Пируватдегидрогеназа (липоамид) альфа 1 - Википедия - Pyruvate dehydrogenase (lipoamide) alpha 1
Пируватдегидрогеназа Е1 компоненті суббірлік альфа, соматикалық формасы, митохондрия болып табылады фермент адамдарда кодталған PDHA1 ген.Пируватдегидрогеназа кешені ядролық кодталған митохондриялық арасындағы бастапқы байланысты қамтамасыз ететін мультиэнзим матрицалық кешені гликолиз және трикарбон қышқылы (TCA) циклінің қайтымсыз конверсиясын катализдеу арқылы пируват ішіне ацетил-КоА. PDH кешені 3 ферменттердің бірнеше көшірмелерінен тұрады: E1 (PDHA1); дигидролипойл трансацетилаза (DLAT ) (E2; EC 2.3.1.12); және дигидролипоилдегидрогеназа (DLD ) (E3; EC 1.8.1.4). E1 ферменті - 2 альфа және 2 бета суббірліктен тұратын гетеротетрамер. E1-альфа суббірлігі E1 белсенді торабын қамтиды және PDH кешені қызметінде шешуші рөл атқарады.[5]
Құрылым
PDHA1 генінде шамамен 17 килобаза жұбы бар; оның құрамына 11 экзон кіреді, олардың саны 61-ден 174-ке дейінгі базалық жұптарға дейін және интрондар, олардың өлшемдері 600 базалық жұптан 5,7 килобазға дейін. Геннің құрамында орналасқан сплит доноры мен акцепторлық учаскелері біріктірудің GT / AC ережелеріне сәйкес келеді. Транскрипцияның басталу орнындағы ДНҚ тізбегі GC-ге өте бай. Мұнда «TATA қорапшасы» тәрізді дәйектілік және «CAAT» қақпағы орналасқан жерден жоғары орналасқан, сонымен қатар бірнеше қайталанулар жиынтығы бар Sp1 транскрипция коэффициенті түптеу орны және екеуі лагері қақпақтың алдыңғы жағында рецепторлармен байланысатын орындар.[6]
Бұл генмен кодталған алдын-ала пептид 29 аминқышқылдары дәйектіліктің басында болды, олар типтік митохондриялық бағыттаушы тізбегіне сәйкес келеді. Фенилаланинмен N терминалдан басталған қалған 361 амин қышқылы жетілген митохондриялық E1 альфа-пептидін білдіреді.[7] Осы жетілген PDHA ақуыздарының екеуі екі PDHB ақуыздарымен біріктіріліп, гетеротетрамериялық E1 суббірлігін құрайды. Хрусталь құрылымдары фермент каталитикті орындау үшін өзінің гетеродимерлерінің 2-А шаттл тәрізді қозғалысын бастайтын модельге мүмкіндік берді.[8] Адамның PDHA1 генімен кодталған ақуыз бөлігі болып табылады пируват дегидрогеназы мультиэнзим кешені. Адамзаттың барлық кешені мөлшері 9,5 MDa құрайды және 60-мерик деп сипатталған, яғни бүкіл кешенді құру үшін жинақталған 60-тан астам компоненттер бар. Бұл суббірліктер көптеген түрлерде сақталады, өйткені бұл кешеннің функциясы ұрпақ үшін өте қажет ATP барлығына эукариоттар.[9] Әр компонент осы жолдағы бір сатының катализіне жауап береді; бұл кешен әр реакцияның аралық өнімдерін келесі ферментке жіберу мақсатында бар, осылайша реакция жылдамдығын едәуір арттырады.[10]
Функция
The пируват дегидрогеназы кешені тотықтырғыш декарбоксилденуіне жауап береді пируват, соңғы өнім болған кезде Ацетил КоА. Жалпы кешен бес реакцияны катализдейді, жалпы реакция:
Пируват + CoA + NAD+ → ацетил-КоА + СО2
