Хосе В.Лопес - Jose V. Lopez

Хосе В.Лопес
Джо Гэлуэй.png
МарапаттарХалмос колледжінің жыл профессоры
Академиялық білім
Алма матерGeorgia Tech
Флорида штатының университеті
Джордж Мейсон университеті
Диссертация (1995)
Докторантура кеңесшісіСтивен Дж. О'Брайен
Әсер етедіЧарльз Дарвин, Алан Уоттс, Генри Дэвид Торо /Уолден, Линн Маргулис, Бенджамин Франклин
Оқу жұмысы
МекемелерСмитсон институты
Харбор филиалы Океанографиялық мекеме
Негізгі мүдделерэволюция, геномика, симбиоз, жүйелік микробиология,
Көрнекті жұмыстарЯдролық митохондриялық транспозиция, мысық митохондриялық геномының реттілігі, молекулалық генетика Орбицелла бауырластардың түрлері, теңіз губкасының генетикасы, GIGA, микробиомдар
Көрнекті идеялармитохондриялық ДНҚ транспозициясы

Хосе В.Лопес - американдық-филиппиндік молекулалық биолог. Ол биология факультеті және профессоры болған Нова Оңтүстік-Шығыс университеті (NSU).[1] Dania Beach FL-де 2007 жылдан бастап.

Оның докторлық диссертациясы митохондриялық ДНҚ-ның мысықтардың ядроларына транспозициясының сипаттамасын және NUMT (ядролық митохондриялық ДНҚ) жалпы эволюциялық геномика құбылысы ретінде.[2] Кейінгі жұмыс молекулалық генетиканы симбиозға және теңіз биологиясын зерттеуге қолдануға қатысты (мысалы, маржандар мен губкалар). Лопес сонымен бірге Ғалымдардың Ғаламдық Омыртқасыздар Геномикасы Альянсын (GIGA) бірлестігін құрумен танымал,[3] Порифера өмір ағашы және жердің микробиомы жобаларына қатысу және патогенді емес мезокосмалық модельдеу, модельдеу және отарлау үшін симбиоз туралы микробиологиялық ұғымдар туралы хабардарлықты арттыру.[4]

Мансап

Лопес бакалавр дәрежесін Джорджия технологиялық институтында алды. Содан кейін ол Флорида штатында (астында) молекулалық биологияға бағытталған ғылым магистрі дәрежесін алды Дж. Герберт Тейлор; бұрынғы және қайтыс болған Ұлттық ғылым академиясы Митохондриялық ДНҚ эволюциясын және оның жасушалық ядроларға ауысуын зерттейтін Фэйрфакстағы Джордж Мейсон Университетінде қоршаған орта биологиясы және мемлекеттік саясат саласындағы докторы («)NUMT «) мысықтардың ядролық геномдарында Ұлттық онкологиялық институттың Стивен Дж. О'Брайеннің геномика алуан түрлілігі зертханасында (қазіргі Ұлттық Ғылым Академиясының мүшесі) Фредерик м.ғ.д., доктор Лопес содан кейін доктордан кейінгі тағайындалуда өзінің молекулалық эволюциялық дайындығын қолданды. Нэнси Ноултон (қазіргі Ұлттық Ғылым академиясының мүшесі) Орбицелла (бұрын Монастраеа) сақиналы маржан бауырластар кешені Смитсон тропикалық ғылыми-зерттеу институты Панамада және доктор Ширли Помпонимен бірге теңіз губкасының генетикасы Харбор филиалы Океанографиялық институт Форт Пирс, Флорида. Соңғысы оған терең теңіз губкалары мен маржандарын зерттеу үшін Джонсон Sea-Link сүңгуір технологиясын қолдануға мүмкіндік берді. Лопестің теңіз губкалары туралы зерттеулері Оңтүстік Флоридадағы PBS «Губкалар: олар теңіздегі ең көне жануар ма?» Деректі фильмінде көрсетілген. ChangingSeas TV-де.[5] НМУ-дің Халмос жаратылыстану және мұхиттану колледжінде болған кезде, оның зертханасы геномика құралдарын теңіз омыртқасыздары-микробтарындағы әр түрлі сұрақтарға жауап берді. симбиоз,[6] микробиом экологиясы,[7][8] майға ұшыраған организмдердің геномикасы, криминалистика, метагеномика, сақтау геномикасы[9] және систематика / филогенетика. Профессор Лопес Мексика шығанағындағы терең торлы горизонттағы мұнай төгілгеннен кейін тамақтану тораптары мен микробтардың пелагиялық таралуын жақсы түсіну үшін Мексика шығанағының Deep Pelagic Nekton Dynamics (DEEPEND) консорциумының құрамына кіреді. Лопес журналдың қауымдастырылған редакторы қызметін атқарды Тұқым қуалаушылық журналы 2008 жылдан бастап. 2018 жылы ол НМУ Президентінің құрметті профессоры сыйлығымен марапатталды. Лопестің зерттеулері барысында үнемі пайда болатын екі негізгі тақырып - симбиоз және биологиялық әртүрлілік бірнеше деңгейде.

