CS-ROSETTA - CS-ROSETTA

CS-ROSETTA -дан алынған конформациялық ақпарат негізінде биологиялық макромолекулалардың құрылымын есептеудің негізі болып табылады NMR, ол ROSETTA деп аталатын биомолекулалық модельдеу және жобалау бағдарламалық жасақтамасының үстіне салынған. ROSETTA-ның осы тармағы үшін CS-ROSETTA атауы оның бірігуінен шыққан NMR химиялық ауысым (CS ) ROSETTA құрылымын болжау хаттамалары бар деректер.[1] Бағдарламалық жасақтама кейіннен қосымшаға дейін кеңейтілді NMR сәйкес қалдық параметрлері, мысалы, қалдық диполярлық муфталар (RDC ),[2] ЖОҚ қашықтықты шектеу,[3] псевдоконтакты химиялық ауысулар (ДК )[4] және гомологиялық белоктардан алынған шектеулер.[5] Бұл бағдарламалық жасақтаманы басқа молекулалық модельдеу протоколдарымен бірге пайдалануға болады, мысалы, ақуыз олигомерлерін модельдеу.[6] Сонымен қатар, CS-ROSETTA химиялық ауысым резонансын тағайындау алгоритмдерімен біріктіріліп, толықтай автоматтандырылған болуы мүмкін NMR құрылымды анықтау құбыры.[7][8] CS-ROSETTA бағдарламалық жасақтамасы академиялық мақсатта еркін қол жетімді және коммерциялық мақсатта лицензиялануы мүмкін (орнату бойынша нұсқаулық ). Бағдарламалық жасақтама нұсқаулық және оқулықтар қолдау веб-сайтында берілген https://csrosetta.chemistry.ucsc.edu/.

ROSETTA бағдарламалық жасақтамасы C ++ тілінде жазылған. CS-ROSETTA а-мен бірге таратылады құралдар жәшігі Python-да жазылған, бұл кіріс файлдарын дайындауды, ауқымды есептеулерді орнатуды және модельдеу нәтижелерін өңдеуден кейін жеңілдетеді. CS-ROSETTA есептеулері айтарлықтай есептеу күштерін қажет етеді және әдетте параллель 200-2000 процестермен жүзеге асырылады компьютерлік кластерлер пайдаланып Хабарлама беру интерфейсі (MPI) байланыс үшін.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Шен, У; Ланге, О; Delaglio, F; Росси, П; Арамини, Дж .; Лю, Г; Елецкий, А; Ву, У; т.б. (2008). «NMR химиялық ауысымының мәліметтері бойынша соқыр ақуыз құрылымының дәйекті генерациясы». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 105 (12): 4685–90. Бибкод:2008PNAS..105.4685S. дои:10.1073 / pnas.0800256105. PMC  2290745. PMID  18326625.
  2. ^ Раман, С .; Ланж, О.Ф .; Росси, П .; Тыка М .; Ванг, Х .; Арамини, Дж .; Лю, Г .; Рамелот, Т.А .; т.б. (2010). «Тек магистральдық деректерді қолдана отырып, үлкенірек белоктарға арналған құрылымды анықтау». Ғылым. 327 (5968): 1014–8. Бибкод:2010Sci ... 327.1014R. дои:10.1126 / ғылым.1183649. PMC  2909653. PMID  20133520.
  3. ^ Ланж, О.Ф .; Росси, П .; Сгоракис, Н.Г .; Ән, Ы .; Ли, Х.-В .; Арамини, Дж. М .; Ертекин, А .; Сяо Р .; т.б. (2012). «Deuterated үлгілерден сирек NMR мәліметтерімен CS-Rosetta қолдану арқылы 40 кДа дейінгі белоктардың ерітінді құрылымын анықтау». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 109 (27): 10873–8. Бибкод:2012PNAS..10910873L. дои:10.1073 / pnas.1203013109. PMC  3390869. PMID  22733734.
  4. ^ Шмитц, С; Вернон, Р; Otting, G; Бейкер, D; Хубер, Т (2012). «Розетта көмегімен псевдоконтактты ауысымнан ақуыз құрылымын анықтау» (PDF). Молекулалық биология журналы. 416 (5): 668–77. дои:10.1016 / j.jmb.2011.12.056. PMC  3638895. PMID  22285518. Архивтелген түпнұсқа (PDF) 2012-07-12.
  5. ^ Томпсон, Дж. М .; Сгуракис, Г .; Лю, Г; Росси, П; Тан, У; Миллс, Дж. Л .; Шиперский, Т; Монтелионе, Дж. Т .; Бейкер, D (2012-06-19). «NMR сирек деректерін және құрылымның гомологты ақпаратын қолдану арқылы ақуыз құрылымын дәл модельдеу». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 109 (25): 9875–9880. дои:10.1073 / pnas.1202485109. ISSN  0027-8424. PMC  3382498. PMID  22665781.
  6. ^ Сгуракис, Г .; Ланге, Ф.; DiMaio, F; Андре, мен; Фицки, С С .; Росси, П; Монтелионе, Дж. Т .; Бакс, А; Бейкер, D (2011-04-27). «Ядролық химиялық ауысымдар мен қалдық диполярлық муфталардан симметриялы ақуыз олигомерлерінің құрылымын анықтау». Американдық химия қоғамының журналы. 133 (16): 6288–6298. дои:10.1021 / ja111318m. ISSN  0002-7863. PMC  3080108. PMID  21466200.
  7. ^ Lange, O F. (2014-07-01). «CS-RASREC-Rosetta автоматты түрде NOESY тағайындау». Биомолекулалық ЯМР журналы. 59 (3): 147–159. дои:10.1007 / s10858-014-9833-3. ISSN  0925-2738. PMID  24831340.
  8. ^ Евангелидис, Т; Нерли, С; Новачек, Дж; Бреретон, А .; Карплус, P. A; Dotas, R R .; Вендити, V; Сгуракис, Г .; Tripsianes, K (2018-01-26). «Автоматты NMR резонанстық тағайындаулар және минималды 4D спектрлер жиынтығын пайдаланып құрылымды анықтау». Табиғат байланысы. 9 (1): 384. дои:10.1038 / s41467-017-02592-z. ISSN  2041-1723. PMC  5786013. PMID  29374165.

Сыртқы сілтемелер