C15немесе 39 - C15orf39

C15немесе 39
C15orf39.png хромосомалары
15-хромосома
Идентификаторлар
ТаңбаC15немесе 39
NCBI гені56905
HGNC24497
RefSeqNP_056307.2
UniProtQ6ZRI6

C15немесе 39 Бұл ақуыз адамдарда 15-хромосома кодталған ашық оқылым шеңбері 15 (C15orf39) ген.

Джин

Орналасқан жері

C15orf39 орналасқан 15-хромосома (15q24.2), плюс бойынша 75487985-75504515-тен 16,53 килобайтты қамтиды ДНҚ жіп.[1] C15orf39 үшеуі бар экзондар және жеті интрондар.[1][2]

C15orf39 15-хромосомада орналасуы.[3]

мРНҚ

Isoforms

C15orf39 үшін кодтау реттілігі мРНҚ 4443 негізгі жұптар ұзақ.[4] C15orf39 гені жеті мРНҚ транскрипциясын шығарады, оның ең ұзақ кодталған изоформасы 1047 құрайды аминқышқылдары ұзын, ал ең қысқасы - кесілген 27 амин қышқылы 3' Соңы.[5]

Өрнек

Адам тіндеріндегі C15orf39 экспрессиясы.[6]

C15orf39 жоғары деңгейде көрсетілген үштік ганглион, жоғарғы мойын ганглионы, толық қан, және жүрек. C15orf39 төмен экспрессия деңгейлері табылды желке лобы және PB-CD19 + В-жасушалар.[6]

.

.

Ұрықтағы және ересек ретикулоциттердегі C15orf39 орнында будандастыру.[7]

C15orf39 өрнек деңгейлері ұрық және ересек адамдар ретикулоциттер экспрессияның әртүрлі деңгейлерін көрсетті (P <0.0001), ересек ретикулоциттер ұрық жасушаларына қарағанда көп C15orf39 көрсетеді.[7]

.

.

.

.

Ақуыз

Жалпы сипаттар

C15orf39 модификацияланбаған молекулалық масса 110,6 кДА.[2][8] Модификацияланған молекулалық масса 110,7 кДА құрайды.[9] C15orf39 орташа деңгейден жоғары деңгейден тұрады пролин (≈17%), және жетіспейді изолейцин (≈1%) және аспарагин (≈1%).[10] Екеуі де жақын (Он үш қатарлы жердегі тиін ) және алыс (Крест-Ибис ) ортологтар пролиннің орташа деңгейінен, ал изолейцин мен аспарагиннің төмен деңгейлерінен тұрады.

Домендер мен мотивтер

C15orf39 домендері. P = Фосфорлану, A = Ацетилдену, SUMO = Сумойлдану, O = O-гликозилдену.

C15orf39-де болжанған төрт домен бар. Оның екеуі - пролин бай және аланин бай домендер. UL36 ақуызының үлкен домені адамның вирустық циклін реттеуде маңызды Герпес вирусы 1 (HHV-1), оның ішінде вирусты тасымалдау капсид дейін ядролық тесіктер кешені және ішкі және сыртқы вирустық тегументті капсидтерді біріктіру.[11] Ақырында WH2 домені, WASP-гомологиясының домені 2, ұзындығы шамамен 18 амин қышқылдары және ан ретінде қызмет етеді актин байланыстырушы домен.[12] WH2 өндіруге мүмкіндік беретін актин мономерлерін байланыстырады актин жіптері.

Аудармадан кейінгі модификация

Болжалды аудармадан кейінгі модификация C15orf39 құрамына кіреді фосфорлану, ацетилдеу, жиынтықтау, және o-гликозилдену. Маңызды амин қышқылы - ацетил және сумо-тобы ковалентті бекітілген К17.[2][13] Сондай-ақ, фосфорланған және о-гликозил тобы бар T970.[14][15] Трансляциядан кейінгі болжанған барлық модификация алыс және қатаң орлогтарда сақталды.

Болжалды PTM және екінші құрылымды көрсететін C15orf39 C-терминалының тұжырымдамалық аудармасы.
PTMАминоқышқылдың орналасуы
Фосфорлану[14]S208, S322, S467, S496, S497, T970
Ацетилдеу[2]K17
Сумоляция[13]K17, K57, K154, K358, K569, K975
Сумоляцияның өзара әрекеттесуі[13]462-466
O-гликозилдену[15]S497, T970

.

