ДНҚ секвенерлерінің тізімі - List of DNA sequencers
 | Бұл мақала жоқ сілтеме кез келген ақпарат көздері. (Желтоқсан 2019) (Бұл шаблон хабарламасын қалай және қашан жою керектігін біліп алыңыз) |
Нарығы ДНҚ секвенсоры аспаптарда қазіргі кезде басым: Иллюмина (Желтоқсан 2019), содан кейін PacBio, MGI / BGI және Оксфорд нанопорасы. Сондай-ақ ұсыныстар бар Qiagen GeneReader (2019 жылғы желтоқсандағы жағдай бойынша) және GenapSys. Секвенсорлардың көпшілігі де өндіре алады РНҚ тікелей немесе арқылы кДНҚ дайындық.
ДНҚ секвенсоры құралдары немесе секвенирлеуі үшін негізгі ойлар:
- Өнімділік: кезектілікпен жүгіру үшін негіздердің немесе оқулардың жалпы саны.
- бір базаға кететін шығын: белгілі бір көлемдегі деректерді өндіруге кеткен жалпы шығындар (мысалы, 1 Gigabase = 10E9 негіздері).
- Бастауыштардың сапасы (мысалы, Q-ұпай ): негізгі шақырудың дұрыс болу ықтималдығы.
- Оқу ұзындығы / реттік ұзындығы: неғұрлым ұзағырақ оқу немесе реттік пайдалану немесе түсіндіру оңай.
- Деректерді өндіру жылдамдығы: уақыт бірлігінде тізбектеліп орындалатын мәліметтер саны. Бұл кәдеге жаратуды максимизациялау үшін уақыт бойынша құралдың өнімділігіне қатысты.
- Құрал құны: жоғары капитал құны ДНҚ-ның секвенирлеу құралы амортизация уақытын оның қызмет ету мерзімінде көбейтеді және осылайша базаға кететін шығынды арттырады.
Қазіргі платформалар
Белсенді түрде ұсынылып отырған қазіргі заманғы аспаптар кестесі көрсетілген:
| Платформа | X жүгірісін оқиды: (M) | Оқу ұзындығы: (жұптық *, мәліметтердің жартысы оқылады **) | Орындау уақыты: (d) | Кірістілік: (Gb) | Бағасы: (Гб / д) | Реактивтер: ($) | бір Гб үшін: ($) | сг-30х: ($) | Машина: ($) | Негізді орнатыңыз | Тәулігіне максималды теориялық өнім (Гб) | Ағымдағы орнату базасынан тәулігіне максималды жалпы өнім (Гб) |
| ILMN iSeq 100 1fcell | 4 | 150* | 077-1.28 | 1.2 | 0.79 | 650 | 542 | 54167 | 19.9K | 860 | 1.56 | 1341.6 |
| ILMN MiniSeq 1fcell | 25 | 150* | 1 | 7.5 | 7.5 | 1750 | 218 | 21800 | 49.5K | 1100 | 7.5 | 8250 |
| ILMN MiSeq 1fcell | 25 | 300* | 17/01/2020 | 15 | 7.5 | 1750 | 117 | 11700 | 99K | 7400 | 7.5 | 55500 |
| ILMN NextSeq 550 1fcell | 400 | 150* | 1.2 | 120 | 100 | 5125 | 43 | 4300 | 250K | 3600 | 100 | 360,000 |
| ILMN HiSeq 2500 RR 2фcell | 600 | 100* | 1.125 | 300 | 106.6 | 13920 | 46 | 4600 | 740K | 0 | 106.6 | 0 |
| ILMN HiSeq 2500 V3 2fcells | 3000 | 100* | 11 | 600 | 55 | 35300 | 59 | 5900 | 690K | 0 | 55 | 0 |
| ILMN HiSeq 2500 V4 2fcells | 4000 | 125* | 2.5 | 1000 | 166 | 33800 | 34 | 3400 | 690K | 1300 | 166 | 215,800 |
