Эхинобаза - Echinobase

Эхинобаза
Urchin.png
Мазмұны
СипаттамаТеңіз кірпісі
АғзаларЭхинодермалар
Байланыс
Зерттеу орталығыhttp://beckmaninstitute.caltech.edu/crg.shtml
Кіру
Веб-сайтhttp://www.echinobase.org/

Эхинобаза эхинодермаға арналған әртүрлі геномдық және биологиялық деректерді каталогтайтын веб-ақпараттық жүйе қаптау. Жүйе гендік және транскриптомдық деректерді зерттеу үшін ген іздеу жүйесін, геномика шолғышын және басқа биоинформатика құралдарын ұсынады. Echinobase ақпараттық жүйесі сегіз эхинодермалық зерттеу модельдерінің ақпараттарына бағытталған: Strongylocentrotus purpuratus, Strongylocentrotus fransciscanus, Allocentrotus fragilis, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvimensis және Ophiothrix spiculata, Eucidaris tribuloides. Эхинобазаның мақсаты - даму процестері мен гендерді реттеу желілерін қоса, молекулалық биологиялық ғылымды қолдау.[1]

Бағдарламалық жасақтама, жабдық және платформа

Эхинобаза эхинодерма қабаты үшін салыстырмалы геномика платформасын ұсынады, оған Strongylocentrotus purpuratus, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvamensis және Ophiothrix spiculata геномдары мен транскриптомдары кіреді. Echinobase Maker 2, GLEANU, GLEAN, RepeatModeler құбыр желісі, генбанк, IPR сканерлеу, NCBI, BLAST, PubMed. Эхинобаза Drupal, PHP, CSS, JavaScript және PostgreSQL-ді қолданатын бұлтты ортада жұмыс істейді.

Құралдар және мазмұн

  • Эхинодермалар туралы түрлері бойынша (trongylocentrotus purpuratus, Patiria miniata, Lytechinus variegatus, Allocentrotus fragilis, Eucidaris tribuloides, Parastichopus parvimensis, Ophiothrix spiculata, Strongylocentrotus franciscanus).
  • Jbrowse
  • Жарылыс
  • Құралдар: ATAC-seq шолғышы, гендерді іздеу, Bac Table, кескіндер кітапханасы, Transcriptome іздеу
  • Генді іздеу
  • Гендік номенклатура бойынша нұсқаулық
  • Материалдар мен тәсілдер
  • Ресурстар (сүзгілер, бакс, SU кодонын пайдалану кестесі, QPCR праймерлер, Nanostring Codeset.
  • Әдебиеттерді іздеу: Эхинодеяға арналған Textpresso

Эхинобазаны қолданатын басылымдар мен зерттеулер

  • Жасушадан тыс матрицаны қайта құру және матрица металлопротеиназалар (ajMMP-2 тәрізді және ajMMP-16 тәрізді) ішектің регенерациясы кезіндегі сипаттама теңіз қияры Apostichopus japonicus.[2]
  • Тандемнің қысқа қайталануы, сегменттік қайталанулар, гендердің жойылуы және тез әртараптандырылған иммундық гендер отбасындағы геномдық тұрақсыздық.[3]
  • Талдау цитокинез арқылы электронды микроскопия.
  • Алдыңғы сигнал беру орталығы теңіз кірпігі эмбрионының алдыңғы нейроэктодермасын қалыптастырады және мөлшерлейді.[4]
  • Пост-геномдық дәуірдегі эхинодерманың дамуы мен эволюциясы.[5]
  • SpBase: теңіз кірпілерінің мәліметтер базасы және веб-сайт[6]
  • Кірпіктің теңіз геномы Strongylocentrotus purpuratus[7] (Теңіз кірпілерін ретке келтіру консорциумы. Ғылым.)

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Кудтаркар, Парул; Кэмерон, Р. Эндрю (2017-01-01). «Эхинобаза: эхинодермиялық геномдық ақпараттың кеңейтетін ресурсы». Дерекқор. 2017. дои:10.1093 / дерекқор / bax074. PMC  5737241. PMID  29220460.
  2. ^ Миао, Тинг; Вань, Цзюсуань; Күн, Лина; Ли, Сяони; Син, Лили; Бай, Юцен; Ванг, Азу; Янг, Хонгшенг (қазан 2017). «Apostichopus japonicus теңіз қиярының ішектің регенерациясы кезіндегі жасушадан тыс матрицаны қайта құру және матрицалық металлопротеиназаларды (ajMMP-2 тәрізді және ajMMP-16 тәрізді) сипаттау». Салыстырмалы биохимия және физиология. B бөлімі, биохимия және молекулалық биология. 212: 12–23. дои:10.1016 / j.cbpb.2017.06.011. ISSN  1879-1107. PMID  28687360.
  3. ^ Орен, Матан; Барела Хадгелл, Меган А .; Д’Аллура, Брайан; Агронин, Якоб; Гросс, Александра; Подини, Даниэль; Смит, Л.Кортни (2016-11-09). «Тез диверсификацияланған иммундық гендер отбасында қысқа тандемді қайталау, сегменттік қайталану, геннің жойылуы және геномдық тұрақсыздық». BMC Genomics. 17 (1): 900. дои:10.1186 / s12864-016-3241-x. ISSN  1471-2164. PMC  5103432. PMID  27829352.
  4. ^ Диапазон, Райан С .; Вэй, Чжэн (2016-05-01). «Алдыңғы сигнал орталығы теңіз кірпігі эмбрионының алдыңғы нейроэктодермасының өлшемдері мен өлшемдері». Даму. 143 (9): 1523–1533. дои:10.1242 / dev.128165. ISSN  1477-9129. PMC  4909856. PMID  26952978.
  5. ^ Кэри, Григорий А .; Хинман, Вероника Ф. (2017-07-15). «Пост-геномдық дәуірдегі эхинодерманың дамуы мен эволюциясы». Даму биологиясы. 427 (2): 203–211. дои:10.1016 / j.ydbio.2017.02.003. ISSN  1095-564X. PMID  28185788.
  6. ^ Кэмерон, Р. Эндрю; Саманта, Манодж; Юань, күз; Ол, Донг; Дэвидсон, Эрик (қаңтар 2009). «SpBase: теңіз кірпілері геномының мәліметтер қоры және веб-сайт». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 37 (Деректер базасы мәселесі): D750 – D754. дои:10.1093 / nar / gkn887. ISSN  0305-1048. PMC  2686435. PMID  19010966.
  7. ^ Теңіз кірпілерінің геномын ретке келтіру консорциумы; Содергрен, Е; Вайнсток, Г.М; Дэвидсон, Э. Х; Кэмерон, Р. Гиббс, Р. Angerer, R. C; Ангерер, Л.М; Арноне, М. Бержесс, Д. Берк, Р.Д; Кофман, Дж. А; Дин, М; Элфик, М. Эттенсон, C. A; Фольц, К.Р; Хамдун, А; Хайнс, Р.О; Клейн, В. Марзлуф, В; Макклей, Д. Моррис, Р. Мушегия, А; Раст, Дж. П; Смит, Л. Торндыке, М. С; Vacquier, V. D; Вессель, Г.М; Wray, G; т.б. (2006-11-10). «Теңіз геномы Urchin Strongylocentrotus purpuratus». Ғылым. 314 (5801): 941–952. дои:10.1126 / ғылым.1133609. ISSN  0036-8075. PMC  3159423. PMID  17095691.

Сыртқы сілтемелер

Гендік реттеу желілері