NBPF15 - NBPF15

NBPF15
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарNBPF15, AB14, AG3, NBPF16, нейробластома үзіліс нүктесінің отбасы мүшесі 15, NBPF мүшесі 15, MGC8902
Сыртқы жеке куәліктерOMIM: 610414, 614005 HomoloGene: 41035 Ген-карталар: NBPF15
Геннің орналасуы (адам)
1-хромосома (адам)
Хр.1-хромосома (адам)[1]
1-хромосома (адам)
NBPF15 үшін геномдық орналасу
NBPF15 үшін геномдық орналасу
Топ1q21.1Бастау144,421,386 bp[1]
Соңы144,461,674 bp[1]
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез

284565

жоқ

Ансамбль

ENSG00000266338

жоқ

UniProt

Q8N660

жоқ

RefSeq (mRNA)

NM_001102663
NM_001170755
NM_173638

жоқ

RefSeq (ақуыз)

NP_001164226
NP_775909

жоқ

Орналасқан жері (UCSC)Chr 1: 144.42 - 144.46 Mbжоқ
PubMed іздеу[2]жоқ
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеу

Нейробластома үзіліс нүктесі, 15 мүше, сондай-ақ NBPF15, Бұл ақуыз адамдарда кодталған NBPF15 ген.[3] Геннің ұзындығы 18762 а.к. мРНҚ бұл 3837 а.к. Ген 1q21.1 хромосомасында орналасқан. Оның ішкі жасушалық орналасуы ядро және цитоплазма.[4] Онда. Деп аталатын нәрсе бар NBPF қайталануы, бұл екіэкзон NBPF гендер отбасының барлық 21 мүшелеріне тән дәйектіліктің созылуы. Қайталау ата-баба экзондары болып саналады және NBPF отбасы приматтар эволюциясымен байланысты болды.[5]

Функция

NBPF16 функциясы толық зерттелмеген. Бұл мүмкін рөлдермен байланысқан NBPF ақуыздар тобының мүшесі онкогенез және ісікті басатын гендер.[5]

Ақуыз

Ақуыз 670-тен тұрады аминқышқылдары. Ген құрамында DUF1220 деп аталатын, белгісіз функциясы бар бес домен бар. DUF1220 домендері NBPF гендер тұқымдасының барлық мүшелерінде кездеседі, бірақ олардың саны әр мүше арасында әр түрлі. Кодталған және кодталмаған аймақтардағы интергендік және интрагендік реттіліктің жоғары консервациясы бар қайталанатын құрылым. Гомологиялық рекомбинацияның әртүрлі аллельдер арасында оңай жүруіне мүмкіндік береді. Оның қайталануы және NBPF гендер тұқымдасының басқа мүшелері 1-хромосомада сегменттік қайталанудан пайда болды деп есептеледі.[5]

Болжамды қасиеттер

NBPF16 қолдану болжанған қасиеттері биоинформатика құралдар:

Өрнек

Геннің экспрессиялық деректері аз, бірақ көптеген көрсеткіштер оны бүкіл денеде білдіретініне нұсқайды.

Гомология

Ортологтар

Ұлы деген жоқ ортологтар приматтардан тыс. Бұл ортологтар BLAT-тен жиналды.[9] және BLAST іздеу[10]

ТүрлерОрганизмнің жалпы атауыРеттік сәйкестілікТізбектік ұқсастықҰзындығы (AA)
Homo sapiensАдам100%100%670
ПантроглодиттерШимпанзе90%92%509
Макака мулаттаРезус макакасы57%68%620
Gallus gallusТауық36%54%1394
Rattus norvegicusНорвегия егеуқұйрығы34%67%2324
Бос таурусІрі қара34%50%816
Xenopus laevisАфрикалық тырнақталған бақа33%52%728
Бұлшықет бұлшықетіҮй тышқаны32%55%2446

Паралогтар

NBPF гендер отбасының басқа 21 мүшесі болғандықтан, олардың саны 21-ге жетті параллельдер NBPF16. Олардың барлығы жоғары сақтау және қайталанатын құрылымдарды көрсетеді.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000266338 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  3. ^ «Entrez Gene: NBPF16 нейробластома үзілісі, 16 мүшесі». Алынған 13 мамыр 2009.
  4. ^ «SDSC Biology Workbench». Сан-Диего суперкомпьютер орталығы. Алынған 13 мамыр 2009.
  5. ^ а б c Vandepoele K, Van Van N, Staes K, Speleman F, van Roy F (тамыз 2005). «NBPF жаңа гендер тұқымдасы: приматтар эволюциясы кезінде гендердің қайталануы нәтижесінде пайда болатын күрделі құрылым». Молекулалық биология және эволюция. 22 (11): 2265–2274. дои:10.1093 / molbev / msi222. PMID  16079250.
  6. ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (наурыз 1992). «Ақуыздар тізбегін статистикалық талдау әдістері мен алгоритмдері». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 89 (6): 2002–6. Бибкод:1992PNAS ... 89.2002B. дои:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  7. ^ «PI бағдарламасы (изоэлектрлік нүктелік болжам)». Архивтелген түпнұсқа 2008 жылғы 26 қазанда.
  8. ^ Бендцен Дж.Д., Нильсен Х, фон Хейне Г, Брунак С (шілде 2004). «Сигнал пептидтерінің болжамын жақсарту: SignalP 3.0». Молекулалық биология журналы. 340 (4): 783–95. CiteSeerX  10.1.1.165.2784. дои:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320.
  9. ^ «BLAT іздеу геномы». Алынған 13 мамыр 2009.
  10. ^ «БЛАСТ». Алынған 13 мамыр 2009.

Әрі қарай оқу