Есептеу әдістері ақуыздар тізбегі мен құрылымдарының әр түрлі қасиеттерін табу, сипаттау және түсініктеме беру үшін қолданады ақуыз тандемі қайталанады .
Тізбектелген аннотация әдістері
Аты-жөні Соңғы жаңарту Пайдалану Нәтиже түрлері Сипаттама Ашық дереккөз? Қайталаңыз нақты түрі Анықтама ard2 2013 желі түсініктеме дәйектілігі Нейрондық желі жоқ альфа-электромагнит [1] СЕНІМ 2004 жүктелетін / веб бірлік позициясы, бірнеше реттілікті туралау Ab-initio белоктардағы ішкі қайталануларды анықтау. Түзулердің транзитивтілігін пайдаланады? жоқ [2] T-REKS 2009 жүктелетін / веб қайталау қондырғысы А-ны қолдану арқылы бірдей қысқа жіптер арасындағы ұзындықтарды кластерлеу K - алгоритм дегенді білдіреді иә жоқ [3] HHRepID 2008 жүктелетін / веб Түріндегі эволюциялық ақпаратты пайдалану үшін HMM-HMM салыстыру арқылы ақуыздар тізбегіндегі қайталануларды анықтау бірнеше реттілік гомологтар жоқ [4] РАДАР 2018 жүктелетін / веб бірлік позициясы, бірнеше реттілікті туралау RADAR қысқа анықтайды композиция біржақты және қайталанбаған қайталанулар, сонымен қатар көптеген қайталанулардың әр түрлі түрлерін қамтитын күрделі қайталану архитектурасы иә жоқ [5] [6] XSTREAM 2007 желі бірлік позициясы, әр түрлі кезеңдер, бірнеше реттілікті туралау биологиялық дәйектілік деректеріндегі Tandem Repeat (TR) заңдылықтарын тиімді анықтауға арналған деректерді жинау құралы. Бағдарлама талдау үшін бірнеше өңдеуден кейінгі алгоритмдермен біріктірілген тұқымдарды кеңейту стратегиясын қолданады FASTA-форматталған ақуыз немесе нуклеотидтер тізбегі жоқ жоқ [7] ТРЕД 2007 жүктелетін редакциялау қашықтығы бойынша тандемді қайталауға арналған анықтама және осы қайталануларды табудың тиімді, детерминирленген алгоритмі жоқ жоқ TRAL 2015 жүктелетін Тандем қайталануын de novo бағдарламалық жасақтамасымен де, HMM жүйелік профилімен де анықтайды; болжамды тандемді қайталаудың статистикалық маңыздылығын талдау және артық болжамдарды сүзу иә [8] ДОТЕР 1995 жүктелетін Графикалық нүкте екі ретті егжей-тегжейлі салыстыруға арналған бағдарлама [9] 0J.PY [10] PTRStalker 2012 жүктелетін бірлік позициясы, бірнеше реттілікті туралау Ақуызды аминқышқылдар тізбегіндегі бұлыңғыр тандемнің қайталануын Ab-initio анықтау. жоқ [11] TRDistiller 2015 Тандемді қайталауды (TR) - және құрамында TR жоқ тізбектерді жылдам сұрыптау [12] REPRO 2000 желі Анықтамасын вариация негізінде қайталайды Smith-Waterman жергілікті туралау стратегиясы содан кейін графикаға негізделген итеративті кластерлеу процедурасы жоқ жоқ [13] РЕП 2000 желі жоқ иә
Құрылымға негізделген аннотация әдістері
