Дөңгелек РНҚ (циррНҚ) мәліметтер қоры және ресурстар - Circular RNA (circRNA) databases and resources

Жылы молекулалық биология, Дөңгелек РНҚ (цирРНҚ) класына жатады дөңгелек РНҚ тіршіліктің барлық патшалықтарында кездесетін молекулалар.[1][2][3] 2013 жылғы зерттеулер цирРНҚ-ның маңызды реттеуші рөл атқаратындығын көрсетті miRNA белсенділік. Зерттеушілер CDR1as circRNA miR-7 рөлін атқаратынын анықтады супер-губка онда сол транскриптінде сол miR-7-ден 70-ке жуық мақсатты сайттар бар.[4][5] Басқа тестиске тән цирРНҚ, жынысты анықтайтын аймақ Y (Sry), а ретінде табылды miR-138 губка.[6] ЦирРНҚ түзілуіндегі миРНҚ губкасының эффектілері жалпы құбылыс болуы мүмкін деген болжамды мысалдар, миР-7 бірнеше онкогендердің экспрессиясын модуляциялайтындықтан, ciRS-7 / miR-7 өзара әрекеттесуі қатерлі ісікке байланысты жолдарда маңызды рөл атқаруы мүмкін.[7]

Бұл Дөңгелек РНҚ (циррНҚ) мәліметтер қоры және ресурстар жиынтығы болып табылады мәліметтер базасы және циррНҚ үшін қолданылатын веб-порталдар мен серверлер.

