РРНҚ эндонуклеазы - RRNA endonuclease

РРНҚ эндонуклеазы
Идентификаторлар
EC нөмірі3.1.27.10
CAS нөмірі1407-48-3
Мәліметтер базасы
IntEnzIntEnz көрінісі
БРЕНДАBRENDA жазбасы
ExPASyNiceZyme көрінісі
KEGGKEGG кірісі
MetaCycметаболизм жолы
PRIAMпрофиль
PDB құрылымдарRCSB PDB PDBe PDBsum

рРНҚ эндонуклеазы (EC 3.1.27.10, альфа-сарцин) болып табылады фермент[1] бұл катализдер The гидролиз туралы фосфодиэстердің байланысы арасында гуанозин және аденозин қалдықтары белгілі бір позицияда 28S рРНҚ туралы егеуқұйрық рибосомалар. Бұл фермент сонымен бірге әрекет етеді бактериалды рРНҚ.

A рибосома-инактивтейтін ақуыз қалып арқылы шығарылады Aspergillus giganteus, альфа-сарцин рибосомалық РНҚ-ның кішкене рибосомалық субстрат түзетін бөлігін бөледі. Альфа-сарциннің жоғары спецификасы және оның бөлшектелу тиімділігі зерттеудің мәні болып табылады, сонымен қатар бұл протеиннің уыттылық деңгейі өте жоғары.[2]

Құрылым

Деп санайды тирозин Альфа-сарциннің аминқышқылдарының бірізділігі бойында кездесетін амин қышқылы, альфа-сарциннің рРНҚ-мен байланысқан кезде ерекшелігіне мүмкіндік береді. Бұл тирозин аминқышқылында кездесетін алкоголь тобы бұл байланыстыруға мүмкіндік береді. Бұл алкоголь тобын алып тастаған, тирозинмен алмастырған тесттерде анықталды фенилаланин және байланыстырушы жақындығы айтарлықтай төмендеді.[3] Альфа-сарцинді жасайтын ДНҚ-ның аймағы мақсатты рибосомадағы сәйкес реттілікпен бірге жоғары деңгейде сақталған. Мақсатты рибосомадағы сәйкес тізбек а айналасында центрленген гуанин нуклеотид «G-мотив» деп аталатын жерде орналасқан.[4]

Ерекшелік

Альфа-сарцин өзінің бөліну ерекшелігімен ерекше. Ол мақсатты рибосомадағы жалғыз байланыспен әрекеттеседі және оны бұзады, бұл рибосоманың инактивациялануына әкеледі. Қарастырылып отырған байланыс - бұл рРНҚ-ның сарцин / рицин ілмегі (SRL) ішіндегі фосфодиэфирлік байланыс. РНҚ-ның SRL аймағы оған бағытталған альфа-сарцин токсинінің атымен аталды. Мақсатты байланыс РНҚ-ның GAGA тетралообында гуанин мен аденин нуклеотиді арасында орналасқан. Басқа риботоксиндер де рибосомалардың РНҚ-сын бөліп алады, дегенмен, бөліну нүктелері әлдеқайда аз, олардың ерекшелігі анағұрлым аз.[5]

Альфа-сарциннің ерекшелігі соншалық, альфа-сарцин рибосоманың қалған бөліктерінсіз рибосоманың SRL сегментін тани алады. SRL рибосомадағыдай құрылымды құра отырып, дербес бүктеледі. Бұл альфа-сарциннің рибосоманың осы нақты аймағына жақындығы екеуінің байланысуына және реакцияға түсуіне себеп болатындығы туралы ойды тағы да растайды. Рибосомадағы негізгі тану нуклеотиді - бұл а гуанин Нуклеотид саңылау учаскесінен жоғары орналасқан алты нуклеотид (бұл жоғарыда аталған «g-томпағы» аймағымен бірдей).[5]

Реакция шарттары

Тануға және бөлуге мүмкіндік беретін жағдайларға қоршаған ортаның тұздылығы жатады. Тұз концентрациясының жоғарылауымен альфа-сарциннің «G-төмпешікке» жетуіне бәсекелестік күшейеді.[5] Бұл альфа-сарцин аминқышқылдарының катиондық бүйір тізбектері мен рибосома тізбегінің фосфаттары арасындағы электростатикалық өзара әрекеттесулерге байланысты. Тұздың көбірек болуы осы екі өзара әрекеттесуге кедергі келтіреді.

