Деграгомалық реттілік - Degradome sequencing

Дегредомды дәйектілік (Degradome-Seq),[1][2] деп те аталады РНҚ-ны параллель талдау (PARE ),[1][2] 5'- өзгертілген нұсқасыCDNA ұштарының жылдам күшеюі (RACE), Illumina's SBS технологиясы сияқты өнімділігі жоғары, терең реттілік әдістерін қолдана отырып. Деградомалық реттілік РНҚ деградациясының заңдылықтарын талдауға арналған кешенді құралдарды ұсынады.

Сәйкестендіру үшін деградама реттілігі қолданылды микроРНҚ (miRNA бөлу учаскелері,[3] өйткені миРНҚ мРНҚ-ны экстенсивті және көбінесе комплементтілікпен мРНҚ-ның эндонуклеолитикалық бөлінуіне әкелуі мүмкін.[1][2] Деградомалық секвенция көптеген танымал және жаңа өсімдіктерді ашты miRNA (сиРНҚ мақсаттар.[1][2][4][5][6][7] Жақында жануарлардың (адам мен тышқанның) миРНК-дан алынған үзінділерін анықтау үшін деградама секвенциясы қолданылды.[8][9][10]

Сыртқы сілтемелер

  • starBase дерекқоры: microRNA бөлуге арналған сайттарды зерттеуге арналған мәліметтер базасы деградамды дәйектілік (Degradome-Seq) деректер.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. Неміс MA, Pillay M, Jeong DH, Hetawal A, Luo S, Janardhanan P, Kannan V, Rymarquis LA, Nobuta K, German R, De Paoli E, Lu C, Schroth G, Meyers BC, Green PJ (2008). «РНҚ-ның параллель анализі арқылы микроРНҚ-мақсатты РНҚ жұптарын ғаламдық сәйкестендіру». Нат. Биотехнол. 26 (8): 941–946. дои:10.1038 / nbt1417. PMID  18542052.
  2. ^ а б c г. Addo-Quaye C, Eshoo TW, Bartel DP, Axtell MJ (2008). «Арабидопсис деградасының тізбектелуімен анықталған эндогендік сиРНК және миРНҚ нысандары». Curr. Биол. 18 (10): 758–762. дои:10.1016 / j.cub.2008.04.042. PMC  2583427. PMID  18472421.
  3. ^ Томсон, DW; Бракен, CP; Goodall, GJ (2011-06-07). «MicroRNA мақсатты сәйкестендірудің эксперименттік стратегиялары». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (16): 6845–6853. дои:10.1093 / nar / gkr330. PMC  3167600. PMID  21652644.
  4. ^ Янг ХХ, Ли ДжХ, Шао П, Чжоу Х, Чен YQ, Qu LH (2011). «starBase: Argonaute CLIP-Seq және Degradome-Seq мәліметтерінен microRNA-mRNA өзара әрекеттесу карталарын зерттеуге арналған мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдары. 39 (Деректер базасы мәселесі): 1–8. дои:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  5. ^ Хендерсон, И.Р .; Jacobsen, S. E. (2008). «Кесілген ұштарды ретке келтіру микроРНҚ-ны анықтайды». Табиғи биотехнология. 26 (8): 881–882. дои:10.1038 / nbt0808-881. PMC  2989925. PMID  18688239.
  6. ^ Ву, Л .; Чжан, С .; Чжоу, Х .; Ни, Ф .; Ву, Х .; Qi, Y. (2009). «Күріш MicroRNA эффекторы кешендері мен мақсаттары». Онлайн режиміндегі өсімдік клеткасы. 21 (11): 3421–35. дои:10.1105 / tpc.109.070938. PMC  2798332. PMID  19903869.
  7. ^ Панталео, V .; Сзиття, Г .; Моксон, С .; Миоззи, Л .; Мултон, V .; Далмай, Т .; Бургян, Дж. (2010). «Жүзімдіктің микроРНҚ-ын және олардың мақсаттық көрсеткіштерін анықтау, жоғары өткізу қабілеттілігі мен деградаомдық талдауды қолдану». Зауыт журналы. 62 (6): 960–76. дои:10.1111 / j.0960-7412.2010.04208.x. PMID  20230504.
  8. ^ Шин, С .; Нам, Дж. В .; Фарх, K. K. H .; Чианг, Х. Р .; Шкуматава, А .; Bartel, D. P. (2010). «MicroRNA мақсатты кодын кеңейту: орталықтандырылған жұптастырумен функционалды сайттар». Молекулалық жасуша. 38 (6): 789–802. дои:10.1016 / j.molcel.2010.06.005. PMC  2942757. PMID  20620952.
  9. ^ Каргинов, Ф.В .; Челуфи, С .; Чонг, М. Старк, А .; Смит, Д .; Hannon, G. J. (2010). «Сүтқоректілердің транскриптомындағы әртүрлі эндонуклеолитті бөлшектеу аймақтары MicroRNA, Дроша және қосымша нуклеаздарға тәуелді». Молекулалық жасуша. 38 (6): 781–8. дои:10.1016 / j.molcel.2010.06.001. PMC  2914474. PMID  20620951.
  10. ^ Бракен, CP; Шуберт, Дж .; Mercer, TR; Дингер, мен; Томсон, DW; Маттик, Дж .; Майкл, МЗ; Goodall, GJ (2011-03-22). «Сүтқоректілердің РНҚ деградаомын жаһандық талдау миРНҚ-ға тәуелді және миРНҚ-тәуелсіз эндонуклеолитикалық бөлінуді анықтайды». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (13): 5658–5668. дои:10.1093 / nar / gkr110. PMC  3141239. PMID  21427086.