816), 459-468. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2286-9
- ^ Пастор-Кантицано, Н., Монтесино, Дж.К., Бернат-Сильвестр, С. және басқалар. p24 отбасылық ақуыздар: құпия жол бойындағы сауда-саттықты реттеудің негізгі ойыншылары. Протоплазма 253, 967-985 (2016). https://doi-org.ezp2.lib.umn.edu/10.1007/s00709-015-0858-6
- ^ Koegler, E., Bonnon, C., Waldmeier, L., Mitrovic, S., Halbeisen, R. and Hauri, H.‐P. (2010), б28, Роман ERGIC / cis Гольджи ақуызы, Гольджи таспасын қалыптастыру үшін қажет. Қозғалыс, 11: 70-89. doi: 10.1111 / j.1600-0854.2009.01009.x
- ^ а б Theiler, R., Fujita, M., Nagae, M., Yamaguchi, Y., Maeda, Y., & Kinoshita, T. (2014). P24 белоктық жүк рецепторының p24γ2 суббірлігіндегі α-спиральды аймақ гликозилфосфатидилинозитолға якорьдалған ақуыздарды тану және тасымалдау үшін маңызды болып табылады. Биологиялық химия журналы, 289 (24), 16835–16843. https://doi.org/10.1074/jbc.M114.568311
- ^ Чжэн Ян, Ци Сун, Цзунфэй Гу, Шиксинг Ванг, Ге Сонг, Вейинг Лю, Мин Лю және Хуа Танг (2019) GRSF1-медиациялы MIR-G-1 қатерлі іс-әрекетті және ядролық аутофагияны TMED5 пен LMNB1-ді жатыр мойны қатерлі ісігі жасушаларында тікелей жаңартады. , Автофагия, 15: 4, 668-685, DOI: 10.1080 / 15548627.2018.1539590
- ^ Пай, СГ, Карнейро, Б.А., Мота, ДжМ және т.б. Внт / бета-катенин жолы: ісікке қарсы иммундық реакцияны модуляциялайтын. Дж Хематол Онкол 10, 101 (2017). https://doi.org/10.1186/s13045-017-0471-6
- ^ Скаравилли, М., Асеро, П., Таммела, Т.Л. т.б. Қуық қатерлі ісігі кезіндегі 1р21-22 хромосомалық күшейту картасының картасы. BMC Res Notes 7, 547 (2014). https://doi.org/10.1186/1756-0500-7-547
- ^ а б Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. «Стандартты ақуызды жарылыс».
- ^ Temple University биоалуантүрлілік орталығы. «Екіге бөліну уақыты». Timetree: өмірдің уақыт шкаласы.