BAli-Phy - BAli-Phy
| Әзірлеушілер | Benjamin Redelings |
|---|---|
| Тұрақты шығарылым | 3.5 / 2 20 наурыз |
| Жазылған | C ++ |
| Операциялық жүйе | Windows, macOS, UNIX, Linux |
| Түрі | Биоинформатика құралы |
| Лицензия | GPLv2 |
| Веб-сайт | бали-фи |
BAli-Phy бір уақытта бағалауға арналған ақысыз бағдарламалық жасақтама бірнеше реттілікті туралау және оның филогенетикалық ағаш. BAli-Phy теңестіруді бағалау кезінде жоғары дәлдікке бірге бағаланған филогения ақпаратын қолдану арқылы қол жеткізеді. BAli-Phy мүмкін болатын теңестірулерден орташаландыру арқылы филогенияны бағалау кезінде туралау белгісіздігін ескереді. Филогения туралы қорытынды шығаратын бағдарламалық жасақтамадан айырмашылығы, енгізу тізбектерін алдын-ала туралау қажет емес. Бұл түзету мен филогенезді бағалаудың дәстүрлі тәсілдерінен ерекшеленеді, олар алдымен сызықты жоғары сапалы ағаш бағасынсыз бағалайды, содан кейін түзу берілген ағашты бағалайды.
BAli-Phy а Байес артқы бөлу түзулерде де, ағашта да. Бағдарламалық жасақтама туралауда да, ағашта да белгісіздік көрсетеді. BAli-Phy қолданады Марков тізбегі Монте-Карло бағалау әдістері. Жүгіру үшін бірнеше күн кетуі мүмкін.
Түзудің белгісіздігі
Туралаудың белгісіздігі екі негізгі көзден туындайды: оңтайлы туралау және эволюциялық параметр белгісіздігі. Эволюциялық параметрлерге тармақтардың ұзындығы, алмастыру жылдамдығы, енгізу / жою жылдамдығы және филогенияның өзі жатады. Егер осы параметрлердің нақты мәні белгісіз болса және туралау сметасы параметрге сезімтал болса, онда туралауды сенімді түрде білуге болмайды.
Эволюциялық параметрлер толығымен белгілі болған кезде де, көптеген әртүрлі туралау оңтайлы немесе оңтайлы болуы мүмкін. Бұл жағдайда зерттеуші кез-келген теңестіруге сенімді бола алмайды, бірақ оңтайлы туралаудың бұлтына орташалануы керек.
BAli-Phy мүмкін болатын туралау мен параметр мәндеріне интеграциялау арқылы оңтайландыру деңгейінің анықталмауын да, эволюциялық параметр белгісіздігін де басқара алады.
Кіріс және шығыс
BAli-Phy қабылдайды нуклеотид, амин қышқылы, және кодон бірізділік FASTA форматы. Кірістер тізбегін туралау қажет емес. R және Y сияқты қос мағыналы нуклеотидтерге, сондай-ақ B, Z және J екіұшты аминқышқылдарына қолдау көрсетіледі.
Ағаштар шығарылады Жаңа формат. Туралау FASTA форматында шығарылады. Шығарылатын туралауға ағаштың ішкі түйіндеріндегі реттілікке арналған гомологиялық ақпарат кіреді.