SHIFTCOR - SHIFTCOR

SHIFTCOR
Мазмұны
СипаттамаАқуыздың химиялық ауысымына қайта сілтеме жасау үшін
Мәліметтер түрлері
қолға түсті		Мәліметтерді енгізу: BMRB немесе SHIFTY форматындағы химиялық ауысым тапсырмалары және сәйкес 3D ақуыз құрылымы (PDB форматы); Деректер шығару: Сілтеме бойынша түзетілген химиялық ауысымға арналған тапсырмалар
Байланыс
Зерттеу орталығыАльберта университеті
ЗертханаДоктор Дэвид Вишарт
Бастапқы дәйексөз[1]
Кіру
Веб-сайтhttp://shiftcor.wishartlab.com/
Әр түрлі
Курация саясатыҚолмен өңделген (соңғы жаңарту: 2003 ж.)

SHIFTCOR (Shift Correction) - бұл еркін қол жетімді веб-сервер, сонымен бірге арналған дербес компьютерлік бағдарлама ақуыздың химиялық ауысымына қайта сілтеме жасау.[1] Химиялық ауысым сілтеме биомолекулада әсіресе кең таралған проблема болып табылады NMR бардың 25% -на дейін NMR химиялық ауысым дұрыс емес сілтеме берілген тапсырмалар.[1] Осы сілтемелердің кейбіреулері 1,0-ден 2,5 промиллеге дейінгі жүйелік қателіктерге әкелуі мүмкін (әсіресе 13С және 15Н химиялық ауысуларда). Мұндай мөлшердегі қателіктер белоктар арасындағы тапсырмаларды салыстыруға немесе құрылымдық тұрғыдан интерпретациялауға кез-келген талпыныс жасауы мүмкін химиялық ауысулар. Қандай ақуыздардың қате тағайындалғанын немесе оларға дұрыс сілтеме жасалмағандығын анықтау қиынға соғуы мүмкін, қателер табылғаннан кейін оларды түзету. SHIFTCOR бағдарламасы оларды анықтауға және түзетуге көмектесу үшін жасалған химиялық ауысым ақаулықтарға сілтеме жасау. Нақты айтқанда, ол 1H, 13C және 15N магистральдарын салыстырады, анықтайды, түзетеді және қайта сілтеме жасайды химиялық ауысулар пептидтер мен ақуыздардың бақылануын салыстыру арқылы химиялық ауысулар болжаммен химиялық ауысулар 3D құрылымынан алынған (пайдалану PDB координаттар) қызығушылық тудыратын ақуыз (дар) [1][1]. Болжалды химиялық ауысулар көмегімен есептеледі ShiftX бағдарлама.[2] SHIFTCOR бағдарламасы бастапқыда RefDB деп аталатын дұрыс қайта сілтеме жасалған ақуыздық химиялық ауысымдық тапсырмалар базасын құру үшін қолданылған.[1] RefDB - бұл 2000-нан астам дұрыс сілтеме жасалған ақуыздық химиялық ауысымға арналған веб-қол жетімді мәліметтер базасы. Бастапқыда тек жеке бағдарлама ретінде қол жетімді болған кезде, SHIFTCOR содан кейін веб-сервер ретінде жалпы пайдалану үшін шығарылды.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e Чжан, Н; Нил, С .; Wishart, DS (2003). «RefDB: біркелкі сілтеме жасалған ақуыздық химиялық ауысулар туралы мәліметтер базасы». J. Biomol. NMR. 25 (3): 173–195. дои:10.1023 / A: 1022836027055. PMID  12652131.
  2. ^ Нил, С; Нип, А .; Чжан, Х .; Wishart, DS (2003). «Ақуыздың 1Н, 13С және 15Н химиялық ауысуларын жылдам және дәл есептеу». J. Biomol. NMR. 26 (3): 215–240. дои:10.1023 / A: 1023812930288. PMID  12766419.

Сыртқы сілтемелер