MvirDB - Википедия - MvirDB

MvirDB
Мазмұны
СипаттамаУытты заттар, вируленттілік факторлары және антибиотиктерге төзімділік гендері туралы мәліметтер базасы
Мәліметтер түрлері
қолға түсті
Уытты заттар, вируленттік факторлар және антибиотиктерге төзімділік гендері
АғзаларБактериялар
Байланыс
Бастапқы дәйексөзPMID  17090593
Кіру
Веб-сайтmvirdb.llnl.gov
Әр түрлі
Бетбелгі
субъектілер
иә

Жылы молекулалық биология, MvirDB жалпыға қол жетімді дерекқор туралы ақпаратты сақтайтын токсиндер, вируленттілік факторлары және антибиотикке төзімділік гендер.[1] Бұл дерекқор пайдаланатын көздер ДНҚ және ақуыз ақпаратқа мыналар кіреді: Tox-Prot,[2] SCORPION,[3] PRINTS вируленттік факторлары,[4][5] VFDB,[6] TVFac, арал,[7] АРГО[8] және VIDA.[9] Деректер базасы a Жарылыс пайдаланушыға олардың барлығына өз кезектілігін сұрауға мүмкіндік беретін құрал ДНҚ және ақуыз MvirDB-де реттілік. Туралы ақпарат вируленттілік факторлары ұсынылған шолғыш құралын пайдалану арқылы алуға болады. Браузер құралын қолданғаннан кейін, нәтижелер оқылатын кесте ретінде шығарылады, ол E-мәндерінің жоғарылауы бойынша ұйымдастырылады, олардың әрқайсысы өздеріне қатысты параққа сілтеме жасайды. MvirDB жүзеге асырылады Oracle 10g реляциялық мәліметтер базасы.[1]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Чжоу, С .; Смит, Дж .; Лам, М .; Земла, А .; Дайер, М. Д .; Слезак, Т. (2007-01-03). «MvirDB - биологиялық қорғанысқа арналған протеин токсиндерінің, вируленттілік факторларының және антибиотиктерге төзімділік гендерінің микробтық базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 35 (Дерекқор): D391 – D394. дои:10.1093 / nar / gkl791. ISSN  0305-1048. PMC  1669772. PMID  17090593.
  2. ^ Джунго, Флоренция; Байроч, Амос (наурыз 2005). «Tox-Prot, Швейцария-Прот протеинінің ақпараттық базасының токсинді протеинге аннотация бағдарламасы». Токсикон. 45 (3): 293–301. дои:10.1016 / j.toxicon.2004.10.018. ISSN  0041-0101.
  3. ^ Шринивасан, К.Н .; Гопалакришнаконе, П .; Тан, П.Т .; Чив, К.С .; Ченг, Б .; Кини, Р.М .; Ко, Дж. Й .; Seah, S.H .; Brusic, V. (қаңтар 2002). «SCORPION, скорпион токсиндерінің молекулалық базасы». Токсикон. 40 (1): 23–31. дои:10.1016 / s0041-0101 (01) 00182-9. ISSN  0041-0101.
  4. ^ «Автор индексі 15-том, No1, 2008». Молекулалық микробиология және биотехнология журналы. 15 (1): 65. 2008. дои:10.1159/000121450. ISSN  1464-1801.
  5. ^ Аттвуд, Тереза ​​К .; Брэдли, Пол М .; Готтон, Анна; Модлинг, Нил; Митчелл, Александр Л .; Моултон, Джорджина (2005-04-15), «PRINTS ақуыз саусақ іздері базасы: функционалды және эволюциялық қолдану», Генетика, геномика, протеомика және биоинформатика энциклопедиясы, John Wiley & Sons, Ltd, дои:10.1002 / 047001153x.g306301, ISBN  047001153X
  6. ^ Чен, Л. (2004-12-17). «VFDB: бактериялық вируленттілік факторларының анықтамалық базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 33 (Деректер базасы мәселесі): D325 – D328. дои:10.1093 / nar / gki008. ISSN  1362-4962. PMC  539962. PMID  15608208.
  7. ^ Мантри, Ю. (2004-01-01). «Islander: прокариоттық геномдардағы интегративті аралдардың базасы, онымен байланысты интегралдар және олардың ДНҚ орналасу ерекшеліктері». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (90001): 55D – 58. дои:10.1093 / nar / gkh059. ISSN  1362-4962. PMC  308793. PMID  14681358.
  8. ^ Скария, қуаныш; Чандрамоули, Умамахесваран; Верма, Санджай Кумар (2005-02-01). «Антибиотиктерге төзімділік гендері (ARGO): ванкомицин мен б-лактамға төзімділік гендері туралы мәліметтер базасы». Биоақпарат. 1 (1): 5–7. дои:10.6026/97320630001005. ISSN  0973-8894. PMID  17597841.
  9. ^ Иитс, С .; Лис, Дж .; Рейд, А .; Келлам, П .; Мартин, Н .; Лю, Х .; Orengo, C. (2007-12-23). «Gene3D: геномдардың құрылымдық-функционалды аннотациясы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 36 (Дерекқор): D414 – D418. дои:10.1093 / nar / gkm1019. ISSN  0305-1048.