SRL бөліну реакциясы үшін жалпы жылдамдық константасы екінші ретті құрайды (108M-1s-1-нің k2 / K1 / 2). Бұл реакция жылдамдығы реактордың квадратына бөлінген концентрациясына тура пропорционалды дегенді білдіреді. Жылдамдық физикалық қадамдарға тәуелді емес сияқты, яғни екі молекуланың бір-бірін ерітіндіде табуы олардың реакцияның жылдамдығына әсер етпейді. Бұл әр түрлі тұтқырлықтағы реакция жылдамдығын байқау арқылы анықталды. Өнімдердің диссоциациясы, екі молекуланың бөлінуі де жылдамдыққа әсер етпейді. SRL үзілістеріне жылдамдықты анықтау сатысы фосфодиэфирлік байланыстың химиялық бөлінуіне байланысты болады деп ұсынылады.

Альфа-сарцин рибосоманы бөліп алғаннан кейін, алынған бөлшектер, P1 және P2 одан әрі бөлініп, A және G учаскелеріне белгілі бір жақындығымен бөлінеді. Алайда бұл кейінірек жіктелудің реакция жылдамдығы анағұрлым төмен болады.4 Бұл әрі қарай альфа-сарцинді тану және бөлшектеу үшін РНҚ-ның бүктелген құрылымына тәуелді, дегенмен молекуланың қалған бөлігі емес деген ұғымды қолдайды. Құрамында GA тізбегі бар ашылмаған ssRNA үшін бөліну жылдамдығы толық және бүктелген SRL тізбегінен үш есе аз.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Endo Y, Tsurugi K (маусым 1988). «Рицин А-тізбегінің РНҚ N-гликозидаза белсенділігі. Рицин А-тізбегінің рибосомалармен және рРНҚ-мен ферментативті белсенділігінің сипаттамалары». Биологиялық химия журналы. 263 (18): 8735–9. PMID  3288622.
  2. ^ Мартинес-Руис А, Мартинес-дель-Позо А, Лакадена Дж, Маньешо Дж.М., Онадерра М, Лопес-Отин С, Гавиланес Дж.Г. (сәуір 1998). «Pichia pastoris метилотрофты ашытқысының рекомбинантты про-және жетілген саңырауқұлақ альфа-сарцин риботоксиннің секрециясы: жетілу үшін Лис-Арг мотиві қажет». Ақуыздың экспрессиясы және тазалануы. 12 (3): 315–22. дои:10.1006 / prep.1997.0846. PMID  9535698.
  3. ^ Альварес-Гарсия Е, Гарсия-Ортега Л, Вердун Ю, Бруик М, Мартинес дель Позо А, Гавиланес Дж.Г. (мамыр 2006). «Тир-48, риботоксиндердегі консервіленген қалдық, альфа-сарциннің РНҚ-деградациялық белсенділігіне қатысады». Биологиялық химия. 387 (5): 535–41. дои:10.1515 / BC.2006.069. PMID  16740124.
  4. ^ García-Mayoral F, García-Ortega L, Alvarez-García E, Bruix M, Gavilanes JG, del Pozo AM (желтоқсан 2005). «Риботомалардың риботоксиннің жоғары спецификалық тануын модельдеу». FEBS хаттары. 579 (30): 6859–64. дои:10.1016 / j.febslet.2005.11.027. PMID  16337202.
  5. ^ а б c Коренных А.В., Плантинга М.Ж., Коррелл CC, Пичирилли Дж.А. (қараша 2007). «Рестриктоцин арқылы сарцин / рицин циклінің РНҚ-сын бөлу кезінде субстратты тану мен катализ арасындағы байланыс». Биохимия. 46 (44): 12744–56. дои:10.1021 / bi700931y. PMID  17929942.

Сыртқы сілтемелер