| ILMN HiSeq 4000 2селл | 5000 | 150* | 3.5 | 1500 | 400 | 34450 | 23 | 2300 | 900K | 400 | 400 | 160,000 |
| ILMN NextSeq 2000 P3 1fcell (2020 жылдың аяғында) | 1000 | 150* | 2 | 300 | 150 | 6000 | 20 | 2000 | 335K | 0 | 150 | 0 |
| ILMN HiSeq X 2fcells | 6000 | 150* | 3 | 1800 | 600 | 28440 | 16 | 1600 | 1M-1.2M | 400 | 600 | 240,000 |
| ILMN NovaSeq SP 2fcells | 1600 | 250* | 1.58 | 800 | 505.3 | 11700 | 15 | 1500 | 985K | 0 | 600 | 0 |
| ILMN NovaSeq S1 2fcells | 3200 | 150* | 1.66 | 1000 | 600 | 14000 | 14 | 1400 | 985K | 0 | 600 | 0 |
| ILMN NovaSeq S2 2 ұялы телефондары | 6600 | 150* | 1.66 | 2500 | 1506 | 32400 | 13 | 1300 | 985K | 0 | 0 | 0 |
| ILMN NovaSeq S4 2fcells * | 20000 | 150* | 1.83 | 6000 | 3600 | 65360 | 7.00 | 700 | 985K | 920 | 3600 | 3,312,000 |
| PACB RSII | 0.88 | 20K ** | 4.3 | 12 | 2.8 | 2400 | 200 | 24000 | 695K | 100 | 2.8 | 280 |
| PACB 8M Sequel II v2.0 chem 1 flowcell | 4 | 45K-185K ** | 1 | 30-180 | 25-650 | 1300 | 43.3-7.2 | 3897-648 | 350K | 114 | 650 | 74,100 |
| PACB 48M чипі R&D 1 flowcell | 24 | 45K-185K ** | 1 | 180-1080 | -- | 1300 | 7.2-1.2 | 648-108 | 350K | 0 | 1080 | 0 |
| TMO SOLID 5500 XL | 1400 | 60 | 7 | 180 | 30 | 10500 | 58.33 | 7000 | 595K | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 510 1 чип | 2 - 3 | 200-400 | 0.21 | 1 | 4.8 | 950 | 950 | 114000 | 65K | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 520 1 чип | 3 - 6 | 200-600 | 0.23 | 1 | 4.3 | 1000 | 500 | 60000 | 65K | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 530 1 чип | 20 | 200-600 | 0.29 | 4 | 13.8 | 1200 | 150 | 18000 | 65K | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion Genexus GX5 1 чипі | 48-60 | 200-400 | -- | 9.6-24 | -- | 3500 | 104.2-364.6 | 11196 | 65к | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 540 1 чип | 80 | 200 | 0.42 | 15 | 35.7 | 1400 | 93.3 | 11196 | 65к | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 550 1 чип | 130 | 200 | 0.5 | 25 | 50 | 1670 | 66.8 | 8016 | 65к | 0 | 0 | 0 |
| ONT Plate Flongle 1fcell = 1well (2020) | -- | 500-2000000 | 3 | 0.5/1 | -- | 25/50 | 100-25 | -- | -- | 0 | 0 | 0 |
| ONT SmidgION 1fcell | -- | 500-2000000 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | 0 | 0 | 0 |
| ONT Flongle 1fcell | -- | 500-2000000 | 0.7 | 1-2 | 1.3 | 90 | 90-45 | 8100-2700 | -- | 0 | 0 | 0 |
| ONT Minion Mk 1B 1fcell | -- | 500-2000000 | 3 | 17/30-50 | -- | 900-475 | 53-9.5 | 4770-885 | -- | 4500 | 15 | 67,500 |