Жаһандық Омыртқасыздар Геномикасы Альянсы (GIGA)

Профессор Лопестің ынтымақтастық қабілеттілігі бар, сондықтан GIGA-ны қалыптастыру табиғи прогрессті қамтамасыз етті. GIGA-ның миссиясы - теңіз және су омыртқасыз жануарларының геномикасы бойынша зерттеулер мен студенттерді оқытуға ықпал ету.[10] Генетикпен алғашқы консультациялардан кейін Стивен Дж. О'Брайен және Genomes10K алғашқы геномды тізбектеу жобасының сәттілігін көріп, Лопес 2013 жылы GIGA құруға көшті.[11] Бұл негізінен тұжырымдаманы қолдайтын омыртқасыздар биологтарының үлкен және әр түрлі қауымдастығына жүгінуді талап етті. Содан кейін қыздар шеберханасын қаржыландыруға қолдау көрсетілді Американдық генетика қауымдастығы. GIGA көбінесе су жануарларына бағытталған, бірақ проблемалары (салыстырмалы түрде қол жетімді емес, жеке дара жануарлар, секвенцияға арналған ДНҚ аз), үлкен омыртқасыздар консорциумына, Insect5K (i5K) ұқсас.[12] GIGA және i5K қазір Жердің биоГеномы жобасы (EBP) шеңберінде «желілер желісін» құруға көмектеседі.[13] 2018 жылы желтоқсанда жердегі көп жасушалы биоалуантүрліліктің негізгі бөлігі - 1,5 миллион эукариоттың бүкіл геномын байқап, дәйектілігі үшін іске қосылды. Енді GIGA 2020 жылы коммерциялық емес ұйым ретінде тіркелу үшін жаңа офицерлерді сайлады. Лопес GIGA-ның алғашқы президенті болады.

Губкалар, микробтық симбионттар және микробтық қауымдастықтар

Теңіз губкаларын зерттеу жанама түрде теңіз микробтарын тудырды, өйткені Лопесте микробиология бойынша ресми дайындық болмаған. Губка биологиясы әр түрлі ғылыми көзқарастармен таң қалдырды: микробтар ең ежелгі тірі организмдер, ал губкалар эволюциялық метазоа ағашындағы ең көне топтардың бірін білдіреді; губкалар филомнан оқшауланған көптеген табиғи өнімдердің бастапқы көзі бола алатын әр түрлі микробтық симбионттарға ие. Соңғы аспект табиғи микробтық қауымдастыққа («микробиомға») қызығушылық туғызды, ол кейінгі жылдары бірнеше басқа экожүйелер мен хост модельдеріне дейін кеңейді.

