SMCO3 - SMCO3

SMCO3
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарSMCO3, C12orf69, катушкалар-домендері 3 болатын бір өткізгішті мембраналық ақуыз
Сыртқы жеке куәліктерMGI: 2443451 HomoloGene: 79087 Ген-карталар: SMCO3
Геннің орналасуы (адам)
12-хромосома (адам)
Хр.12-хромосома (адам)[1]
12-хромосома (адам)
SMCO3 үшін геномдық орналасу
SMCO3 үшін геномдық орналасу
Топ12p12.3Бастау14,804,650 bp[1]
Соңы14,814,182 bp[1]
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез

440087

654818

Ансамбль

ENSG00000179256

ENSMUSG00000043298

UniProt

A2RU48

Q8BQM7

RefSeq (mRNA)

NM_001013698

NM_001039558

RefSeq (ақуыз)

NP_001013720

NP_001034647

Орналасқан жері (UCSC)Chr 12: 14.8 - 14.81 MbChr 6: 136.83 - 136.84 Mb
PubMed іздеу[3][4]
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеуТінтуірді қарау / өңдеу

Құрамында ақуыз 3 бар бір қабатты мембрана және домалақ орамалы домалақ 3 адамда кодталған ақуыз болып табылады SMCO3 ген.

Джин

SMCO3-тің 12-хромосомада орналасуы.

Бүркеншік аттар

SMCO3 C12orf69 және LOC440087 екі бүркеншік аттары бар.

Орналасқан жері

SMCO3 теріс тізбегінде орналасқан 12-хромосома (12p12.3) және 10 460 базалық жұптарды құрайды (chr12: 14,803,723-14,814,182).[5] Онда бір экроны бар екі экзон бар.[5]

Гендік көршілік

SMCO3 жағында WW доменін байланыстыратын ақуыз 11 (WBP11) және Ecto-ADP-рибосилтрансфераза 4 (ART4) минус тізбегінде және қабаттасады C12 немесе 60 плюс жолында.[6] Бұл геннің бір ғана изоформасы бар.

Өрнек

SMCO3 жатырдың, дәнекер тіннің, көздің, өкпенің және қуық асты безінің, соның ішінде адамның әртүрлі ұлпаларында өте төмен деңгейде көрінеді.[7] Бұл жоғары өрнек SMCO3 бүйректе, бауырда және көкбауырда көрінеді.[8] SMCO3 сонымен қатар онкологиялық ауруларда жоғары деңгейде көрінеді хондросаркома және бүйрек жасушаларының мөлдір жасушалық карциномасы.[7][9] SMCO3 өрнек тек ұрық пен ересек адамда байқалады, эмбриоидты денеде болмайды, бластоцисталар, сәбилер мен кәмелетке толмағандардың даму кезеңдері.[7]

Өрнегі SMCO3 түріне тәуелді болып көрінеді Бұлшықет бұлшықеті гомолог SMCO3 адамдармен салыстырғанда көзде әлдеқайда жоғары деңгейде көрсетілген.

Промоутер

Промоутерлік аймақ SMCO3 ұзындығы 1100 базалық жұп және промотордың соңы бірінші экзонмен толықтай қабаттасып, 5 'UTR-ден жоғары 961 базалық жұптан басталады.[10]

Нұсқалар

Нуклеотид деңгейіндегі 2152 нұсқасы белгілі, оның 27-сі синоним болып табылады жалғыз нуклеотидті полиморфизмдер.[11] Жалғыз нуклеотидті полиморфизмдердің (SNP) басым көпшілігі интрон шеңберінде тек төрттен бір бөлігі аударылған аймақтармен жүреді. Жоқ SMCO3 нұсқалары кез-келген бұзылумен байланысты екені белгілі.

АймақSNP саныSNPs%
3 'UTR29913.9%
5 'UTR16<1%
Экзондар23410.8%
Intron160374.5%

мРНҚ

SMCO3 5 'UTR-нің бағаналы-циклдік құрылымы.

Splice нұсқалары

The мРНҚ стенограммасы SMCO3 ұзындығы 2 104 базалық жұп. MRNA нұсқалары жоқ SMCO3[12].

Реттеу

SMCO3 промоторында транскрипция факторларының байланысатын жерлері көп, олардың ішінде шеміршек гомеопротеині 1, цАМФ-жауап беретін элементті байланыстыратын ақуыздар, PAR / bZIP тұқымдасы және омыртқалы TATA байланыстыратын ақуыз факторы бар.