Бұл кешен жүзеге асыратын 5 сатыда қажет болатын үш түрлі кофермент бар: тиамин пирофосфаты (ЖЭС), липоамид, және коэнзим А. Бұл қадам - эукариоттар жүзеге асыратын орталық метаболизм жолдарының бірі, онда глюкоза қышқылданып, көмірқышқыл газы, су және ATP. E1 кешені TPP кофакторын пируваттың Calpha-C (= O) байланысын үзіп, содан кейін ацетил тобын TPP коферментіне ауыстыру үшін арнайы пайдаланады, осылайша аралық, гидроксилетил-Tpp * E1 пайда болады және CO өндіреді2. ЖЭО-дағы тиазолий сақинасы карбонил топтарын қосып, электронды раковина немесе реакциядан электрондарды тартып, жетіспейтін аралықты тұрақтандыратын топ қызметін атқаруға өте ыңғайлы.[10]
Реттеу
PDH кешенінің сүтқоректілер тіндеріндегі белсенділігі көбінесе фосфорлану кешен ішіндегі белгілі бір бөлімшелердің. Осылайша, сайтқа тән абсолютті сомалар киназалар және фосфаттар митохондрияда көрсетілген PDH белсенділігіне тікелей әсер етеді.[11] Нақтырақ айтсақ, тирозин резиденциясы, Tyr-301, PDHA1-де фосфорлануы мүмкін, сондықтан оның белсенділігін тежейді; бұл пируваттың субстрат байланысын блоктау арқылы жасалады. Бұл фосфорлану Ser-293 қалдықтарының фосфорлануымен қатар жүреді.[12] Сер-264 басқа учаскесінің фосфорлануы функцияны реттей алады. Бұл позициядағы фосфорланған сериннің қалдықтары TPP-дің үш фосфорлану учаскелерін қамтитын E1 шегінде екі циклге тапсырыс беруіне жол бермейді. Бұзушылық - бұл Ser-264-тағы жаңа фосфат тобы мен Ser-266 серині арасындағы стерикалық қақтығыстың тікелей нәтижесі, бұл ілмектерді орнында ұстайтын сутегімен байланыс желісін тұрақсыздандырады. Жалпы алғанда, бұл бұзылыс каталитикалық машинаның инактивациясына әкеледі.[13]
PDH кешені әртүрлі жағдайларда реттелуі мүмкін. PDHA1 суббірлігі жаттығулар кезінде бос май қышқылдарымен реттелетіні дәлелденді. Бос май қышқылдарының болуы фосфорлану деңгейін жоғарылатады, осылайша PDH белсенділігін төмендетеді. Жаттығу кезінде бұл әсерлер жойылып, жасушаларда әлдеқайда жоғары депосфорланған PDHA1 деңгейі байқалады.[14] Трицепс сияқты белгілі бір бұлшықеттерде метаболикалық ферменттің профилі PDH белсенділігінің деңгейіне тікелей әсер ететіндей көрінеді, нәтижесінде бұлшықеттерде осы сипаттамалары бар лактат мөлшері жоғарылауы мүмкін.[15]
Клиникалық маңызы
PDHA1 генінің мутациясы оның бір түрін тудыратыны белгілі болды пируват дегидрогеназының жетіспеушілігі. Пируватдегидрогеназаның жетіспеушілігі организмде сүт қышқылы деп аталатын химиялық заттың жиналуымен және әр түрлі жүйке проблемаларымен сипатталады. Бұл жағдайдың белгілері мен белгілері, әдетте, туылғаннан кейін көп ұзамай пайда болады және олар зардап шеккен адамдар арасында әр түрлі болуы мүмкін. Ең жиі кездесетін ерекшелігі - бұл өмірге қауіп төндіретін сүт қышқылының (лактоацидоз) жинақталуы, ол жүрек айнуын, құсуды, тыныс алудың ауыр проблемаларын және жүректің қалыптан тыс соғуын тудыруы мүмкін. Пируватдегидрогеназа тапшылығы бар адамдар, әдетте, неврологиялық проблемаларға да тап болады. Көбісі ақыл-ой қабілеттері мен отыру және жүру сияқты моториканың дамуын кешіктірді. Басқа неврологиялық проблемаларға интеллектуалды мүгедектік, ұстамалар, әлсіз бұлшықет тонусы (гипотония), координацияның нашарлығы және жүрудің қиындауы жатады. Кейбір зардап шеккен адамдарда мидың қалыптан тыс құрылымдары бар, мысалы мидың сол және оң жақ жартысын байланыстыратын тіннің дамымауы (корпус каллосумы), мидың ми қыртысы деп аталатын мидың сыртқы бөлігін ысыраптау (атрофиясы) немесе зақымдалған дақтар мидың кейбір бөліктеріндегі тіндер (зақымданулар). Денсаулыққа қатты әсер ететіндіктен, пируват дегидрогеназының жетіспеушілігі бар көптеген адамдар өткен балалық шақтан аман қалмайды, дегенмен кейбіреулері жасөспірім немесе ересек өмір сүруі мүмкін.[5] Көптеген жағдайлар осы геннің мутациясының салдарынан пайда болады және мутациялардың сансыз түрлері анықталған. Бұл гендегі мутациялар бір нуклеотидті алмастыратын миссенстік мутациядан бастап, көптеген нуклеотидтік негіздік жұптардың жойылуына дейін.[16][17][18]
Клиникалық көріністің көп бөлігі жалпы аурумен біртектес болғанымен, кейбір жағдайлары анықталды, оларда оң жақ бүйір қарыншасының бір жақты первентрикулярлы лейкомаляциямен субвендимальды кистамен фокустық кеңеюі болды.[19]
Әйелдерде бұл жетіспеушілікті анықтау әлдеқайда қиын болуы мүмкін. Бұл фибробласттарда ферментті өлшеудің қисық X инактивациясының болуы мүмкін екендігіне байланысты, яғни фермент белсенділігін өлшеу толық дәл болмауы мүмкін. Бұл бұзылыстың клиникалық көрінісі тотығу фосфорлануының жетіспеушілігімен қатты қабаттасқандықтан, пируватдегидрогеназа жетіспеушілігіне күмәнданған әйелдерде бұлшықет биопсиясына егжей-тегжейлі биохимиялық талдау жүргізу ұсынылады, содан кейін PDHA1 генінің молекулалық-генетикалық анализі жасалады.[20]
Интерактивті жол картасы
Тиісті мақалаларға сілтеме жасау үшін төмендегі гендерді, ақуыздарды және метаболиттерді басыңыз.[§ 1]
- ^ Интерактивті жол картасын WikiPathways сайтында редакциялауға болады: «ГликолизГлюконеогенез_WP534».
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б в GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000131828 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ а б в GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000031299 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ а б «Entrez Gene: PDHA1 пируватдегидрогеназа (липоамид) альфа 1».
- ^ Марагос С, Хатчисон ВМ, Хаясака К, Браун Г.К., Даль ХХ (шілде 1989). «Адам пируваты дегидрогеназа кешенінің E1 альфа суббірлігі генінің құрылымдық ұйымы». Биологиялық химия журналы. 264 (21): 12294–8. PMID 2745444.
- ^ Хо Л, Векслер идентификаторы, Лю Т.С., Thekumkumara TJ, Patel MS (шілде 1989). «Адам пируваты дегидрогеназының альфа суббірлігін кодтайтын кДНҚ сипаттамасы». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 86 (14): 5330–4. дои:10.1073 / pnas.86.14.5330. PMC 297615. PMID 2748588.
- ^ Ciszak EM, Korotchkina LG, Dominiak PM, Sidhu S, Patel MS (маусым 2003). «Адам пируваты дегидрогеназы анықтаған тиамин пирофосфатқа тәуелді ферменттердің флип-флоп әсерінің құрылымдық негіздері». Биологиялық химия журналы. 278 (23): 21240–6. дои:10.1074 / jbc.M300339200. PMID 12651851.