Белгілі симбиоздан басқа,[14] Лопес бастапқыда губка микробиомалары теңіз суының ортасында қауымдастық үшін индикатор бола алады деп болжам жасады, өйткені губкалар фильтрлі қоректендіргіш болып табылады. Бұл гипотеза кейінірек ішінара ғана дәлелденді (губкалардың жоғары және төмен микробтық классификациясын қараңыз - HMA, LMA), өйткені өсіп келе жатқан дәлелдер губканың көптеген түрлері өздерінің бейімделген симбионттарын алып жүретіндігін көрсетті. Осыған қарамастан, Лопес рРНҚ-ға негізделген бактериялардың систематикасы кезінде пайда болған мәдениетке тәуелсіз молекулалық құралдарды қолданды.[15] Ақыр соңында молекулаларға негізделген идентификация жергілікті теңіз экожүйелеріне дейін судың сапасын болжаушылар ретінде кеңейе түсті, адамның терінің микробиомдары, криминалистикалық құралдар, ұзақ өмір сүруге ықтимал микробиомдық әсерін тексеру үшін миотис жарқанатының нәжісі және Флоридадағы Океехоби көлінің су алабы.

Өмір

Лопестің ата-анасы Филиппин университеті түлектер, клиникалық патолог Эрнесто Г. және Розарио Лопес, олар алғаш рет Нью-Йорктегі Бингемтон қаласында кездесті.[16] Ол Эми Дойл Плантация FL үйленді.[дәйексөз қажет ]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «НМУ жанындағы Халмос жаратылыстану-мұхиттану колледжі». cnso.nova.edu. Алынған 2019-03-01.
  2. ^ Лопес, Дж. В. Юхки, Н .; Масуда, Р .; Моди, В .; О'Брайен, Дж. (1994). «Нумт, жақында митохондриялық ДНҚ-ны үй мысығының ядролық геномына беру және тандемді күшейту». Молекулалық эволюция журналы. 39 (2): 174–90. дои:10.1007 / BF00163806 (белсенді емес 2020-09-10). PMID  7932781.CS1 maint: DOI 2020 жылдың қыркүйегіндегі жағдай бойынша белсенді емес (сілтеме)
  3. ^ GIGA ғалымдар қауымдастығы; Бракен-Гриссом, Х .; Коллинз, А.Г .; Коллинз, Т .; Крэндолл, К .; Дистел, Д .; Данн, С .; Джирибет, Г .; Хаддок С .; Ноултон, Н .; Мартиндейл, М .; Медина, М .; Мессинг, С .; О'Брайен, С.Дж .; Полай, Г .; Путнам, Н .; Раваси, Т .; Руз, Г.В .; Райан, Дж. Ф .; Шулце, А .; Ворхейде, Г .; Адамска, М .; Bailly, X .; Брейнхолт, Дж .; Браун, В. Е .; Диас, М. С .; Эванс, Н .; Флот, Дж. Ф .; Фогарти, Н .; т.б. (2014). «Әлемдік омыртқасыздар геномикасы альянсы (GIGA): омыртқасыздардың әртүрлі геномдарын зерттеу үшін қауымдастық ресурстарын дамыту». Тұқым қуалаушылық журналы. 105 (1): 1–18. дои:10.1093 / jhered / est084. PMC  4072906. PMID  24336862.
  4. ^ Лопес, Хосе V; Пейксото, Ракель С; Розадо, Александр С (22 тамыз 2019). «Болашақ болашақ: алдымен ғарыштан тыс микробтармен отарлау». FEMS микробиология экологиясы. 95 (10). дои:10.1093 / femsec / fiz127. PMC  6748721. PMID  31437273.
  5. ^ «ChangingSeas.TV Губка деректі фильм (801 серия)». www.changingseas.tv/.
  6. ^ Томас, Торстен (2016). «Жаһандық губка микробиомасы: базальды метазоан филумынан алынған симбиоз туралы түсініктер». Табиғат байланысы. 7 (11870): 11870. дои:10.1038 / ncomms11870. PMC  4912640. PMID  27306690.