Ақуыз

Жалпы сипаттар

SMCO3 - ұзындығы 225 амин қышқылы, болжамды молекулалық салмағы 24,9.[13] Бұл болжамды сәл негізгі ақуыз изоэлектрлік нүкте 8.3.[14]

Композиция

SMCO3 салыстырмалы түрде байытылған лизин және салыстырмалы түрде кедей пролин және фенилаланин адамның басқа ақуыздарымен салыстырғанда.[15] SMCO3 құрамында бірнеше ұзын, зарядталмаған сегменттер бар, бірақ айтарлықтай зарядталған сегменттері жоқ. А болғанына қарамастан трансмембраналық ақуыз айтарлықтай гидрофобты аймақтар немесе айтарлықтай гидрофильді аймақтар жоқ.[15]

Домендер мен мотивтер

SMCO3 бір доменге ие, DUF4344 (aa15: 221), ол қазіргі кезде сипатталмаған.[16] C12orf60 құрамында осы домен бар. Онда бір трансмембраналық аймақ бар (aa155-175) және екі ширатылған катушкалар аймағы бар (aa62-92, aa183-207).[17] The C терминалы SMCO3-те KKXX тәрізді мотив бар эндоплазмалық тор оқшаулау.[18]

ITasser және PYMOL көмегімен жасалған SMCO3 болжамды құрылымы.

Құрылым

SMCO3 екінші ретті құрылымы бірнеше α-спиральдан және біртұтастан тұрады бүктелген парақ тәртіпсіздермен қиылысады ширатылған катушка аймақтар.[19] SMCO3 ортологтарында альфа-спиральдар басым болатын екінші реттік құрылым көрсетілген. Жоқ дисульфидті көпірлер жылы болжанған үшінші құрылым.[20]

Биохимиялық функция

SMCO3 ақуызының қызметі қазіргі уақытта белгісіз.

Аудармадан кейінгі модификация

SMCO3-тің N-терминалы бөлініп, алғашқы метионин қалдықтары алынып тасталды N-терминал тұрақтылықты жақсарту үшін ацетилденген.[21] Сонымен қатар, фосфорланған бірнеше учаске бар, олардың біреуі болуы мүмкін N-байланысқан гликозилдену ER-ге тән сайт интегралды мембраналық ақуыздар.[22] Әдеттегі ER интегралды мембрана ақуыздарынан айырмашылығы, аминқышқылы жоқ сигналдардың реттілігі.[23][24]

Қосымша ұялы локализация

SMCO3 құрамында трансмембраналық домен бар (aa155-175). Сонымен қатар, KKXX тәрізді мотив оның эндоплазмалық ретикулум интегралды мембраналық ақуыз екенін дәлелдейді.[18]

Өзара әрекеттесетін ақуыздар

Екі гибридті талдау SMCO3-тің бес белокпен өзара әрекеттесетінін анықтады: FUS RNA байланыстыратын ақуыз (FUS), митогенмен белсендірілген протеинкиназа 9 (MAPK9), CST кешенінің STN1 суббірлігі (OBFC1), белок фосфатаза 2 каталитикалық суббірлік альфа (PPP2CA) және құрамында 39 (TRIM39) бар үш жақты мотив.[25] Алайда, қандай-да бір жолға қатысу белгілі емес, бірақ құрылым оның ақуыз-ақуыздың өзара әрекеттесуіне қатысатынын көрсетеді.[26] PP2CA, OBFC1, FUS1 және MAPK9 қатерлі ісікке қатысады немесе қатерлі ісік экспрессиясын өзгертеді, бұл SMCO3 белгілі бір қатерлі ісік аурулары үшін eQTL ретінде пайдалы болуы мүмкін.

Клиникалық маңыздылығы

Мутациялар

SNP-дің тек 3,4% -ы зиянды деп болжанған, олардың ешқайсысының клиникалық маңызы жоқ.[27]

Аурулар бірлестіктері

GWAS айтарлықтай қауымдастықтарды көрсеткен жоқ SMCO3 кез-келген аурумен немесе белгімен. SMCO3 қандай-да бір ауруға шалдыққаны белгілі емес. SMCO3 белгілі бір қатерлі ісік ауруларында жоғары деңгейде көрінеді, әсіресе хондросаркома және бүйрек жасушаларының мөлдір жасушалық карциномасы.[7][9]

Эволюция

Сақтау

Ақуыз аминқышқылдарының бір-бірінен алшақтауын және дивергенция уақытын миллион жылмен өлшеніп, соңғы ата-бабаға (MRCA) салыстыру. Түзетілген% реттік дивергенция (м) адамның реттілігіне қатысты өлшенеді. CYCS [цитохома С], FGA [фибриногенді альфа тізбегі], SMCO3 [бір өткізгішті мембрана және домалақ домендерден тұратын 3 ақуыз].

