Пептидогликан байланыстыру домені - Peptidoglycan binding domain
| Пептидогликан байланыстырушы домені | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Құрылымы Streptomyces Albus мурамойл-пентапептид карбоксипептидаза.[1] | |||||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||||
| Таңба | PG_binding_1 | ||||||||||
| Pfam | PF01471 | ||||||||||
| Pfam ру | CL0244 | ||||||||||
| InterPro | IPR002477 | ||||||||||
| SCOP2 | 1lbu / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Пептидогликан байланыстырушы домендер генерал бар пептидогликан байланыстырушы функция және солға бұралған жабық, үш бұрандалы байламнан тұратын жалпы ядролық құрылым. Ол бактериялардың жасушалық қабырғаларының деградациясына қатысатын әр түрлі ферменттердің N немесе C соңында кездеседі.[2][3][4] Мысалдар:
- Мурамойл-пентапептид карбоксипептидаза (EC 3.4.17.8 )
- N-ацетилмурамоил-L-аланинамидаза cwlA прекурсоры (жасуша қабырғасының гидролазы, автолизин, EC 3.5.1.28 )
- Автолитикалық лизоцим (1,4-бета-N-ацетилмурамидаза, автолизин, EC 3.2.1.17 )
- Мембранамен байланысқан литикалық муреин трансгликозилаза B
- Құрамында мырыш бар D-аланил-D-аланинді бөлетін карбоксипептидаза, VanX.[5]
Осы доменге ие көптеген белоктар әлі сипатталмаған. Алайда, олардың кейбіреулері M15PS пептидаза M15 (MD кланы), M15A металопептидазалар тобына жататыны белгілі. M15A подфамилиясына жататын бірқатар белоктар пептидаза емес гомологтар болып табылады, өйткені олар эксперименталды түрде пептидаза белсенділігі жоқ немесе каталитикалық белсенділік үшін маңызды деп саналатын аминқышқылдарының қалдықтары жоқ.
Эукариоттық ферменттер құрылымдық жағынан ұқсас PGBD тәрізді домендерді қамтуы мүмкін. Жасушадан тыс матрицаның деградациясын катализдейтін матрицалық металлопротеиназалар (MMP), PGBD-ге ұқсас N-терминалды домендерге ие. Мысалдары желатиназа А (ММП-2), ол IV типті коллагенді ыдыратады,[6] артрит және ісік инвазиясында рөл атқаратын стромелизин-1 (ММП-3),[7][8] және туа біткен иммундық қорғаныс механизмінің бөлігі ретінде нейтрофилдер бөлетін желатиназа B (MMP-9).[9] Бірнеше ММП қатерлі ісік ауруына шалдығады, өйткені жасушадан тыс матрицаның деградациясы метастаз каскадының маңызды кезеңі болып табылады.[10]
Мысалдар
Осы доменді қамтитын ақуыздарды кодтайтын адамдардың гендеріне мыналар жатады:
- MMP1, MMP2, MMP3, MMP7, MMP8, MMP9,
- MMP10, MMP12, MMP13, MMP14, MMP15, MMP16, MMP17, MMP19,
- MMP20, MMP21, MMP24, MMP25, MMP27, MMP28
Әдебиеттер тізімі
- ^ PDB: 1lbu
- ^ Krogh S, Jorgensen ST, Devine KM (1998). «Bacillus subtilis ақаулы профагия PBSX лизис гендері». Бактериол. 180 (8): 2110–2117. дои:10.1128 / JB.180.8.2110-2117.1998. PMC 107137. PMID 9555893.
- ^ Joris B, Dive G, Dideberg O, Charlier P, Frere JM, Guysen JM (1982). «Zn2 + -ден тұратын D-аланил-D-аланин-бөлшектейтін карбоксипептидазаның құрылымы 2,5 А». Табиғат. 299 (5882): 469–470. дои:10.1038 / 299469a0. PMID 7121588. S2CID 4285241.
- ^ Фостер SJ (1991). «Bacillus subtilis 168 trpC2 автолитикалық амидадасының клондануы, экспрессиясы, дәйектілігі және биохимиялық сипаттамасы». Микробиол. 137 (8): 1987–1998. дои:10.1099/00221287-137-8-1987. PMID 1683402.
- ^ Dive G, Dideberg O, Charlier P, Frere JM, Guysen JM, Jamoulle JC, Lamotte-brasseur J (1984). «Zn2 + құрамындағы D-аланил-D-аланинді-бөлетін карбоксипептидаз Streptomyces albus G белсенді-сайтына бағытталған инактиваторлары». Биохимия. Дж. 219 (3): 763–772. дои:10.1042 / bj2190763. PMC 1153542. PMID 6743245.
- ^ Seiki M (1999). «Мембрана типті матрицалық металлопротеиназалар». APMIS. 107 (1): 137–143. дои:10.1111 / j.1699-0463.1999.tb01536.x. PMID 10190290. S2CID 221391745.
- ^ Breedveld FC, Smeets TJ, Barg EC, Kraan MC, Smith MD, Tak PP (2003). «Артроскопиялық синовиальды биопсиядағы жасуша инфильтратының және проинфламматикалық цитокиндер мен матрицалық металопротеиназдардың экспрессиясын талдау: соңғы сатысы бар науқастардың синовиалды үлгілерімен салыстыру, ревматоидты артрит». Энн. Рев. Дис. 62 (7): 635–638. дои:10.1136 / ard.62.7.635. PMC 1754593. PMID 12810425.
- ^ Hornebeck W, Maquart FX (2003). «Протеолизденген матрица ісік прогрессиясын реттейтін шаблон ретінде». Биомед. Фармакотерапия. 57 (5–6): 223–230. дои:10.1016 / S0753-3322 (03) 00049-0. PMID 12888258.
- ^ van Damme J, Proost P, Van den steen PE, Wuyts A, Husson SJ, Opdenakker G (2003). «Гелатиназа В / ММП-9 және нейтрофилді коллагеназа / ММП-8 адамның химокиндерін GCP-2 / CXCL6, ENA-78 / CXCL5 және тышқан GCP-2 / LIX тышқанын өңдейді және олардың физиологиялық белсенділіктерін модуляциялайды». EUR. Дж. Биохим. 270 (18): 3739–3749. дои:10.1046 / j.1432-1033.2003.03760.x. PMID 12950257.
- ^ Ёшизаки Т, Сато Х, Фурукава М (2002). «Металлопротеиназа 2 матрицасын активациялауды реттеудегі соңғы жетістіктер: негізгі зерттеулерден клиникалық импликацияға дейін (Шолу)». Онкол. Rep. 9 (3): 607–611. дои:10.3892 / немесе.9.3.607. PMID 11956636.