  7. ^ Кэмпбелл, Александра; Флейшер, Джей; Синигальлиано, Христофор; Ақ, Джеймс; Лопес, Хосе (2015). «Оңтүстік-Флоридадағы рифтердің, кірістердің және сарқынды сулардың төгілуінің жағалық суларының теңіз бактериалды қауымдастығының әртүрлілігі». МикробиологияАшық. 4 (3): 390–408. дои:10.1002 / mbo3.245. PMC  4475383. PMID  25740409.
  8. ^ О'Коннелл, Лорен; Гао, ән; Флейшер, Джей; Лопес, Хосе (2018). «ДНҚ-ның жоғары өткізу қабілетін пайдалану арқылы портты Эверглэйдс кіретін микробиоманың ұсақ дәнді композициялық талдауы». PeerJ. 6: e4671. дои:10.7717 / peerj.4671. PMC  5947159. PMID  29761039.
  9. ^ Лопес, Хосе; Камел, Бишой; Медина, Моника; Коллинз, Тимоти; Баумс, Иллиана (2019). «Теңіз омыртқасыздарын сақтау геномикасының бірнеше қырлары. Жануарлар биологиялық ғылымдарының жылдық шолуы». Жануарлардың биологиялық ғылымдарының жылдық шолуы. 7: 473–497. дои:10.1146 / annurev-animal-020518-115034. PMID  30485758.
  10. ^ GIGA ғалымдар қауымдастығы; Бракен-Гриссом, Х .; Коллинз, А.Г .; Коллинз, Т .; Крэндолл, К .; Дистел, Д .; Данн, С .; Джирибет, Г .; Хэддок, С .; Ноултон, Н .; Мартиндейл, М .; Медина, М .; Мессинг, С .; О'Брайен, С.Дж .; Полай, Г .; Путнам, Н .; Раваси, Т .; Руз, Г.В .; Райан, Дж. Ф .; Шулце, А .; Ворхейде, Г .; Адамска, М .; Bailly, X .; Брейнхолт, Дж .; Браун, В. Е .; Диас, М. С .; Эванс, Н .; Флот, Дж. Ф .; Фогарти, Н .; т.б. (2014). «Әлемдік омыртқасыздар геномикасы альянсы (GIGA): омыртқасыздардың әртүрлі геномдарын зерттеу үшін қауымдастық ресурстарын дамыту». Тұқым қуалаушылық журналы. 105 (1): 1–18. дои:10.1093 / jhered / est084. PMC  4072906. PMID  24336862.
  11. ^ Коепфли, Клаус-Петр; Патен, Бенедикт; Genome 10K ғалымдар қауымдастығы (2015). «Геном 10K жобасы: алға басу жолы». Анну. Аян. Biosci. 3 (5): 57–111. дои:10.1146 / annurev-animal-090414-014900. PMC  5837290. PMID  25689317.
  12. ^ i5K консорциумы. (2013). «I5K бастамасы: білім, адам денсаулығы, ауыл шаруашылығы және қоршаған орта үшін буынаяқтылар геномикасын ілгерілету». Тұқым қуалаушылық журналы. 104 (5): 595–600. дои:10.1093 / jhered / est050. PMC  4046820. PMID  23940263. Алынған 20 қазан 2019.
  13. ^ Левин, Харрис; Робинсон, Джин; Кресс, Джон; Бейкер, Уильям (2018). «Earth BioGenome жобасы: өмірдің болашағы үшін өмірді ретке келтіру». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 115 (17): 4325–4333. дои:10.1073 / pnas.1720115115. PMC  5924910. PMID  29686065.
  14. ^ Уилкинсон, Клайв (1987). «Губка эволюциясы мен экологиясындағы микробтық симбионттардың маңызы». Симбиоз.
  15. ^ Pace, Norm (1997). «Микробтардың әртүрлілігі мен биосфераның молекулалық көрінісі». Ғылым. 276 (5313): 734–740. дои:10.1126 / ғылым.276.5313.734. PMID  9115194.
  16. ^ Нэнси Уилтси (1961 ж. 24 қыркүйек). «Кведдин-Лопес үйлену тойында филиппиндік дәстүр сақталды». Binghamton Sun-Bulletin.

Сыртқы сілтемелер

  • Жаһандық Омыртқасыздар Геномикасы Альянсы - GIGA [1]
  • DEEPEND консорциумы [2]
  • Porifera өмір ағашы жобасы [3]
  • Басқа жарияланымдар [4]
  • Жарияланбаған очерктер [5]