Аты-жөніСипаттаматүріСілтемеӘдебиеттер тізімі
circRNABasecircRNABase мыңдаған цирРНҚ-дан және 108 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) miRNA-circRNA өзара әрекеттесу желілерін декодтауға арналған.дерекқорвеб-сайт[8]
айналма базаcircBase көпшілікке арналған CircRNA мәліметтер жиынтығын зерттеп, өзіңіздің (ribominus) РНҚ-деректері бойынша циррНҚ-ны табу үшін қажет питонның сценарийлерін жүктеңіз.дерекқорвеб-сайт[9]
CircNetCircNet қоғамдық және жаңа цирРНҚ-ны және циррНҚ-miRNA өзара әрекеттесулерін тіркейді. Барлық ақпарат интерактивті пайдаланушы интерфейсінде ұсынылған және жүктеуге қол жетімді.дерекқорвеб-сайт[10]
Circ2TraitsCirc2Traits аурулары мен белгілеріне байланысты дөңгелек РНҚ үшін толық мәліметтер базасын жасайды.дерекқордерекқор[11]
Гокоол және басқалар. 2019 жАдам миындағы дөңгелек РНҚ экспрессиясының ландшафтыресурсресурс[12]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Мемчак, С; Дженс, М; Elefsinioti, A; Торти, F; Крюгер, Дж; Рыбак, А; Майер, Л; Маковяк, СД; Грегерсен, ЛХ; Мюншауэр, М; Loewer, A; Зиебольд, У; Ландталер, М; Кокс, С; le Noble, F; Раджевский, N (21 наурыз, 2013). «Дөңгелек РНҚ - бұл реттеуші потенциалы бар жануарлардың РНҚ-ның үлкен класы». Табиғат. 495 (7441): 333–338. Бибкод:2013 ж. 495..333М. дои:10.1038 / табиғат11928. PMID  23446348.
  2. ^ Хансен, ТБ; Дженсен, ТИ; Клаузен, BH; Брамсен, Дж.Б. Финсен, Б; Дамгаард, CK; Кжемс, Дж (2013 ж. 21 наурыз). «Табиғи РНҚ шеңберлері тиімді микроРНҚ губкалары ретінде жұмыс істейді». Табиғат. 495 (7441): 384–388. Бибкод:2013 ж. 495..384H. дои:10.1038 / табиғат11993. PMID  23446346.
  3. ^ Косик, KS (2013 ж. 21 наурыз). «Молекулалық биология: шеңберлер РНҚ әлемін өзгертеді». Табиғат. 495 (7441): 322–324. Бибкод:2013 ж. 495..322K. дои:10.1038 / табиғат11956. PMID  23446351.
  4. ^ Мемчак, С; Дженс, М; Elefsinioti, A; Торти, F; Крюгер, Дж; Рыбак, А; Майер, Л; Маковяк, СД; Грегерсен, ЛХ; Мюншауэр, М; Loewer, A; Зиебольд, У; Ландталер, М; Кокс, С; le Noble, F; Раджевский, N (21 наурыз, 2013). «Дөңгелек РНҚ - бұл реттеуші потенциалы бар жануарлардың РНҚ-ның үлкен класы». Табиғат. 495 (7441): 333–338. Бибкод:2013 ж. 495..333М. дои:10.1038 / табиғат11928. PMID  23446348.
  5. ^ Хансен, ТБ; Дженсен, ТИ; Клаузен, BH; Брамсен, Дж.Б. Финсен, Б; Дамгаард, CK; Кжемс, Дж (2013 ж. 21 наурыз). «Табиғи РНҚ шеңберлері тиімді микроРНҚ губкалары ретінде жұмыс істейді». Табиғат. 495 (7441): 384–388. Бибкод:2013 ж. 495..384H. дои:10.1038 / табиғат11993. PMID  23446346.
  6. ^ Хансен, ТБ; Дженсен, ТИ; Клаузен, BH; Брамсен, Дж.Б. Финсен, Б; Дамгаард, CK; Кжемс, Дж (21 наурыз, 2013). «Табиғи РНҚ шеңберлері тиімді микроРНҚ губкалары ретінде жұмыс істейді». Табиғат. 495 (7441): 384–388. Бибкод:2013 ж. 495..384H. дои:10.1038 / табиғат11993. PMID  23446346.
  7. ^ Хансен, ТБ; Кжемс, Дж; Damgaard, CK (15 қыркүйек, 2013). «Циркулярлы РНҚ және миР-7 қатерлі ісік». Онкологиялық зерттеулер. 73 (18): 5609–5612. дои:10.1158 / 0008-5472. CAN-13-1568. PMID  24014594.
  8. ^ Li, JH; Лю, С; Чжоу, Н; Qu, LH; Янг, Дж. (1 қаңтар, 2014). «starBase v2.0: CLIP-Seq ауқымды деректерінен miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA және белок-РНҚ өзара әрекеттесу желілерін декодтау». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (1): D92-7. дои:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.
  9. ^ Мемчак, С; Дженс, М; Elefsinioti, A; Торти, F; Крюгер, Дж; Рыбак, А; Майер, Л; Маковяк, СД; Грегерсен, ЛХ; Мюншауэр, М; Loewer, A; Зиебольд, У; Ландталер, М; Кокс, С; le Noble, F; Раджевский, N (21 наурыз, 2013). «Дөңгелек РНҚ - бұл реттеуші потенциалы бар жануарлардың РНҚ-ның үлкен класы». Табиғат. 495 (7441): 333–338. Бибкод:2013 ж. 495..333М. дои:10.1038 / табиғат11928. PMID  23446348.
  10. ^ Лю, Ю-Чен; Ли, Цзян-Ронг; Күн, Чуан-Ху; Эндрюс, Эрик; Чао, Ру-Фанг; Лин, Фэн-Мао; Вэн, Шун-Лонг; Хсу, Шэн-Да; Хуанг, Чиэхен (2016-01-04). «CircNet: транскриптоматикалық дәйектіліктен алынған дөңгелек РНҚ мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 44 (D1): D209-215. дои:10.1093 / nar / gkv940. ISSN  1362-4962. PMC  4702939. PMID  26450965.
  11. ^ Ghosal, S; Das, S; Сен, Р; Басак, П; Чакрабарти, Дж (2013). «Circ2Traits: аурумен және белгілермен байланысты циркулярлы РНҚ үшін толық мәліметтер базасы». Генетикадағы шекаралар. 4: 283. дои:10.3389 / fgene.2013.00283. PMC  3857533. PMID  24339831.
  12. ^ Гокоол, А; Анвар, Ф; Voineagu, I (2019). «Адамның миындағы дөңгелек РНҚ экспрессиясының пейзажы». Биологиялық психиатрия. дои:10.1016 / j.biopsych.2019.07.029. PMID  31570194.

circbase.org түпнұсқа қағаз [1]

Сыртқы сілтемелер

  1. ^ РНҚ. 2014 ж. Қараша; 20 (11): 1666-70. дои: 10.1261 / рна.043687.113. Epub 2014 қыркүйек. 18. цирк негізі: дөңгелек РНҚ-ға арналған мәліметтер базасы. Глажар P1, Папавасилиеу П1, Раджевский N2.