Саповирус - Sapovirus

Саппоро вирусы
Саппоро вирустарының электронды микрографиясы
Саппоро вирустарының электронды микрографиясы
Вирустардың жіктелуі e
(ішілмеген):Вирус
Патшалық:Рибовирия
Корольдігі:Орторнавира
Филум:Писувирикота
Сынып:Писонивирицеттер
Тапсырыс:Пикорнавиралес
Отбасы:Caliciviridae
Тұқым:Саповирус
Түрлер:
Саппоро вирусы

Саповирус генетикалық жағынан әртүрлі, бір тізбекті позитивті РНҚ, конверттелген емес отбасы ішіндегі вирустар Caliciviridae.[1][2] Бірге норовирус, саповирустар - өткір аурудың ең көп таралған себебі гастроэнтерит (әдетте «асқазан тұмауы» деп аталады, бірақ онымен байланысты емес) тұмау ) адамдарда және басқа жануарларда.[3] Бұл монотипті таксон тек бір түрден тұратын, Саппоро вирусы.[4]

Вирустың табиғи иелері - адамдар мен шошқалар. Вирус арқылы беріледі ауызбен / нәжіспен байланыс. Саповирус көбінесе балалар мен сәбилерде кездеседі, сондықтан көбінесе питомниктер мен балалар бақшаларында таралады; дегенмен, ол ұзақ мерзімді күтім мекемелерінде табылды.[5] Бұл жеке гигиена мен санитарлық-гигиеналық шаралардың болмауынан болуы мүмкін. Симптомдарға көбінесе диарея және құсу жатады.[6] Саповирус алғашында балалар үйінде гастроэнтериттің пайда болуында анықталды Саппоро, Жапония, 1977 ж.[7]

Тарату жолы және хост сезімталдығы

Саповирус фекальды / ауызша жолмен таралады. Инфекцияланған адамдар шығарады бөлшектер / фекалия немесе құсу. Вирус жұқтырған адамның бөлшектері бірнеше жылдар бойы өміршең болып қалады және инфекциялық доза 10 бөлшектен кем болмауы мүмкін.

Жұмыс беттерінің, қолдардың және т.б. ластануы көптеген жаңа инфекциялар тудыруы мүмкін. Бөлшектер деммен жұтылған жағдайда инфекция пайда болуы мүмкін, мысалы, инфекция жұқтырғандар құсқанда бөлшектер аэрозолданғанда немесе жұқтырған адамның құсқаннан кейін дәретхана жуылғанда. Жұқпаның басқа түрлеріне вирус жұқтырған адамның тағаммен шамадан тыс қатынасы (көбінесе бұл мейрамхана жағдайында болады), жұқтырылған нәжіспен ластанған суларда тіршілік еткен ракушалық балықты тұтыну және ластанған суды қабылдау жатады.[8]

Белгілері

1-4 күндік инкубациялық кезеңнен кейін ауру белгілері пайда бола бастайды. Саповирустың белгілері норовирусқа өте ұқсас. Ең жиі кездесетін белгілер - құсу және диарея; алайда, қосымша белгілер пайда болуы мүмкін. Оларға мыналар жатады: қалтырау, жүрек айну, бас ауруы, іштің құрысуы және миалгия - қызба өте сирек кездеседі. Пациенттер 1-4 күндік инкубациялық кезеңнен кейін жиі симптомдар көрсете бастаса, жеке адамда асимптоматикалық жағдайлар болған. Жеке адамда ауру белгілері болмаса да, олар вирустың таралуының жалпы әдісі, ауыз-фекальды жол арқылы таралуға қабілетті.[3]

Алдын алу

Жалпы санитарлық гигиена - саповирустың алдын алудың маңызды әдісі. Мұны дәретхананы қолданғаннан кейін және тамақ ішер / дайындамас бұрын қолды мұқият жуу арқылы жасауға болады. Ластанған беттерді дезинфекциялаушы және немесе құрамында ағартқыш бар ерітінділермен тазалау керек. Басқа профилактикалық шараларға жұқтырған адамдармен байланысуды болдырмау және сусындарды / тағамдарды бөлісу жатады.

