NCBI эпигеномикасы - NCBI Epigenomics

NCBI эпигеномикасы
US-NLM-NCBI-Logo.svg
Мазмұны
Сипаттамаэпигеномды деректер жиынтығы.
Байланыс
Зерттеу орталығыҰлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы
АвторларЯн М Фингерман
Бастапқы дәйексөзFingerman және басқалар. (2011)[1]
Шығару күні2010
Кіру
Веб-сайтhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics

The Эпигеномика дерекқоры кезінде Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы бүкіл геном үшін мәліметтер базасы болды эпигенетика деректер жиынтығы.[1] Ол 2016 жылдың 1 маусымында зейнетке шыққан.

Эпигеномика дерекқоры

Туралы Эпигеномика дерекқоры Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) Ұлттық денсаулық сақтау институттары (NIH) эпигенетикалық модификация карталарын және олардың адам геномында кездесу карталарын жинау құралы ретінде 2010 жылдың маусымында басталды.[2] Бұл мәліметтер базасы карталар үшін жалпыға қол жетімді ресурстарды ұсынады дің жасушалары және бастапқы ex vivo адамның дамуы мен ауруында пайда болатын эпигенетикалық факторлардың геномдық ландшафттарын егжей-тегжейлі сипаттайтын тіндер.[1]

Эпигеномика мәліметтер қорының мазмұны

Эпигеномика дерекқорының негізгі ресурстары NCBI-дегі екі архивтік мәліметтер базасынан алынған: Gene Expression Omnibus (GEO) және Sequence Read Archive (SRA).[1] Genn Expression Omnibus - бұл микроаррайлар мен келесі буынның дәйектілігі технологияларынан туындайтын жоғары өнімді геномдық деректерге арналған мәліметтер жүйесі.[3] Эпигеномика мәліметтер базасында қолданылатын мәліметтер - бұл эпигенетикалық факторларға тән GEO және SRA ішкі жиынтықтарының жиынтығы. Бұл деректер қосымша шолуға ұшырайды және Epigenomics дерекқорына қосар алдында оңай қол жетімді етіп ұйымдастырылады.[1]

Мәліметтер базасын пайдалану

Эпигеномика мәліметтер базасындағы барлық тәжірибелер мен сәйкес үлгілер әдепкі шолғышта көрсетіледі. 2013 жылдың қазан айындағы мәліметтер бойынша қазіргі уақытта 4112 тәжірибе және 1257 үлгі бар.[4] Деректер базасында зерттелген бес түр ұсынылған, микро және кіші РНҚ экспрессиясы, гистон модификациясы және гистон модификациялаушы ферменттер, хроматинге қол жетімділік және хроматинмен байланысты факторлар, транскрипция факторлары сияқты көптеген деректер тректері қол жетімді.[1] Деректер қорынан алынған осындай мысалдардың бірі - белгілі бір эпигенетикалық факторларды зерттеу Дрозофила меланогастері 20-дан 24 сағатқа дейінгі эмбрионалды даму кезеңінде.[5]

Epigenomics мәліметтер базасының шолғышында екі негізгі іздеу жазбалары бар, олар «Тәжірибелер» және «Үлгілер».

Тәжірибені іздеу

Experiment іздеу жазбасы ғылыми мақсаттар жиынтығымен бір немесе бірнеше эксперименттерге сілтеме жасайды.[1] Мұнда пайдаланушы деректер көзі туралы толық ақпаратты ала алады. Бұл ақпарат жіберушінің институтын, GEO және SRA-да түпнұсқа деректерді жіберуге сілтемелерді, әдебиеттер сілтемелерін қамтиды PubMed және / немесе Pubmed-те толық мәтінді мақалалар.[1] Тәжірибе жазбаларында 'ESS' префиксі бар бірегей қосылу нөмірі бар.[1]

Іздеудің үлгісі

Іздеу жазбасының үлгісі мәліметтер базасында берілген экспериментте зерттелген биологиялық материалға сәйкес келеді және бақыланатын лексикалардан алынған құндылықтармен бастапқы атрибуттар туралы мәліметтерді ұсынады.[1] 20-дан астам биологиялық атрибут өрістері бар, олардың қатарына штамм, сорт, экотип, жеке, жыныс, жас, даму сатысы, жасуша сызығы, жасуша типі, тін типі және денсаулық жағдайы кіреді.[1]

Деректер қорын навигациялау және пайдалану бойынша анықтамалық ресурстар

Эпигеномика дерекқорында навигация мен пайдалану бойынша көмекке қол жетімді көптеген ресурстар бар. NCBI анықтамалық нұсқаулығының «Эпигенетикаға көмек» бөлімі іздеуге болатын мәліметтер базасы туралы ақпаратты қамтиды және пайдаланушыға дерекқорды пайдалану, басқару, жүктеу және жүктеу, шарлау құралдарын ұсынады.[6]Сондай-ақ, бағаналы жасушаларды зерттеу сияқты арнайы зерттеушілерге және зерттеу салаларына бағытталған мәліметтер базасын навигациялауға арналған нұсқаулықтар бар.[7]