- ^ Хиромаса Y, Фуджисава Т, Асо Y, Рош ТЕ (ақпан 2004). «Е2 және Е2 плюс Е3 байланыстыратын ақуыздан түзілген сүтқоректілердің пируваты дегидрогеназа кешенінің өзектерін ұйымдастыру және олардың Е1 және Е3 компоненттерін байланыстыру қабілеті». Биологиялық химия журналы. 279 (8): 6921–33. дои:10.1074 / jbc.M308172200. PMID 14638692.
- ^ а б Voet DJ, Voet JG, Pratt CW (2010). «17 тарау, лимон қышқылының циклі». Биохимияның принциптері (4-ші басылым). Вили. б. 550. ISBN 978-0-470-23396-2.
- ^ Колобова Е, Туганова А, Боулатников I, Попов К.М. (тамыз 2001). «Пируватдегидрогеназаның белсенділігін бірнеше жерлерде фосфорлану арқылы реттеу». Биохимиялық журнал. 358 (Pt 1): 69-77. дои:10.1042/0264-6021:3580069. PMC 1222033. PMID 11485553.
- ^ Fan J, Kang HB, Shan C, Elf S, Lin R, Xie J, Gu TL, Aguiar M, Lonning S, Chung TW, Arellano M, Khoury HJ, Shin DM, Khuri FR, Boggon TJ, Kang S, Chen J (Қыркүйек 2014). «Tyr-301 фосфорлануы субстраттың байланысын блоктау арқылы пируватдегидрогеназаны тежейді және Варбург әсерін арттырады». Биологиялық химия журналы. 289 (38): 26533–41. дои:10.1074 / jbc.M114.593970. PMC 4176253. PMID 25104357.
- ^ Kato M, Wynn RM, Chuang JL, Tso SC, Machius M, Li J, Chuang DT (желтоқсан 2008). «Адамның пируватдегидрогеназа кешенін фосфорлану арқылы инактивациялаудың құрылымдық негізі: ретсіз фосфорлану ілмектерінің рөлі». Құрылым. 16 (12): 1849–59. дои:10.1016 / j.str.2008.10.010. PMC 2849990. PMID 19081061.
- ^ Pilegaard H, Birk JB, Sacchetti M, Mourtzakis M, Hardie DG, Stewart G, Neufer PD, Saltin B, van Hall G, Wojtaszewski JF (қараша 2006). «Жаттығу кезінде адамның қаңқа бұлшықетіндегі PDH-E1alpha дефосфорлануы және активациясы: интралипидті инфузияның әсері». Қант диабеті. 55 (11): 3020–7. дои:10.2337 / db06-0152. PMID 17065338.
- ^ Kiilerich K, Birk JB, Damsgaard R, Wojtaszewski JF, Pilegaard H (қаңтар 2008). «Демалу кезінде және қарқынды жаттығулар кезінде адамның қолы мен аяғы бұлшықеттеріндегі PDH реттелуі». Американдық физиология журналы. Эндокринология және метаболизм. 294 (1): E36-42. дои:10.1152 / ajpendo.00352.2007. PMID 17957032.
- ^ Giribaldi G, Doria-Lamba L, Biancheri R, Severino M, Rossi A, Santorelli FM, Schiaffino C, Caruso U, Piemonte F, Bruno C (мамыр 2012). «Пируват дегидрогеназаның үзілісті-рецидивтік кешенінің жетіспеушілігі: клиникалық, биохимиялық және нейрорадиологиялық қайтымдылық жағдайы». Даму медицинасы және балалар неврологиясы. 54 (5): 472–6. дои:10.1111 / j.1469-8749.2011.04151.x. PMID 22142326.
- ^ Магнер М, Виншова К, Тесанова М, Хайкова З, Хансикова Н, Венчич Л, Джешина П, Смолка V, Адам Т, Ванчков М, Земан Дж, Хонцик Т (2011). «PDHA1 генінің мутациясына байланысты пируватдегидрогеназа тапшылығының клиникалық айқын көрінісі бар екі науқас». Прага медициналық есебі. 112 (1): 18–28. PMID 21470495.
