Биопаннерлеу - Biopanning

Биопаннерлеу таңдайтын жақындығын таңдау әдісі пептидтер берілгенмен байланыстырады мақсат.[1] Комбинаторлық пептидтік кітапханалар көмегімен биопаннерлеу нәтижесінде алынған барлық пептидтік тізбектер арнайы еркін қол жетімді мәліметтер базасында сақталды. BDB.[2][3] Бұл әдіс көбінесе таңдау үшін қолданылады антиденелер да.

Биопаннерлеу пептидтерді іріктеуге арналған 4 негізгі қадамдарды қамтиды.[4] Бірінші қадам - ​​болу фаг дисплейі кітапханалар дайындалды. Бұл шетелдік қалауды енгізуді қамтиды ген аймағына сегменттер бактериофаг пептидті өнім бактериофагтың вирионының бетінде пайда болатын етіп, геномды құрайды. PIII немесе pVIII of гендері жиі қолданылады бактериофаг M13.[5] Келесі қадам - ​​түсіру қадамы. Бұл фагтар кітапханасын қажетті мақсатқа біріктіруді қамтиды. Бұл процедура панорамалау деп аталады. Ол байланыстырушы өзара әрекеттесуді тек бактериофаг ұсынатын арнайы пептидтер ғана мақсатқа байланыстыратын етіп пайдаланады. Мысалы, бактериофагпен қапталған антиденені таңдау антиген микротрит тәрелкелерінде.

Жуу қадамы байланыстырылмаған фагтарды қатты бетінен жуу үшін түсіру сатысынан кейін келеді. Тек жақын туыстықты байланыстырылған фагтар сақталады. Соңғы саты рН немесе қоршаған ортаның басқа жағдайларының өзгеруі арқылы байланысқан фагтар элюцияланатын сатыдан тұрады.

Түпкілікті нәтиже - бактериофаг өндіретін пептидтер. Алынған жіп тәрізді фагтар инфекцияны жұқтыруы мүмкін грамтеріс бактериялар тағы бір рет фаг кітапханаларын шығарады. Цикл бірнеше рет орын алуы мүмкін, нәтижесінде пептидтерді мақсатқа байланыстырады.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Эрлих Г.К., Бертольд В. және Бэйлон П. Фагтарды көрсету технологиясы. Жақындықты биопландау арқылы таңдау. Молекулалық биологиядағы әдістер. 2000. 147: 195-208
  2. ^ Ол, Бифанг; Чай, Гуоши; Дуань, Яоконг; Ян, Цзицян; Цю, Люйян; Чжан, Хуйсён; Лю, Цэчун; Ол, Цян; Хан, Ке (2016-01-04). «BDB: биопаннинг мәліметтер банкі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 44 (D1): D1127–1132. дои:10.1093 / nar / gkv1100. ISSN  1362-4962. PMC  4702802. PMID  26503249.
  3. ^ Хуанг, Дж; Ru, B; Чжу, П; Ни, Ф; Янг, Дж; Ванг, Х; Дай, П; Лин, Н; Гуо, ФБ; Rao, N (3 қараша, 2011). «MimoDB 2.0: мимотоптық деректер базасы және одан тысқары». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (1): D271-7. дои:10.1093 / nar / gkr922. PMC  3245166. PMID  22053087.
  4. ^ Mandecki W, Chen YC және Grihalde N. Пептидтік кітапханаларды филаментті фагта қолдану арқылы биопаннерлеудің (жақындықты таңдау) математикалық моделі. Теориялық биология журналы. 1995. 176:523-530
  5. ^ Смит Г.П. және Скотт Дж. Жіп тәрізді фагта көрсетілген пептидтер мен ақуыздардың кітапханалары. Фермологиядағы әдістер. 1993. 217:228-257