Аты-жөні Соңғы жаңарту Пайдалану Нәтиже түрлері Сипаттама Ашық дереккөз? Қайталаңыз нақты түрі Анықтама ТАПО 2016 желі бірлік позициясы Атомдық координаттардың кезеңділіктерін және құрылымдық бейнелеудің басқа түрлерін, соның ішінде конформациялық алфавиттермен түзілген жолдарды, қалдық байланыс карталарын және екінші құрылым элементтерінің векторларының орналасуын қолданады жоқ жоқ [14] SYMD 2014 галактика геометрияны қайталау Ішкі симметриялы ақуыз құрылымдарын «теңестіруді сканерлеу» процедурасы арқылы анықтайды, онда ақуыз құрылымы қалдықтардың барлық мүмкін саны бойынша екінші көшірмені дөңгелектегеннен кейін өзіне сәйкес келеді жоқ жоқ [15] РАФЕЛ 2012 желі ықтималдылықты қайталау Толқындық функцияға дейін үш өлшемді құрылымға келтіріңіз. Содан кейін ол мерзімділік туралы ақпаратты анықтайды. жоқ жоқ [16] CE-SYMM ProSTRIP ДАВРОС 2004 RQA 2009 OPAAS Gplus REUPRED ConSole DB-Lite қайталанады ПРИГСА Swelfe Фрустратометр
Әдебиеттер тізімі
^ Fournier D, Palidwor GA, bербинин S, Szengel A, Schaefer MH, Perez-Iratxeta C, Andrade-Navarro MA (21 қараша 2013). «Альфа-соленоид ақуыздарының функционалдық және геномдық анализдері» . PLOS ONE . 8 (11): e79894. Бибкод :2013PLoSO ... 879894F . дои :10.1371 / journal.pone.0079894 . PMC 3837014 PMID 24278209 . ^ Шкларчик, Радек; Херинга, Яап (2004-08-04). «Маңыздылық пен транзитивтіліктің көмегімен қайталануды бақылау» . Биоинформатика . 20 Қосымша 1: i311-317. дои :10.1093 / биоинформатика / bth911 ISSN 1367-4811 . PMID 15262814 . ^ Джорда, Джулиен; Каджава, Андрей В. (2009-10-15). «T-REKS: K-meanS негізіндегі алгоритммен тізбектелген Тандемді қайталауды сәйкестендіру» . Биоинформатика . 25 (20): 2632–2638. дои :10.1093 / биоинформатика / btp482 ISSN 1367-4811 . PMID 19671691 . ^ Циммерманн, Лукас; Стефенс, Эндрю; Нам, Сын-Зин; Рау, Дэвид; Кюблер, Джонас; Лозайич, Марко; Габлер, Феликс; Сёдинг, Йоханнес; Лупас, Андрей Н. (2018-07-20). «Жаңа HHpred серверімен өзегіне толықтай енгізілген MPI биоинформатикалық құралдар жинағы». Молекулалық биология журналы . Молекулалық биологияға арналған есептеу қорлары. 430 (15): 2237–2243. дои :10.1016 / j.jmb.2017.12.007 . ISSN 0022-2836 . PMID 29258817 . ^ Хегер, Андреас; Холм, Лиза (2000). «Ақуыздар тізбегіндегі қайталануларды жылдам автоматты түрде анықтау және туралау». Ақуыздар: құрылымы, қызметі және генетика . 41 (2): 224–237. дои :10.1002 / 1097-0134 (20001101) 41: 2 <224 :: aid-prot70> 3.0.co; 2-z . ISSN 0887-3585 . PMID 10966575 . ^ Лопес, Родриго; Пэрн, Юри; Сквиззато, Сильвано; Валентин, Франк; Ли, Вэйчжун; МакВильям, Хамиш; Гуоджон, Микаэль (2010-07-01). «EMBL – EBI-де биоинформатиканы талдаудың жаңа құралдары» . Нуклеин қышқылдарын зерттеу . 38 (қосымша2): W695 – W699. дои :10.1093 / nar / gkq313 . ISSN 0305-1048 . PMC 2896090 PMID 20439314 . ^ Ньюман, Аарон М .; Купер, Джеймс Б. (2007-10-11). «XSTREAM: ақуыздар тізбегіндегі тандем қайталануларын сәйкестендіру және архитектуралық модельдеудің практикалық алгоритмі» . BMC Биоинформатика . 