Аурухана жағдайында

  • Зардап шеккен науқастарды оқшаулау керек және жұқтырған қызметкерлерді жұмыстан шеттету керек.
  • Төсек жуғыштар мұқият жұмыс істеуі үшін оларды біліп, білуі керек
  • Егер төтенше індет пайда болса, «жаңа қабылдау үшін палаталарды жабу қажет болуы мүмкін».
  • «Қызметкерлердің зардап шеккен бөлмелерден зардап шекпегендерге көшуіне тыйым салынуы керек - топтық іс-шаралар тоқтатылып, балалардың келуіне жол берілмейді».[8]

Емдеу

Саповирусты жұқтырған адамдарға арнайы дәрі жоқ. Саповирусты антибиотиктермен емдеуге болмайды, себебі бұл бактериялық инфекция емес. Емдеу процедуралары симптомды қолдауды қамтиды, мысалы, жеке тұлғаны қалпына келтіру.[8]

Вирустық классификация

Құрылымы және геномы

Саповирус - мөлшері 7,7 килобайт болатын, қабықшаланбаған, позитивті, бір тізбекті РНҚ вирусы. Вирустың 3'ұшты поли (А) құйрығы бар, бірақ 5 'қақпағы жоқ. Саповируста ан ikosahedral құрамында 180 суббірлік бар құрылым (T = 3). Капсидтің диаметрі 27-40 нм аралығында.[9] Басқа калицивирустар сияқты, саповирустың капсидінің де беткі қабаты дөңгелек болады. Алайда оның «Дэвид жұлдызы» беттік морфологиясы оны басқа калицивирустардан ерекшелендіреді.[3]

Саповирустың геномы екіге (мүмкін үшеуіне) белгілі ашық оқу шеңберлері (ORF). ORF1 құрылымдық емес ақуыздар үшін және негізгі капсид ақуызы VP1 үшін кодтайды. VP1-де екі стандартты домен бар, қабық (S) және шығыңқы (P). S ақуызының қызметі «нуклеин қышқылының айналасында орман қалыптастыру» болса, Р ақуызы «рецепторлармен гомодимер» түзуде маңызды.[10] ORF2 кішігірім құрылымдық полипротеидтерге, VP2 кодтайды. Үшінші ORF (ORF3) туралы болжамдар болғанымен, оның функциясы туралы ешқандай дәлел жоқ.[3]

Қазірдің өзінде талданған және анықталған саповирустың кем дегенде 21 толық геномы болды, олардың барлығын бес санатқа (GI-GV) жіктеуге болады, оларды әр түрлі генетикалық кластерге бөлуге болады. Бес топтың төртеуі (GI, GII, GIV, GV) адамдарға жұқтыруы мүмкін және бұл төрт топ саповирустың антигендік жағынан ерекшеленетін төрт штамына сәйкес келеді: Саппоро, Хьюстон, Лондон және Стокгольм.[8] Бұл вирустың кем дегенде 21 генотипі болса, Америкада, Азияда және Еуропада жаңадан пайда болғаны туралы хабарлау жалғасуда.[11]

ТұқымҚұрылымСимметрияКапсидГеномдық орналасуГеномдық сегментация
СаповирусИкозаэдрT = 3ҚапталмағанСызықтықМонопартит

Зертханалық диагностика

Нуклеин қышқылын анықтау әдістері

Кері-транскрипция-ПТР (RT-PCR ) саповирусты анықтау реакциясы, сезімталдығы, жылдамдығы және ерекшелігі үшін ең жиі қолданылатын құрал болып табылады. Саповирустың әртүрлілігіне байланысты, РНҚ-ға тәуелді РНҚ-полимеразаны мақсатты түрде күшейту үшін жүздеген праймерлер жасалған. Мұны «ішінара Саповирусты сипаттау және анықталған Саповирустың ұқсастығын зерттеу» үшін пайдалануға болады.[3]