Эпигеномика жобасы

2007 жылы Ұлттық денсаулық сақтау институттары (NIH) іске қосты Эпигеномика жобасы. Жобаның мақсаты - әртүрлі жасуша типтерінен жалпыға қол жетімді анықтамалық эпигеном карталарын жасау.[1] Бұл эпигенетикалық карталар адамның дамуына, алуан түрлілігіне және ауруларына негіз болатын эпигенетикалық құбылыстарды зерттеуге арналған ресурстармен қамтамасыз етуге арналған.[8] Осыған ұқсас әрекеттерді мына сілтемеден қараңыз ҚОЙЫҢЫЗ (ENCyclopedia Of DNA Elements) жобасы, оның бастамалары Жол картасы эпигеномикасы жобасын толықтырады.[9]

Эпигеном

The эпигеном химиялық өзгерістері туралы жазбадан тұрады ДНҚ және Гистон организмнің белоктары. Бұл химиялық өзгерістер гендердің экспрессиясына көптеген ұлпалардың типтері мен даму кезеңдеріне әсер етеді.[10] Мыналар эпигенетикалық өзгерістер негізгі ДНҚ тізбегінің өзгеруін қамтымайтын ген экспрессиясын өзгерту әдістерін қамтиды; оларға жатады ДНҚ метилденуі, Гендердің тынышталуы, және хроматин құрылым,[11] тарту Кодтамайтын РНҚ.[12]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e f ж сағ мен j к л Фингмен, Ян М; МакДаниэль Ли; Чжан Сюань; Ратзат Вальтер; Хасан Тарек; Цзян Чифанг; Коэн Роберт F; Schuler Gregory D (қаңтар 2011). «NCBI Epigenomics: эпигеномдық деректер жиынтығын зерттеуге арналған жаңа мемлекеттік ресурс». Нуклеин қышқылдары. 39 (Деректер базасы мәселесі): D908–12. дои:10.1093 / nar / gkq1146. PMC  3013719. PMID  21075792.
  2. ^ «Шолу». Ұлттық денсаулық сақтау институттары. Стратегиялық үйлестіру басқармасы - Ортақ қор. Алынған 22 қыркүйек 2013.
  3. ^ Sayers, EW; т.б. (Қаңтар 2010). «Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығының мәліметтер қоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 38 (Деректер базасы мәселесі): D5–16. дои:10.1093 / nar / gkp967. PMC  2808881. PMID  19910364.
  4. ^ «Эпигеномика дерекқоры». Алынған 20 қазан 2013.
  5. ^ Негре, Н; Моррисон Калифорния; Шах ПК; Bild NA; Ақ КП (12 мамыр 2009). «Дрозофила эмбриондарының кезеңдік хроматин күйінің геномдық карталары, ChIP-сек». MODENCODE. GSE16013. Алынған 17 қараша 2013.
  6. ^ Бетезда (MD) (2010). Эпигеномикаға көмек. АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы: Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (АҚШ).
  7. ^ Карник, Р; Meissner A. (3 шілде 2013). «Шолу (Epi) геномдары: дің жасушаларын зерттеушілерге арналған деректер қорлары мен эпигеномды браузерлерге арналған нұсқаулық». Ұяшықтың өзегі. 13 (1): 14–21. дои:10.1016 / j.stem.2013.06.006. PMC  3750740. PMID  23827707.
  8. ^ Бернштейн, Брэдли Е; Джон А Стаматояннопулос; Джозеф Ф Костелло; Bing Ren; Александр Милосавльевич; Александр Мейснер; Манолис Келлис; Марко А Марра; Артур Л Бодет; Джозеф Р Эккер; Пегги Дж. Фарнхам; Мартин Хирст; Эрик С Ландер; Тарджей С Миккелсен; Джеймс А Томсон (13 қазан 2010). «NIH жол картасы эпигеномикасын картаға түсіру консорциумы». Табиғи биотехнология. 28 (10): 1045–1048. дои:10.1038 / nbt1010-1045. PMC  3607281. PMID  20944595.
  9. ^ Encode жобасы, консорциум (2004 ж. 22 қазан). «ENCODE (ДНҚ элементтерінің энциклопедиясы) жобасы» (PDF). Ғылым. 306 (5696): 636–40. Бибкод:2004Sci ... 306..636E. дои:10.1126 / ғылым.1105136. PMID  15499007.
  10. ^ Бернштейн, Брэдли Е; Александр Мейснер; Эрик С. Ландер (19 желтоқсан 2011). «Сүтқоректілердің эпигеномы». Ұяшық. 4. 128 (4): 669–681. дои:10.1016 / j.cell.2007.01.033. PMID  17320505.
  11. ^ Руссо, Винченцо Е.А., Роберт А. Мартиенсен және Артур Д. Риггс. (1996). Гендерді реттеудің эпигенетикалық механизмдері. Cold Spring Harbor зертханалық баспасы. б. Реферат. ISBN  978-0-87969-490-6.CS1 maint: бірнеше есімдер: авторлар тізімі (сілтеме)
  12. ^ Коста, Фабрицио Ф. (29 ақпан 2008). «Кодталмаған РНҚ, эпигенетика және күрделілік». Джин. 410 (1): 9–17. дои:10.1016 / j.gene.2007.12.008. PMID  18226475.

Сыртқы сілтемелер