Болжамдық протеин - Predictprotein

Ақуызды болжау
Түпнұсқа автор (лар)Бурхард Рост
ӘзірлеушілерГай Ячдав Ласло Каджан
Бастапқы шығарылым1992
Тұрақты шығарылым
1.0.88
Операциялық жүйеUNIX негізіндегі
ТүріБиоинформатика
ЛицензияGPLv2
Веб-сайтwww.болжамдық протеин.org

Ақуызды болжау (PP) - бұл қазіргі заманғы көпшілікке арналған мәліметтер базасын іздейтін, тураландыратын және ақуыз құрылымы мен функциясының аспектілерін болжайтын автоматты қызмет. Пайдаланушылар ақуыздар тізбегін жібереді және мәліметтер қорын салыстыру және болжау әдістерінен алынған жалғыз файл алады. ПП Интернетке 1992 ж Еуропалық молекулалық биология зертханасы; 1999 жылдан бастап жұмыс істейді Колумбия университеті және 2009 жылы ол көшті Technische Universität München. Көптеген серверлер белгілі бір аспектілерді қолданғанымен, PP құрылымды болжау үшін ең көп қолданылатын қоғамдық сервер болып қала береді: 104 елдегі пайдаланушылардың 1,5 миллионнан астам сұраныстары өңделді; 13000-нан астам қолданушы 10 немесе одан да көп түрлі сұраулар жіберді. PP веб-парақтары 4 континенттегі 17 елде бейнеленген. Жүйе биоинформатикада тәжірибесі жоқ эксперименталистердің сұраныстарын қанағаттандыру үшін оңтайландырылған. Бұл біз тек жоғары сапалы әдістерді қолдануға назар аударып, онша сенімді емес немесе маңызды емес әдістерді жіберіп алған нәтижелерді біріктіруге тырыстық дегенді білдірді.

Шекті иерархияны қосу арқылы өнімді жеңілдетуге тырысу

Нәтижелерді түсіндіруді жеңілдету үшін мүмкіндігінше көбірек ақпаратты «алдын-ала қорытуға» тырысу - бұл PP-дің ерекше тірегі. Мысалы, PP әдепкі бойынша мәліметтер базасында сұраныс ақуызына ұқсас құрылымға ие болуы мүмкін ақуыздарды ғана қайтарады.[1] Мембраналық спираль, спираль тәрізді аймақтар, сигнал пептидтері және ядролық оқшаулау сигналдары сияқты ерекше болжамдар, егер берілген ықтималдық шектерінен төмен болса, қайтарылмайды.

Әрбір сұраныс 20-дан астам әдісті қолдануға түрткі болады

Пайдаланушылар келесі нәтижелермен бір шығыс файл алады. Деректер базасын іздеу: ұқсас тізбектер стандартты, жұптық BLAST арқылы баяндалған және тураланған,[2] қайталанатын PSI-BLAST іздеу.[3] BLAST жұптық іздестірулері NCBI сайтында алынғандармен бірдей болғанымен, қайталану кезінде PSI-BLAST қайталануы кезінде жалған позитивтер жиналмас үшін мұқият сүзілген мәліметтер базасында орындалады.[4][5] PROSITE мәліметтер базасында функционалды мотивтерді іздеудің стандартты нұсқасы.[6] PP сонымен бірге CHOP процедурасы арқылы құрылымдық домендердің болжамды шекараларын анықтайды. Құрылымды болжау әдістері: екінші ретті құрылым, еріткіштің қол жетімділігі және PHD және PROF бағдарламаларында болжанған мембраналық спиральдар,[7][8] PROFtmb болжаған мембраналық жіптер,[9] COILS арқылы ширатылған катушкалар,[10] және PROFcon арқылы қалдықтар арасындағы байланыстар,[11] күрделілігі төмен аймақтар SEG-мен белгіленеді [12] және тұрақты қайталама құрылымы жоқ ұзақ аймақтарды NORSp анықтайды.[13][14] PHD / PROF бағдарламалары тек PP арқылы қол жетімді. PP-дің PSI-BLAST іздеуін автоматты түрде итерациялаудың ерекше тәсілі және біз қатарға отбасыларға не қосу керектігін шешудің әдісі де PP-ға ғана тән. Қазіргі уақытта ПП-ға нақты енгізілген функцияның барлық аспектілері ішкі ұялы локализацияға байланысты: біз PredictNLS арқылы ядролық локализация сигналдарын анықтаймыз,[15][16] біз LOCnet арқылы бағытталған сигналдарға тәуелсіз локализацияны болжаймыз;[17] және жасушалық циклды басқаруға қатысатын ақуыздарға аннотациялар.[18]

Қол жетімділік

Веб-қызмет

PredictProtein веб-қызметі www.predictprotein.org сайтында қол жетімді. Пайдаланушылар аминқышқылдарының дәйектілігін жібере алады және оның орнына берілген дәйектілікке арналған автоматты аннотация жиынтығын ала алады. Қызметке өзара әрекеттесу уақытын жеделдететін алдын-ала есептелген нәтижелер базасы қолдау көрсетеді.