| ONT GridION X5 5fcells | -- | 500-2000000 | 3 | 85/150-250 | -- | 900-475 | 53-9.5 | 4770-885 | 50K | 100 | 75 | 7,500 |
| ONT PromethION 48селл | -- | 500-2000000 | 2.6 | 3000/7000-15000 | -- | 2000-625 | 20-3 | 1400-315 | 285K | 45 | 5769 | 259,615 |
| QiaGen GeneReader | 48 | 100-150 | -- | 7.2 | -- | 500 | -- | -- | -- | 0 | 0 | 0 |
| MGI DNBSEQ-Tx 8fcells (2020) | 230000 | PE150 * | 3.5 | 70000 | 20000 | 70000 | 1 | 100 | -- | 0 | 20000 | 0 |
| MGI DNBSEQ-T7 4fcells | 20000 | PE150 * | 1 | 6000 | 6000 | 35000 | 5 | 500 | 1М | 20 | 6000 | |
| MGI DNBSEQ-G400RS 2 ұялы байланыс | 3600 | SE400 / PE200 * | 1.6 | 1440 | 900 | -- | 7 | 700 | 360K | 1 | 130 | -- |
| DNBSEQ-G50 2шығармалары | 300 | PE100 * | 2 | 60 | 30 | 21600 | 360 | 43200 | 320K | 1 | 30 | 30 |
| Genapsys 1M чипі | 1 | 150 | 1.17 | 0.15 | 0.1 | 100 | 667 | 80000 | 10K | 1 | 30 | 30 |
| Genapsys 16M чипі | 10 - 12 | 150 | 1.17 | 1.2-2 | NA | 300 | -- | -- | 10K | 1 | 30 | 30 |
| Genapsys 144M чипі (2020) | 144 | 150 | 1.17 | 21.6 | NA | 600 | 28 | 3333 | 10K | 1 | 30 | 30 |
Дамып жатқан технологиялар
ДНҚ секвенирлеу әдістерін дамытатын бірнеше жаңа стартаптар және ірі компаниялар бар:[1]
| Компания | Жалпы жиналған ақша (MUSD) | IPO немесе сатып алу кезінде жиналған ақша (MUSD) | Соңғы көтерілудегі немесе нарықтық деңгейдегі баға (MUSD) | IPOed компаниялар үшін компанияның бағасы (MUSD) | Қосымша ақпарат |
| Әмбебап тізбектеу технологиясы | 8 | 0 | 0 | 0 | http://41j.com/blog/2018/07/direct-genomics/ |
| Кванттық-SI | 0 | 0 | 0 | 0 | ақпарат |
| XGenomes | 0 | 0 | 1 | 0 | http://41j.com/blog/2018/12/quantumsi/ |
| QuantuMDx | 26.3 | 0 | 2 | 0 | https://techcrunch.com/2019/03/15/xgenomes-is-aching-dna-sequencing-to-the-masses/ |
| iNanoBio | 3.3 | 0 | 20 | 0 | http://41j.com/blog/2018/09/quantumdx/ |
| Centrillion Bioscience | 24.3 | 0 | 54 | 0 | http://41j.com/blog/2018/09/inanobio/ |
| Тікелей геномика | 34.8 | 0 | 0 | 0 | http://41j.com/blog/2018/07/centrillion-technologies/ |
| Куантопор | 50.6 | 0 | 93 | 0 | ақпарат |
| Онтера | 32.6 | 100 | 0 | -- | |
| LaserGen (сатып алынған) | 85 | 105 | 105 | 0 | -- |
| Stratos Genomics | 55.9 | 0 | 120 | 0 | http://41j.com/blog/2018/11/stratos-genomics/ |
| ReadCoor | 25.5 | 0 | 138 | 0 | -- |
| Розуэлл биотехнологиялары | 38 | 192 | 0 | http://41j.com/blog/2018/09/roswell-biotechnologies/ | |
| Омниом | 60 | 0 | 360 | 0 | ақпарат |
Әдебиеттер тізімі
- ^ «Next-Next-Gen-Sequencing.v1.8.1 @albertvilella». Google Docs. Алынған 2020-01-01.