Вирустың бөлшектерін анықтау

«Саповирустар морфологиялық тұрғыдан гастроэнтериттің басқа қоздырғыштарынан (мысалы, норовирус, ротавирус, астровирус немесе аденовирус) электронды микроскоптағы типтік» Дэвид Жұлдызы «беттік морфологиясымен ерекшеленеді. Алайда, бұл нуклеин қышқылын анықтау әдістерімен салыстырғанда төмен сезімталдыққа ие».[3]

Антигенді анықтау әдістері

Иммуноферментті талдау (ИФА ) клиникалық үлгілерден адамның саповирусын анықтау үшін қолданылған. ИФА-ны адамның саповирус антигендерін анықтау үшін қолдануға болатынымен, ол әдетте қолданылмайды. Саповирустың көптеген штамдарының әртүрлілігі болуы мүмкін антигендердің кең массивін анықтауды қиындатады - мүмкін антигендер өте көп болғандықтан, ИФА нуклеин қышқылын анықтау әдістері сияқты дәл немесе сезімтал емес.[3]

Репликация циклі

Саповирустың репликация циклі анықталмаған; дегенмен, басқа калицивирустар көрсететін бірдей немесе ұқсас цитоплазмалық репликация циклі бар деп саналады. Цитоплазмалық репликация циклы келесідей:

  1. Қабылдаушы ұяшыққа ену медиатор болатын рецепторларға қосылу арқылы жүзеге асырылады эндоцитоз вирустың хост жасушасына енуі.
  2. Қаптау және цитоплазмаға вирустық геномдық РНҚ шығару.
  3. VPg вирустық РНҚ-дан алынады, содан кейін репликация белоктарын алу үшін өңделген ORF1 полипротеиніне айналады.
  4. Репликация вирустық фабрикаларда жүреді. DsRNA геномы геномдық ssRNA-дан синтезделеді (+).
  5. DsRNA геномы транскрипцияланады / репликацияланады, осылайша вирустық mRNA / жаңа ssRNA (+) геномын ұсынады.
  6. Субгеномдық РНҚ трансляциясы капсид ақуызын және VP2-ні тудырады.
  7. Вирустың жаңа бөлшектерін жинау және жасуша лизисімен шығару ».[9]

Тарих

Қолдану электронды микроскопия, саповирус алғаш рет 1977 жылы Ұлыбританиядан диареялық нәжіс үлгілерін көрді және көп ұзамай гастроэнтерит қоздырғышы ретінде белгілі болды. Вирус алғаш рет Ұлыбританияда байқалған кезде «түрдің прототиптік штаммы Саповирус 1982 жылы Жапонияның Саппоро қаласында болған басқа эпидемиядан болды ».[3] Саповирустың алғашқы толық геномы 1993 жылы Ұлыбританиядағы Манчестер штаммынан түсіндірілді. Бұрын саповирустар «Саппоро тәрізді вирустар» деп аталды; дегенмен, 2002 жылы олар Саппоро вирусының түріне ауыстырылды Саповирус, отбасында Caliciviridae. «Қазіргі уақытта отбасы Caliciviridae белгіленген бес тұқымнан тұрады, Саповирус, Норовирус, Лаговирус, Везивирус, және Небовирус. «[3]

Ауру

Желтоқсан 2013

Саповирустық инфекцияның бір оң нәтижесі Жаңа Зеландиядағы Гисборн ауруханасында расталды. Қызметкерлерде екі қосымша жағдай анықталып, қосымша бес науқас оқшаулауға алынды. Аурухана қызметкерлері бөлмелерге кіру кезінде жеке қорғанысты қолдану арқылы сақтық шараларын қолданды.[7]

Маусым 2007

Тайбэй округіндегі колледждің 55 оқытушысына саповирус инфекциясы диагнозы қойылды.