8 (1): 382. дои :10.1186/1471-2105-8-382 . ISSN 1471-2105 . PMC 2233649 PMID 17931424 . ^ Анисимова, Мария; Ксенариос, Иоаннис; Золлер, Стефан; Стокингер, Хайнц; Мурри, Риккардо; Мессина, Антонио; Печерска, Юлия; Корсунский, Александр; Шапер, Елке (2015-09-15). «TRAL: тандемнің қайталанған аннотация кітапханасы» . Биоинформатика . 31 (18): 3051–3053. дои :10.1093 / биоинформатика / btv306 ISSN 1367-4803 . PMID 25987568 . ^ Соннхаммер, Э.Л .; Дурбин, Р. (1995-12-29). «Геномдық ДНҚ және ақуыздар тізбегін талдауға жарамды динамикалық шекті бақылауы бар матрицалық бағдарлама». Джин . 167 (1-2): GC1-10. дои :10.1016/0378-1119(95)00714-8 . ISSN 0378-1119 . PMID 8566757 . ^ Wise, M. J. (2001). «0j.py: күрделілігі төмен ақуыздар мен ақуыз домендеріне арналған бағдарламалық құрал» . Биоинформатика . 17 Қосымша 1: S288–295. дои :10.1093 / биоинформатика / 17.suppl_1.s288 ISSN 1367-4803 . PMID 11473020 . ^ Пеллегрини, Марко; Ренда, Мария Елена; Веккио, Алессио (2012-03-21). «Белоксыз амин қышқылының тандем қайталануын ақуыздар тізбегінде анықтау» . BMC Биоинформатика . 13 (3): S8. дои :10.1186 / 1471-2105-13-S3-S8 . ISSN 1471-2105 . PMC 3402919 PMID 22536906 . ^ Ричард, Франсуа Д .; Каджава, Андрей В. (2014-06-01). «TRDistiller: тізбектелген мәліметтер жиынтығын құрамында тандемді қайталаулары бар ақуыздармен байытуға арналған жылдам сүзгі». Құрылымдық биология журналы . 186 (3): 386–391. дои :10.1016 / j.jsb.2014.03.013 . ISSN 1047-8477 . PMID 24681324 . ^ Джордж, Ричард А .; Геренга, Яап (қазан 2000). «REPRO сервері: ақуыздың ішкі тізбегін веб арқылы қайталау». Биохимия ғылымдарының тенденциялары . 25 (10): 515–517. дои :10.1016 / s0968-0004 (00) 01643-1 . ISSN 0968-0004 . PMID 11203383 . ^ До Вьет, Фуонг; Рош, Даниэль Б .; Каджава, Андрей В. (2015-09-14). «TAPO: ақуыз құрылымындағы тандем қайталануын анықтауға арналған аралас әдіс» . FEBS хаттары . 589 (19 Pt A): 2611–2619. дои :10.1016 / j.febslet.2015.08.025 ISSN 1873-3468 . PMID 26320412 . ^ Тай, Чин-Сянь; Пол, Рохит; КК, Дукка; Шиллинг, Джефери Д .; Ли, Бюнгук (2014-07-01). «SymD веб-сервері: ақуыздың ішкі симметриялы құрылымын анықтауға арналған алаң» . Нуклеин қышқылдарын зерттеу . 42 (Веб-сервер мәселесі): W296 – W300. дои :10.1093 / nar / gku364 . ISSN 0305-1048 . PMC 4086132 PMID 24799435 . ^ Уолш, Ян; Сирокко, Франческо Дж.; Минервини, Джованни; Ди Доменико, Томас; Феррари, Карло; Tosatto, Silvio C. E. (2012-09-08). «RAPHAEL: электромагниттік ақуыз құрылымын тану, мерзімділігі және енгізілуі» . Биоинформатика . 28 (24): 3257–3264. дои :10.1093 / биоинформатика / bts550 ISSN 1460-2059 . PMID 22962341 .