.

.

.

.

Құрылым

Альфа спиралдары C15orf39 ақуызында болжанған қызыл түске боялған және кездейсоқ катушкалар тотығу түрінде ұсынылған. Жоқ бета парақтары бөлігі деп болжанған болатын екінші құрылым C15orf39 үшін. Модельделмеген аминқышқылдары деп болжанған кездейсоқ катушкалар.[16]

C-терминалының C15orf39 үшін үшінші құрылымы.[17]

Ішкі ұялы локализация

C15orf39 орналасқан деп болжануда цитозол жасушаның[18]

Ақуыздардың өзара әрекеттесуі

Протеиндермен әрекеттесу скринингтері C15orf39 көптеген ақуыздармен, соның ішінде RPLP1 және EIF4ENIF1-мен өзара әрекеттесуін көрсетті. C15orf39 өзара әрекеттесуі анықталды RPLP1 (Үлкен рибосомалық суббірлік ақуыз P1), а цитоплазмалық ақуыз, жоғары өнімді ашытқы екі гибридті скринингтік. RPLP1 қышқыл рибосомалық ұзарту қадамында маңызды суббірлік транскрипция.[19][20] EIF4ENIF1 (Eukaryotic Translation Initiation Factor 4E Transporter) - бұл нуклеоцитоплазмалық ақуыз, ол аударма арасындағы eIF4E бастамашылық факторы ядро және цитоплазма.[21] C15orf39 және EIF4ENIF1 арасындағы ақуыздардың өзара әрекеттесуі анықталды жақындықты ұстау.[22]

Гомология

Паралогтар

Белгілі біреуі жоқ параллельдер адамның C15orf39 геніне арналған.[23]

Ортологтар

The ортолог C15orf39 кеңістігі сияқты алыс туыстарды қамтиды шеміршекті балықтар сияқты Rhincodon типусы (кит акуласы ) және ұқсас қатаң сүтқоректілер сияқты қатаң Горилла адам ақуызының 99% дәйектілігі бар.[24][25] The филогенетикалық ағаш төменде көрсетілген эволюциялық оның ортологтарындағы C15orf39 ақуыз тізбегінің қатынасы.[26]

Таңдаулы C15orf39 ортологтарына арналған филогенетикалық ағаш.[26]
Ғылыми атауыЖалпы атыМЯАқуызға қол жеткізу #Ұзындығы (AA)% Жеке басын куәландыратын
Homo sapiensАдам0NP_0563071,047100
Горилла горилла гориллаГорилла9.06XP_004056588.11,04799
Ictidomys tridecemlineatusОн үш қатарлы жердегі тиін90XP_005316869.11,03280
Equus caballusЖылқы96XP_023509136.11,03379
Delphinapterus leucasБелуга киті96XP_022435768.11,04178
Loxodonta africanaАфрикалық Буш слоны105XP_003413993.11,07275
Omithorhynchus anatinusПлатипус177XP_007656779.11,11937
Gekko japonicusGekko Japonicus312XP_015267003.11,38751
Nipponia NipponЖіңішке Ибис312XP_009468021.11,04632
Xenopus laevisАфрикалық тырнақ бақа352XP_018111022.11,47540
Rhincodon типусыКит акуласы473XP_020392571.11,49131

Дивергенция

Ортологтардағы C15orf39, фибриноген және цитохром С кезектілік дивергенциясының жылдамдығы.[27]

График C15orf39 ақуызының жылдам екенін көрсетеді дамушы. C15orf39 дәйектілігі тез дамып келе жатқанға қарағанда тезірек өзгерді фибриноген адамдағы ақуыз.[27]

.

.

.

.

.

.

.

.Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б [email protected], Даниэль Тьерри-Миг және Жан Тьерри-Миг, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Ген: C15orf39, mRNA немесе ESTsAceView бар адам, тышқан және құрт гендерінің толық аннотациясы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-02-19.
  2. ^ а б c г. «сипатталмаған ақуыз C15orf39 [Homo sapiens] - ақуыз - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-02-19.
  3. ^ «C15orf39 хромосомасы 15 ашық оқу рамкасы 39 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-05.
  4. ^ «Homo sapiens хромосомасы 15 ашық оқу рамасы 39 (C15orf39), mRNA - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-05.
  5. ^ «Ген: C15orf39 (ENSG00000167173) - Қысқаша мазмұны - Homo sapiens - Ensembl genome browser 92». useast.ensembl.org. Алынған 2018-05-05.
  6. ^ а б «GDS596 / 204495_s_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-05.
  7. ^ а б «GDS2655 / 204494_s_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-05.
  8. ^ Деректер базасы, GeneCards Адам гені. «C15orf39 гені - генеокарттар | CO039 ақуыз | CO039 антидене». www.genecards.org. Алынған 2018-02-19.
  9. ^ «C15orf39 - антиденелер - адам ақуызы атласы». www.proteinatlas.org. Алынған 2018-05-05.
  10. ^ «PSORT II Болжамы». psort.hgc.jp. Алынған 2018-05-05.
  11. ^ «UL36 - денеддилазаның үлкен тегументті ақуызы - адамның герпесвирусы 1 (штамм 17) (HHV-1) - UL36 гені және ақуызы». www.uniprot.org. Алынған 2018-05-05.
  12. ^ «ELM - эукариоттық сызықтық мотивтік ресурстарды іздеу». elm.eu.org. Алынған 2018-05-05.
  13. ^ а б c «GPS-SUMO онлайн қызметі». жаһандық позициялау жүйесі. 20 сәуір, 2018 жыл.[тұрақты өлі сілтеме ]
  14. ^ а б «GPS 3.0 - киназаға тән фосфорлану учаскесін болжау». gps.biocuckoo.org. Алынған 2018-05-05.
  15. ^ а б «5ADC962700006D04C7682FA1 жарамдылық мерзімі өткен». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2018-05-05.
  16. ^ UCBL, Biologie Institut et Chimie des Proteines - UMR5086 - CNRS -. «NPS @: GOR4 екінші ретті құрылымын болжау». npsa-prabi.ibcp.fr. Алынған 2018-05-06.
  17. ^ «Болжам бойынша жұмыс жіберу». raptorx.uchicago.edu. Алынған 2018-05-05.
  18. ^ «C15orf39 - сипатталмаған ақуыз C15orf39 - хомо сапиенс (адам) - C15orf39 гені мен ақуызы». www.uniprot.org. Алынған 2018-02-19.
  19. ^ Деректер базасы, GeneCards Адам гені. «RPLP1 гені - GeneCards | RLA1 протеині | RLA1 антиденесі». www.genecards.org. Алынған 2018-05-06.
  20. ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (қыркүйек 2005). «Адамның ақуыз бен ақуыздың өзара әрекеттесу желісі: протеомға түсініктеме беретін қор». Ұяшық. 122 (6): 957–68. дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.
  21. ^ Деректер базасы, GeneCards Адам гені. «EIF4ENIF1 Гени - Ген-карталар | 4ET протеин | 4ET антидене». www.genecards.org. Алынған 2018-05-06.
  22. ^ Boldt K, van Reeuwijk J, Lu Q, Koutroumpas K, Nguyen TM, Texier Y және т.б. (Мамыр 2016). «Органеллаларға тән белоктық ландшафт жаңа аурулар мен молекулалық механизмдерді анықтайды». Табиғат байланысы. 7: 11491. дои:10.1038 / ncomms11491. PMC  4869170. PMID  27173435.
  23. ^ «Ген: C15orf39 (ENSG00000167173) - Қысқаша мазмұны - Homo sapiens - Ensembl genome browser 91». useast.ensembl.org. Алынған 2018-02-26.
  24. ^ «сипатталмаған ақуыз C15orf39 гомолог изоформасы X1 [Rhincodon typus] - ақуыз - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-06.
  25. ^ «БАҒДАРЛАМАСЫ: сипатталмаған белок C15orf39 гомологы [Gorilla gorilla g - Protein - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2018-05-06.
  26. ^ а б «Бірізділікті туралау - CLUSTALW». www.genome.jp. Алынған 2018-05-06.
  27. ^ а б «TimeTree :: Timescale Life». www.timetree.org. Алынған 2018-05-06.