- ^ Imbard A, Boutron A, Vequaud C, Zater M, de Lonlay P, de Baulny HO, Barnerias C, Miné M, Marsac C, Saudubray JM, Brivet M (желтоқсан 2011). «Пируватдегидрогеназа кешенінің жетіспеушілігі бар 82 пациенттің молекулярлық сипаттамасы. Жаңа амин қышқылының E1 ақуызындағы алмастыруларының құрылымдық әсері». Молекулалық генетика және метаболизм. 104 (4): 507–16. дои:10.1016 / j.ymgme.2011.08.008. PMID 21914562.
- ^ Sharma R, Sharrard MJ, Connolly DJ, Mordekar SR (мамыр 2012). «Пируватдегидрогеназа жетіспеушілігімен байланысты бір жақты перивентрикулярлық лейкомалия». Даму медицинасы және балалар неврологиясы. 54 (5): 469–71. дои:10.1111 / j.1469-8749.2011.04108.x. PMID 21895644.
- ^ Виллемсен М, Роденбург РЖ, Тесзас А, ван ден Хевель Л, Козтоланий Г, Морава Е (маусым 2006). «PDHA1 гендік мутациясы бар аналықтар: диагностикалық қиындық». Митохондрион. 6 (3): 155–9. дои:10.1016 / j.mito.2006.03.001. PMID 16713755.
Әрі қарай оқу
- Dahl HH, Brown Brown, Brown RM, Hansen LL, Kerr DS, Wexler ID, Patel MS, De Meirleir L, Lissens W, Chun K (1993). «Пируватдегидрогеназа E1 альфа геніндегі мутациялар және полиморфизмдер». Адам мутациясы. 1 (2): 97–102. дои:10.1002 / humu.1380010203. PMID 1301207.
- Қоңыр GK, Otero LJ, LeGris M, Brown RM (қараша 1994). «Пируватдегидрогеназа тапшылығы». Медициналық генетика журналы. 31 (11): 875–9. дои:10.1136 / jmg.31.11.875. PMC 1016663. PMID 7853374.
- Sugden MC, Holness MJ (мамыр 2003). «Пиродды дегидрогеназа кешені деңгейіндегі глюкозаның тотығуын ПДК-мен реттейтін механизмдердің соңғы жетістіктері». Американдық физиология журналы. Эндокринология және метаболизм. 284 (5): E855-62. дои:10.1152 / ajpendo.00526.2002. PMID 12676647.
- Dahl HH, Hansen LL, Brown RM, Danks DM, Rogers JG, Brown GK (1993). «Гетерозиготалы әйелдерде X-байланысқан пируватдегидрогеназа E1 альфа суббірліктің жетіспеушілігі: сол мутацияның өзгермелі көрінісі». Тұқым қуалайтын метаболикалық ауру журналы. 15 (6): 835–47. дои:10.1007 / BF01800219. PMID 1293379.
- Ito M, Huq AH, Naito E, Saijo T, Takeda E, Kuroda Y (1993). «Пируватдегидрогеназа жетіспеушілігі бар әйел науқастағы E1 альфа генінің мутациясы, E1 ақуызының тез ыдырауына байланысты». Тұқым қуалайтын метаболикалық ауру журналы. 15 (6): 848–56. дои:10.1007 / BF01800220. PMID 1338114.
- De Meirleir L, Lissens W, Vamos E, Liebaers I (наурыз 1992). «Пируватдегидрогеназа (PDH) жетіспеушілігі, E1 альфа суббірлігінде 21 негізді жұп енгізу мутациясының әсерінен». Адам генетикасы. 88 (6): 649–52. дои:10.1007 / BF02265291. PMID 1551669.
- Хансен Л.Л., Браун Г.К., Кирби Д.М., Даль Х.Х. (1991). «Пируватдегидрогеназа E1 альфа жетіспеушілігі бар үш пациенттің мутацияларының сипаттамасы». Тұқым қуалайтын метаболикалық ауру журналы. 14 (2): 140–51. дои:10.1007 / BF01800586. PMID 1909401.
