Кездейсоқ катушка индексі - Random coil index

RCI мен протеиндердегі қозғалыс амплитудасын өлшеудің басқа әдістері арасындағы корреляция мысалдары. NMR RMSD - NMR ансамбльдеріндегі атомдық координаттардың орташа квадраттық ауытқуы, MD RMSD - MD ансамбльдеріндегі атомдық координаттардың орташа квадраттық ауытқулары, S2 - модельсіз тәртіп параметрі, RCI - кездейсоқ катушкалар индексі, B-фактор - X-тің температуралық коэффициенті - құрылымдар; RCI-> NMR RMSD - NMR ансамбльдеріндегі атом координаттарының орташа квадраттық ауытқуы, RCI,> RCI-> MD RMSD - MD ансамбльдеріндегі атом координаттарының орташа квадраттық ауытқулары, RCI-> S2 - модельсіз тапсырыс параметрі RCI-ден болжанған, RCI-> B-фактор - RCI-ден болжанған рентгендік құрылымдардың температуралық коэффициенті.

Кездейсоқ катушкалар индексі (RCI) болжайды ақуыз екінші деңгейлі омыртқаның кері орташа салмағын есептеу жолымен икемділік химиялық ауысулар және модельсіз тапсырыс параметрлерінің мәндерін, сондай-ақ NMR және RMSD қалдықтары үшін болжамды молекулалық динамика осы параметрден ансамбльдер.[1]

Бұл хаттаманың ақуыздың икемділігін зерттеудің қолданыстағы әдістерінен маңызды артықшылығы болып табылады

  1. ол а-ны алдын-ала білуді қажет етпейді ақуыз үшінші құрылым,
  2. ол ақуыздың жалпы құлдырауына сезімтал емес
  3. ол магистральды тағайындау үшін стандартты тәжірибелерден тыс қосымша ЯМР өлшеуді қажет етпейді.[2]

Ақуыздың икемділігін сипаттайтын екінші реттік химиялық ауысуларды қолдану химиялық ығысудың кездейсоқ катушкалар мәндеріне жақындығы белок қозғалғыштығының жоғарылауының көрінісі болып табылады, ал кездейсоқ катушкалар мәндерінен айтарлықтай айырмашылықтар салыстырмалы түрде қатаң құрылымның көрсеткіші болып табылады.[1]

Тіпті қатты қалдықтардың химиялық ығысулары экрандалған және десергент әсерлерінің салыстырмалы үлесі нәтижесінде кездейсоқ катушкалар мәндерін қабылдауы мүмкін (мысалы, бұралу бұрыштарынан, сутектік байланыстардан, сақиналық токтардан және т.б.), химиялық ауысуларды бірнеше ядролардан бір параметрге біріктіру осы икемділіктің әсерін төмендетуге мүмкіндік береді. Жақсартылған өнімділік қатаң аймақтарға қарағанда икемді аймақтардағы аминқышқылдарының қалдықтары арасында әртүрлі ядролардың кездейсоқ катушкаларының химиялық ығысуының әр түрлі ықтималдылығынан туындайды. Әдетте, қатты спиральдардағы немесе қатты бета-жіптердегі қалдықтардың қозғалмалы аймақтардағы қалдықтардан гөрі магистральды ауысымдары арасында бірнеше рет кездейсоқ катушкалар химиялық ығысуы аз болады.[2]

RCI-дің нақты есебі бірнеше қосымша қадамдарды қамтиды, оның ішінде бірнеше іргелес қалдықтар бойынша екінші жылжуларды тегістеу, қалдықтарды көршілес түзетулерді қолдану, химиялық ауысымға қайта сілтеме жасау, саңылауды толтыру, химиялық ауысудың масштабталуы және алдын-алу үшін сандық түзетулер нөлге бөлу мәселелер. Содан кейін 13C, 15 N және 1H екінші реттік химиялық ауысулар осы ядролардың сипаттамалық резонанс жиіліктерін есепке алу және протоколдың әртүрлі бөліктері арасында сандық консистенцияны қамтамасыз ету үшін масштабталады. Осы масштабтық түзетулер жасалғаннан кейін RCI есептеледі. ‘‘ End-effect түзету ’’ осы кезде де қолданыла алады. Хаттаманың соңғы қадамы RCI мәндерінің бастапқы жиынтығын үш нүктелік орташалау арқылы тегістеуді қамтиды.[3] [4]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Марк, Берянский; Дэвид Уишарт (2005). «Екінші реттік химиялық ауысуларды қолданумен ақуыздың икемділігін болжаудың қарапайым әдісі». Американдық химия қоғамының журналы. 127 (43): 14970–14971. дои:10.1021 / ja054842f. PMID  16248604.
  2. ^ а б Марк, Берянский; Дэвид Уишарт (2008). «Протеиннің икемділігін зерттеуге кездейсоқ катушкалар индексін қолдану». Биомолекулалық ЯМР журналы. 40 (1): 31–48. дои:10.1007 / s10858-007-9208-0. PMID  17985196.
  3. ^ Марк, Берянский; Дэвид Уишарт (2006). «NMR: ақуыздың икемділігін болжау». Табиғат хаттамалары. 1 (2): 683–688. дои:10.1038 / nprot.2006.108. PMID  17406296.
  4. ^ Марк, Берянский; Дэвид Уишарт (2007). «RCI сервері: химиялық ауысуларды қолдана отырып ақуыздың икемділігін жылдам және дәл есептеу». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 35 (Веб-сервер мәселесі): W531 – W537. дои:10.1093 / nar / gkm328. PMC  1933179. PMID  17485469.