Ұзақ мерзімді күтім мекемелері 2002–2009 жж

«Орегон және Миннесота қоғамдық денсаулық сақтау департаменттерінің мәліметтерін қолдана отырып, зерттеушілер 2002-2009 жылдар аралығында 2161 гастроэнтерит ошақтарын зерттеді. Оның 142 ошақтары (7 пайызы) норовирус-теріс деп табылды және олардың 93-і басқа асқазан-ішек вирустары үшін тексерілді. саповирус, астровирус, аденовирус және ротавирусты қоса алғанда. саповирус 21 ошақта анықталды (23 пайыз), олардың 66 пайызы ұзақ мерзімді емдеу мекемелерінде болған. Бұл жағдайлардың жартысына жуығы 2007 жылы ғана орын алған ». Зерттеушілер әрі қарай түсіндіретініндей, ұзақ мерзімді емдеу мекемелерінде пайда болатын саповирустың үлесі жоғары болғанымен, бұл заңды түрде эпидемия туралы хабарлаудың артефактісі болуы мүмкін.[5]

Байланысты аурулар

Норовирус көбінесе саповируспен байланысты. Норовирус пен саповирус геномдары бір-бірімен өте тығыз байланысты, екеуінің арасындағы айырмашылықты тек олардың кодтау стратегиясы мен оқу шеңберіндегі айырмашылықтардан білуге ​​болады. Норовирустар (саповирустармен бірге) гастроэнтериттің ең көп тараған себебі болып табылады, сондықтан бір-біріне ұқсас белгілерді көрсетеді.[12]

Astrovirus, саповирус сияқты, балалар мен қарт адамдарда, әсіресе иммунитеті төмен адамдарда гастроэнтерит тудырады. Саповируста екі ORF болса, Astrovirus-та үшеу бар, сонымен қатар 6 рекомбинантты штамдар бар. Астровирус цитоплазма ішінде көбейеді және GI трактінде тез таралады.[8]

Ротавирус, норовирус, астровирус және саповирус сияқты, гастроэнтерит тудырады. Ротавирус әлдеқайда өлімге әкеліп соқтырады, бұл диареямен ауыратын балалардағы өлімнің 37% -ын және бүкіл әлем бойынша 215,000 өлімін тудырады.[13]