- Koike K, Urata Y, Matsuo S, Koike M (қыркүйек 1990). «Адамның пируваты дегидрогеназа альфа-суббірлікті кодтайтын геннің сипаттамасы және нуклеотидтік реттілігі». Джин. 93 (2): 307–11. дои:10.1016 / 0378-1119 (90) 90241-I. PMID 2227443.
- Endo H, Hasegawa K, Narisawa K, Tada K, Kagawa Y, Ohta S (наурыз 1989). «Лактоацидоздағы ақаулы ген: қалыптан тыс пируватдегидрогеназа E1 альфа-суббірлігі». Американдық генетика журналы. 44 (3): 358–64. PMC 1715432. PMID 2537010.
- Браун RM, Даль ХХ, Браун Г.К. (ақпан 1989). «Адамның пируваты дегидрогеназа кешенінің E1 альфа суббірлігі үшін функционалды геннің х-хромосома локализациясы». Геномика. 4 (2): 174–81. дои:10.1016/0888-7543(89)90297-8. PMID 2737678.
- Марагос С, Хатчисон ВМ, Хаясака К, Браун Г.К., Даль ХХ (шілде 1989). «Адам пируваты дегидрогеназа кешенінің E1 альфа суббірлігі генінің құрылымдық ұйымы». Биологиялық химия журналы. 264 (21): 12294–8. PMID 2745444.
- Хо Л, Векслер идентификаторы, Лю Т.С., Thekumkumara TJ, Patel MS (шілде 1989). «Адам пируваты дегидрогеназының альфа суббірлігін кодтайтын кДНҚ сипаттамасы». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 86 (14): 5330–4. дои:10.1073 / pnas.86.14.5330. PMC 297615. PMID 2748588.
- De Meirleir L, MacKay N, Lam Hon Wah AM, Робинсон BH (ақпан 1988). «Пируватдегидрогеназа кешенінің адамның E1 альфа суббірлігі үшін толық ұзындықтағы комплементарлы ДНҚ кодтауын оқшаулау». Биологиялық химия журналы. 263 (4): 1991–5. PMID 2828359.
- Dahl HH, Hunt SM, Hutchison WM, Brown GK (мамыр 1987). «Адамның пируваты дегидрогеназа кешені. E1 альфа суббірлігі үшін кДНҚ клондарын оқшаулау, реттік анализ және мРНҚ сипаттамасы». Биологиялық химия журналы. 262 (15): 7398–403. PMID 3034892.
- Koike K, Ohta S, Urata Y, Kagawa Y, Koike M (қаңтар 1988). «Адам пируваты дегидрогеназасының альфа және бета суббірліктерін кодтайтын кДНҚ-ны клондау және реттілігі». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 85 (1): 41–5. дои:10.1073 / pnas.85.1.41. PMC 279477. PMID 3422424.
- Hansen LL, Horn N, Dahl HH, Kruse TA (маусым 1994). «PDH E1 альфа суббірлігінде 33 базалық жұптың қайталануынан туындаған пируватдегидрогеназа тапшылығы». Адам молекулалық генетикасы. 3 (6): 1021–2. дои:10.1093 / hmg / 3.6.1021. PMID 7545958.
- Такакубо F, Картрайт P, Hoogenraad N, Торбурн DR, Коллинз F, Литгов Т, Даль HH (қазан 1995). «Пируватдегидрогеназа E1 альфа геніндегі амин қышқылының орнын басуы, прекурсор белогының митохондриялық импортына әсер етеді». Американдық генетика журналы. 57 (4): 772–80. PMC 1801496. PMID 7573035.
- Hemalatha SG, Kerr DS, Wexler ID, Lusk MM, Kaung M, Du Y, Kolli M, Schelper RL, Patel MS (ақпан 1995). «E1 альфа суббірліктің тиамин пирофосфатымен байланыстырушы контуры ішіндегі нүктелік мутацияның (P188L) салдарынан болатын пируватдегидрогеназа кешенінің жетіспеушілігі». Адам молекулалық генетикасы. 4 (2): 315–8. дои:10.1093 / hmg / 4.2.315. PMID 7757088.
PDB галереясы | |
|---|---|
|