Бұлтты шешім

PredictProtein бұлтты шешімі Debian ашық операциялық жүйеге негізделген,[19] және оның жиынтығы ретінде оның функционалдығын қамтамасыз етеді [20] Debian бағдарламалық жасақтама пакеттері. Bio-Linux - бұл биоинформатика мен есептеу биологиясына арналған операциялық жүйе. Оның соңғы 7 шығарылымы Ubuntu Linux базасында 500-ден астам биоинформатика бағдарламаларын ұсынады.[21] Ubuntu - Debian туындысы, өзінің қосымшалары бар Debian-ға негізделген операциялық жүйе. Cloud BioLinux - бұл Bio-Linux және Ubuntu-дан алынған бұлтты шешім. Debian туындылары пакеттерді бір-бірімен оңай бөлісе алады. Мысалы, Debian пакеттері Ubuntu-ға автоматты түрде қосылады,[22] және сонымен қатар Cloud BioLinux-те қолдануға болады (процедура сипатталған [23]).

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Рост, Б. (1999). «Ақуыздар тізбегінің туралауының іңірлік аймағы». Протеиндік инженерия. 12 (2): 85–94. дои:10.1093 / ақуыз / 12.2.85. PMID  10195279.
  2. ^ Альтшул С.Ф. және Гиш, В. (1996) теңестірудің жергілікті статистикасы. Әдістер Ферментол., 266, 460-480.
  3. ^ Altschul S., Madden, T., Shaffer, A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. және Липман, Д. (1997 Gapped Blast және PSI-Blast: ақуыздар базасын іздеу бағдарламаларының жаңа буыны. Nucleic Acids Res., 25, 3389-3402).
  4. ^ Пзыбыльски Д. және Рост, Б. (2002) Түзулер өседі, құрылымның екінші реттік болжамы жақсарады. Ақуыздар, 46, 195–205.
  5. ^ Джонс Д.Т. (1999) Белгілі бір баллдық матрицаларға негізделген ақуыздардың екінші құрылымын болжау. Дж.Мол. Биол., 292, 195–202.
  6. ^ Хофманн К., Бухер, П., Фолкет, Л. және Байроч, А. (1999) PROSITE мәліметтер базасы, оның 1999 жылғы мәртебесі. Нуклеин қышқылдары, 27, 215–219.
  7. ^ Rost B. (1996) PHD: профильді жүйке желілері бойынша бір өлшемді ақуыз құрылымын болжау. Әдістер Ферментол., 266, 525-539
  8. ^ Rost B. (2001) ақуыздардың екінші құрылымын болжау өсе береді. J. Struct. Биол., 134, 204–218.
  9. ^ Бигелоу, Х .; Рост, Б. (2006). «PROFtmb: бета баррель бактериялардың трансмембраналық протеиндерін болжауға арналған веб-сервер». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Веб-сервер мәселесі): W186 – W188. дои:10.1093 / nar / gkl262. PMC  1538807. PMID  16844988.
  10. ^ Лупас А., Ван Дайк, М. және Сток, Дж. (1991) Протеин тізбегінен ширатылған катушкаларды болжау. Ғылым, 252, 1162–1164.
  11. ^ Пунта, М .; Рост, Б. (2005). «PROFcon: ұзақ мерзімді байланыстарды романмен болжау». Биоинформатика. 21 (13): 2960–2968. дои:10.1093 / биоинформатика / bti454. PMID  15890748.
  12. ^ Вуттон Дж. Және Федерен, С. (1996) Композициялық жағымды аймақтарды дәйектілік мәліметтер базасындағы талдау. Әдістер Ферментол., 266, 554-571.
  13. ^ Лю Дж., Тан, Н. және Рост, Б. (2002) Loop ақуыздары эволюцияда сақталған болып көрінеді. Дж.Мол. Биол., 322, 53-64
  14. ^ Лю Дж. Және Рост, Б. (2003) NORSp: тұрақты қайталама құрылымсыз ұзақ аймақтардың болжамдары. Нуклеин қышқылдары, 31, 3833–3835
  15. ^ Кокол М., Наир, Р. және Рост, Б. (2000) Ядролық локализация сигналдарын табу. EMBO Rep., 1, 411-415.
  16. ^ Наир Р., Картер, П. және Рост, Б. (2003) NLSdb: ядролық локализация сигналдарының мәліметтер базасы. Нуклеин қышқылдары, 31, 397-399
  17. ^ Nair R. және Rost, B. (2003) Эволюциялық және құрылымдық ақпараттарды біріктіру арқылы жасуша ішіндегі оқшаулауды жақсы болжау. Ақуыздар, 53, 917–930
  18. ^ Врешинский К.О. және Рост, Б. (2004) Жасушалық циклды басқарудағы белоктарды каталогтау. Әдістер Mol. Биол., 241, 219–233
  19. ^ Амор, Дж., Және т.б. Шошқалардан жолақтарға дейін: Дебиан арқылы саяхат. DebConf5 (Debian жылдық әзірлеушілерінің кездесуі) жинағында. 2005. Citeseer.
  20. ^ Debian тегін бағдарламалық жасақтама (DFSG). Мына жерден алуға болады: http://www.debian.org/social_contract#guidelines
  21. ^ Dawn Field, BT, Tim Booth, Stewart Houten, Dan Swan, Nicolas Bertrand, Milo Thurston. Bio-Linux 7. 2012 ж .; Мына жерден алуға болады: http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/bio-linux-7-info
  22. ^ Debian арқылы ЖАҢА пакеттер. Мына жерден алуға болады: https://wiki.ubuntu.com/UbuntuDevelopment/NewPackages#NEW_packages_through_Debian
  23. ^ Krampis, K., және басқалар, Cloud BioLinux: геномика қауымдастығы үшін алдын-ала жасалған және сұраныс бойынша биоинформатика. BMC Биоинформатика, 2012. 13: б. 42

Сыртқы сілтемелер