Пероксиредоксиннің жіктелу индексі - Википедия - Peroxiredoxin classification index

PREX
Database.png
Мазмұны
Сипаттамаәртүрлілік бойынша отбасылық тапсырмалар базасы пероксиредоксин отбасы.
Байланыс
Зерттеу орталығыУэйк орман университеті
ЗертханаБиохимия кафедрасы
АвторларЛаура Сойто, Лесли Пул, Кимберли Нельсон, Стэйси Нутсон, Жаклин Фетроу
Бастапқы дәйексөзСойто және басқалар. (2011)[1]
Шығару күні2010
Кіру
Веб-сайтhttp://www.csb.wfu.edu/prex/

PerEXiRedoxin классификациясы indEX (PREX ) дерекқоры болып табылады пероксиредоксиндер (Prxs) алты бөлек кіші отбасылардың біріне жіктелген.[1] Жіктеу дәйекті мәліметтер базасын іздеу үшін тураланған қолтаңбалардан (құрылымдық сипатталған Prx тобы мүшелерінің белсенді сайттарының айналасындағы фрагменттерден құрастырылған) құрылған нақты баллдық матрицаны (PSSM) қолданатын Deacon Active Site Profiling (DASP) тәсіліне негізделген.[2] PREX-ті Prx-ті іздеу ақуыздың аннотациясын, қосылу нөмірін, PDB идентификаторын, организмнің атауын немесе ақуыздар тізбегін (BLAST қолдану арқылы) 2008 жылдың қаңтарынан, 2010 жылдың қарашасынан немесе 2011 жылдың қазан айынан бастап GenBank (8000-нан астам) шығарылған Prx ақуыздары бойынша жүргізілуі мүмкін. тексерілген Prx дәйектілігі). Шығарылымға әрбір жіктелген Prx жататын кіші отбасы, қосылу және GI сандары, тұқымдары мен түрлері және жіктеу үшін қолданылатын сайттың белсенді қолтаңбасы кіреді. Сұраныстар тізбегі пайдаланушының қолмен бағалауы және түсіндіруі үшін таңдалған Prxs тобына сәйкес келтірілген. Бұл ресурс зерттеушілер қауымдастығына еркін қол жетімді.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Сойто, Лаура; Уильямсон Крис; Knutson Stacy T; Фетро Жаккелин С; Пул Лесли Б; Нельсон Кимберли Дж (қаңтар 2011). «PREX: PeroxiRedoxin классификациясы indEX, әр түрлі пероксиредоксиндер отбасы бойынша субфамилия тағайындауларының мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдары. Англия. 39 (Деректер базасы мәселесі): D332-7. дои:10.1093 / nar / gkq1060. PMC  3013668. PMID  21036863.
  2. ^ Фетроу, Жакелин С. (2006-07-01). «Deacon Active Site Profiler (DASP) көмегімен тізбектер мен құрылымдардағы ақуыздың функционалды аймақтарын анықтау үшін белсенді сайт профилі». Биоинформатикадағы қолданыстағы хаттамалар. 8-тарау: 8.10-бөлім. дои:10.1002 / 0471250953.bi0810s14. ISSN  1934-340X. PMID  18428769.

Сыртқы сілтемелер