SMCO3 аминқышқылдарының реттілігі адамның басқа белоктарымен салыстырғанда жоғары деңгейде сақталған. Уақытпен реттіліктің төмендеуі белгілі белоктармен салыстырғанда, кезек күттірмеудің болжамды деңгейден күрт төмен деңгейлері бар.

Гомология

SMCO3 негізінен консервіленген амниоттар. Ортологтар көптеген сүтқоректілерде, бауырымен жорғалаушылар мен құстарда анықталған.[28] Жақын ортологта орналасқан Пантроглодиттер және 99,7% ұқсастыққа ие. Алыстағы гомологтар бірнеше таңдаулы түрде анықталды сүйекті балық бірақ ортологтар көрінбейді шеміршекті балықтар, жәндіктер немесе басқа омыртқасыздар. Адамдардағы SMCO3 параллелдері анықталған жоқ.[28]

ТүрлерЖалпы атыАйырмашылықтың болжамды уақыты (MYA)NCBI кіру нөміріРет ұзындығы (аа)Реттік сәйкестілік (%)
Homo sapiensАдамдар0XP_016874801.1225100
Rhinopithecus roxellanaАлтын мұрынды мұрын29.44XP_010366768.122594.7
Oryctolagus cuniculusЕуропалық қоян90XP_002712692.122591.1
Delphinapterus leucasБелуга киті96XP_022433365.122592.0
Phascolarctos cinereusКоала159XP_020849872.122580
Pygoscelis adeliaeАдалия пингвині312XP_009320673.122559.6
Анолис каролиненсисіЖасыл анол312XP_016849216.122753.8
Lepisosteus oculatusНақты Gar435XP_015199541.121539.9

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б в GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000179256 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ а б в GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000043298 - Ансамбль, Мамыр 2017
  3. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  4. ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  5. ^ а б «SMCO3 GeneCard». www.genecards.org. Алынған 2019-05-05.
  6. ^ «3-домалақ домендермен бір өткізгішті мембраналық ақуыз [Homo sapiens] NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-05-05.
  7. ^ а б в г. «EST профилі - Hs.220931». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-05-05.
  8. ^ «SMCO3 тіндерінің экспрессиясы - Бастапқы мәліметтер - адам ақуызы атласы». www.proteinatlas.org. Алынған 2019-05-05.
  9. ^ а б «GDS4282 / 237484_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-05-05.
  10. ^ «Genomatix: El Dorado». www.genomatix.de. Алынған 2019-05-05.
  11. ^ «SMCO3 (ENSG00000179256) Homo sapiens: Ensembl Genome Browser». uswest.ensembl.org. Алынған 2019-02-26.
  12. ^ «AceView: Ген: C12orf69, mRNA немесе ESTsAceView бар адам, тышқан және құрт гендерінің толық аннотациясы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-05-05.
  13. ^ «SMCO3 - бір өткізгішті мембрана және домаланған домалақ доменді ақуыз 3 - Homo sapiens (Human) - SMCO3 ген және ақуыз». www.uniprot.org. Алынған 2019-02-26.
  14. ^ «ExPASy: pI / Mw есептеу құралы». web.expasy.org. Алынған 2019-05-05.
  15. ^ а б «Ақуыздар тізбегін статистикалық талдау (EMBL-EBI)». www.ebi.ac.uk. Алынған 2019-05-05.
  16. ^ «3 сериялы доменді домендер бар SMCO3 мембрана ақуызы [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-05-05.
  17. ^ «SMCO3 - бір өткізгішті мембрана және домаланған домалақ доменді ақуыз 3 - Homo sapiens (Human) - SMCO3 ген және ақуыз». www.uniprot.org. Алынған 2019-05-05.
  18. ^ а б «PSORT WWW сервері». psort.hgc.jp. Алынған 2019-05-05.
  19. ^ «Биоинформатикаға арналған нұсқаулық». toolkit.tuebingen.mpg.de. Алынған 2019-05-05.
  20. ^ «iCn3D: Интернетке негізделген 3D құрылымын қарау құралы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-04-22.
  21. ^ «Терминус: N-мерзімді PTM болжамы».
  22. ^ «NetNGlyc 1.0 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2019-05-05.
  23. ^ «TargetP 1.1 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2019-05-05.
  24. ^ «Signal-P 5.0 сервері».
  25. ^ «Жол».
  26. ^ «PSICQUIC көрінісі». www.ebi.ac.uk. Алынған 2019-04-22.
  27. ^ «Үй - SNP - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-04-22.
  28. ^ а б «BLAST: Негізгі туралау іздеу құралы». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-05-05.