Жануарлардың вирустары

Саповирустар анықталды жарқанаттар, Калифорния теңіз арыстандары, иттер, шошқа және күзен.[14][15]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Винже, Дж; Estes, MK; Эстевес, П; Жасыл, KY; Катаяма, К; Ноулз, Ндж; L'Homme, Y; Мартелла, V; Веннема, Н; Уайт, Пенсильвания; ICTV есеп консорциумы (қараша 2019). «ICTV вирустық таксономиясының профилі: Caliciviridae". Жалпы вирусология журналы. 100 (11): 1469–1470. дои:10.1099 / jgv.0.001332. PMC  7011698. PMID  31573467.
  2. ^ «Caliciviridae ICTV есебі».
  3. ^ а б c г. e f ж сағ мен Ока, Томоичиро; Ван, Цюхун; Катаяма, Казухико; Сайф, Линда Дж. (1 қаңтар 2015). «Адам саповирустарына кешенді шолу». Микробиологияның клиникалық шолулары. 28 (1): 32–53. дои:10.1128 / CMR.00011-14. ISSN  0893-8512. PMC  4284302. PMID  25567221.
  4. ^ «Вирус таксономиясы: 2018b шығарылымы». Вирустардың таксономиясы бойынша халықаралық комитет (ICTV). Наурыз 2019. Алынған 1 мамыр 2019.
  5. ^ а б Ли, Лоре Е .; Цебелинский, Элизабет А .; Толығырақ, Candace; Кин, Уильям Э .; Смит, Кирк; Винже, Ян; Бессер, Джон М. (2012). «Саповирустың ұзақ мерзімді күтім мекемелерінде өршуі, Орегон және Миннесота, АҚШ, 2002-2009». Пайда болып жатқан инфекциялық аурулар. 18 (5): 873–876. дои:10.3201 / eid1805.111843. PMC  3358050. PMID  22516204.
  6. ^ «Вирус парағы». web.stanford.edu. Алынған 5 қараша 2017.
  7. ^ а б «ProMED-пошта». www.promedmail.org. Алынған 2 қараша 2017.
  8. ^ а б c г. e Барер, Майк (2011 жылғы 17 қаңтар). «Калицивирустар және астровирустар». Гринвудта, Дэвид (ред.) Медициналық микробиология: Микробтық инфекцияларға арналған нұсқаулық: патогенез, иммунитет, зертханалық диагностика және бақылау. 579–586 беттер.
  9. ^ а б «Вирустық аймақ». ExPASy. Алынған 15 маусым 2015.
  10. ^ Миязаки, Наоюки; Тейлор, Дэвид В .; Гансман, Грант С .; Мурата, Казуёси (1 наурыз 2016). «Химериялық саповирус капсидінің антигендік және крио-электронды микроскопиялық құрылымын талдау». Вирусология журналы. 90 (5): 2664–2675. дои:10.1128 / JVI.02916-15. ISSN  0022-538X. PMC  4810723. PMID  26699644.
  11. ^ Цинда, Эммануил Кагнинг; Маласао, Рунгнапа; Фуруза, Юки; Гилман, Роберт Х .; Лю, Сяофан; Апаза, Сония; Эспетия, Сюзан; Кама, Виталиано; Ошитани, Хитоси (26 қазан 2017). «Перуалық балалардан алынған диарея сынамаларында анықталған сирек кездесетін GII.8 саповирус штамдарының толық кодтау геномдық тізбегі». Геном туралы хабарландырулар. 5 (43): e01137–17. дои:10.1128 / геномA.01137-17. ISSN  2169-8287. PMC  5658493. PMID  29074655.
  12. ^ Фаркас Т .; Чжун, В.М .; Джинг, Ю .; Хуанг, П.В .; Эспиноза, С.М .; Мартинес, Н .; Морроу, А.Л .; Руис-Паласиос, Г.М .; Pickering, L. K. (1 шілде 2004). «Саповирустар арасындағы генетикалық әртүрлілік». Вирусология архиві. 149 (7): 1309–1323. дои:10.1007 / s00705-004-0296-9. ISSN  0304-8608. PMID  15221533. S2CID  35990669.
  13. ^ Тейт, Жаклин Е .; Бертон, Энтони Х .; Бошки-Пинто, Синтия; Парашар, Умеш Д .; Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымы - үйлестірілген жаһандық ротавирустық қадағалау желісі (2016 ж. 1 мамыр). «Балалардағы өлім-жітімнің ротавирусын жаһандық, аймақтық және ұлттық бағалау». Клиникалық инфекциялық аурулар. 62 Қосымша 2: S96 – S105. дои:10.1093 / cid / civ1013. ISSN  1537-6591. PMID  27059362.
  14. ^ Мен XJ (қаңтар 2012). «Дамушы және қайта пайда болатын шошқа вирустары». Трансшекаралық және дамушы аурулар. 59: 85–102. дои:10.1111 / j.1865-1682.2011.01291.x. PMID  22225855.
  15. ^ Tse H, Chan WM, Li KS, Lau SK, Woo PC, Yuen KY (2012) Ерекше геномдық ерекшеліктері мен филогенетикалық жағдайы бар саповирус романының ашылуы және геномдық сипаттамасы. PLOS One 7 (4): e34987.

Сыртқы сілтемелер