PtaRNA1 - PtaRNA1

PtaRNA1
PtaRNA1 SS.png
PtaRNA1 консенсусының екінші құрылымы
Идентификаторлар
ТаңбаPtaRNA1
РфамRF01811
Басқа деректер
РНҚ түріантисенс
Домен (дер)Гаммапротеобактериялар
PDB құрылымдарPDBe
ptaRNA1_токсин
Идентификаторлар
Таңба1 типті токсин-антитоксин жүйесінен PtaRNA1 антитоксиніне токсин
PfamPF12703

PtaRNA1 (плазмида ауыстырылды антисензиялық РНҚ ) отбасы кодталмаған РНҚ.[1]Гомологтар PtaRNA1-ді табуға болады протеобактериялар отбасылар, Бетапротеобактериялар және Гаммапротеобактериялар. Барлық жағдайда PtaRNA1 қысқа протеинді кодтауға сезімталдыққа қарсы орналасқан ген. Жылы Ксантомонас лагері pv. везикатория, бұл ген ретінде түсіндіріледі XCV2162 және ақуыздардың плазмидалы токсиндер тобына кіреді.

Таралуы және қызметі

PtaRNA1 де, іргелес кодтау генінде де, тек үйлесімде ғана пайда болады, оларда тұрақсыздық бар. филогенетикалық бөлу ptaRNA1 иесі түрінің филогениясымен сәйкес келмейді, басқалармен бірдей сРНҚ сияқты отбасылар Yfr1 және Yfr2.[2] Бұл ptaRNA1 жиі кездесетіндігін көрсетеді геннің көлденең трансферті.[1] Бұл бақылаулар I типтегі бақылауларға сәйкес келеді токсин-антитоксин жүйелері.[3]

I типті токсин-антитоксин жүйелерінде ген экспрессиясы улы белоктың а кішкентай кодталмаған РНҚ. I типті токсин-антитоксин локустар екеуінде де жиі кездеседі прокариоттық хромосомалар және плазмидалар.[4][5]The екінші құрылым ptaRNA1 -ге өте ұқсас E. coli FinP антисензиялық РНҚ.[1][6] FinP - бұл антисензиялық реттеуші cis-актерлік РНҚ элементі Траж,[6] ptaRNA1 құрылымдық ұқсастығы күрделі реттеу желісінің бөлігі болуы мүмкін дегенді білдіреді.[1]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e Findeiss S, Schmidtke C, Stadler PF, Bonas U (наурыз 2010). «Плазмидтер арқылы тасымалданған сезімталдыққа қарсы нРРНҚ-ның жаңа отбасы». РНҚ Биол. 7 (2): 120–124. дои:10.4161 / rna.7.2.11184. PMID  20220307. Алынған 2010-07-13.
  2. ^ Voss B, Gierga G, Axmann IM, Hess WR (2007). «Бактериялардың геномдарындағы мотивке негізделген іздеу цианобактериялардың барлық тегі бойынша кіші РНҚ Yfr1 ортологын анықтайды». BMC Genomics. 8: 375. дои:10.1186/1471-2164-8-375. PMC  2190773. PMID  17941988.
  3. ^ Fozo EM, Hemm MR, Storz G (желтоқсан 2008). «Кішкентай улы протеиндер және оларды басатын антисензиялық РНҚ». Микробиол. Мол. Биол. Аян. 72 (4): 579-589, Мазмұны. дои:10.1128 / MMBR.00025-08. PMC  2593563. PMID  19052321.
  4. ^ Гердес К, Вагнер Э.Г. (сәуір 2007). «РНҚ антитоксиндері». Curr. Опин. Микробиол. 10 (2): 117–124. дои:10.1016 / j.mib.2007.03.003. PMID  17376733.
  5. ^ Weaver KE (сәуір, 2007). «Плазмидтермен кодталған антисенциалды РНҚ реттелетін жүйелер». Curr. Опин. Микробиол. 10 (2): 110–116. дои:10.1016 / j.mib.2007.03.002. PMID  17376732.
  6. ^ а б Артур DC, Гету AF, Губбинс МДж, Эдвардс Р.А., Фрост LS, Glover JN (желтоқсан 2003). «FinO - сезімтал-антисенциалды РНҚ өзара әрекеттесуін жеңілдететін РНҚ шапероны». EMBO J. 22 (23): 6346–6355. дои:10.1093 / emboj / cdg607. PMC  291848. PMID  14633993.

Сыртқы сілтемелер