Аденовирус геномы - Adenovirus genome
Аденовирус геномдар сызықты, сегменттелмеген екі тізбекті (ds) ДНҚ ұзындығы 26-46 Kbp, құрамында 23-46 молекулалар ақуызды кодтау гендер.[1] Келесі сипаттама үшін мысал адамның аденовирусы E, a мастаденовирус құрамында 38 белокты кодтайтын ген бар 36 Kbp геномымен.[2] Гендердің нақты саны мен идентификациясы аденовирустар арасында әр түрлі болғанымен, геномды ұйымдастырудың негізгі принциптері мен осы мақалада сипатталған гендердің көпшілігінің функциялары барлық аденовирустарға ортақ.
Транскрипция бірліктері
Адам Аденовирусы Е геномындағы 38 ген 17-де орналасқан транскрипция бірлік, әрқайсысы 1-8 кодтау тізбегін қамтиды.[3] Әрбір транскрипция қондырғысы шығарған алдын-ала mRNA-ны өңдеу кезіндегі балама қосылыс бірнеше түрлі мүмкіндік береді мРНҚ бір транскрипция бірлігінен шығарылуы керек.
E1A, E1B, E2A, E2B, E3 және E4 транскрипция бірліктері бірінен соң бірі транскрипцияланады. вирустық репродуктивті цикл. Осы транскрипция қондырғыларындағы гендермен кодталған ақуыздар көбінесе вирустық транскрипцияны реттеуге қатысады шағылыстыру вирустық ДНҚ және инфекцияға иесінің реакциясын басу.[4]
L1-L5 транскрипциясы бірліктері кейінірек вирустық репродуктивті циклде транскрипцияланады және көбінесе вирустық капсидтің компоненттерін құрайтын немесе капсидті жинауға қатысатын белоктар үшін кодталады. L1-L5 транскрипция бірліктері барлығы бірдей реттеледі промоутер және сол транскрипцияны бастайтын сайтпен бөлісіңіз. Нәтижесінде барлық кеш транскрипцияның барлық бірлігінің транскрипциясы вирустық репродуктивті циклдің бір нүктесінде басталады.[5]
Транскрипциясы алдын-ала мРНҚ кеш промоутерден басталатын бес учаскенің бірінде кездейсоқ тоқтатылып, бес түрлі ұзындықтағы транскрипттердің популяциясын шығарады. Кез келген берілген ұзындықтағы алдын-ала мРНҚ-лар сол кезде болады балама түрде біріктірілген протеиндердің тиісті санына кодтайтын 1-4 түрлі мРНҚ алу.
Ақуызды кодтайтын гендер
Адамның Аденовирус Е геномындағы 38 ақуызды кодтайтын гендердің атаулары, орналасуы және қасиеттері келесі кестеде келтірілген.[6][7]
| Протеин атауы | Ақуыз идентификаторы | Транскрипция бірлігі | Бастау негізі | Тоқтату негізі | Strand | Ұзындығы (аминқышқылдары) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| E1A ақуызын бақылау | YP_068018.1 | E1A | 576 | 1441 | + | 257 |
| E1B 19K ақуызын бақылау | YP_068019.1 | E1B | 1600 | 2115 | + | 171 |
| E1B 55K ақуызын бақылау | YP_068020.1 | E1B | 1905 | 3356 | + | 483 |
| капсидті ақуыз IX | YP_068021.1 | IX | 3441 | 3869 | + | 142 |
| қоршау ақуыз IVa2 | YP_068022.1 | IVa2 | 3930 | 5554 | - | 448 |
| ДНҚ-полимераза | YP_068023.1 | E2B | 5033 | 13773 | - | 1193 |
| ақуыз 13,6K | YP_001661328.1 | L1 | 7814 | 9476 | + | 139 |
| соңғы ақуыздың ізашары pTP | YP_068024.1 | E2B | 8404 | 13773 | - | 642 |
| 52K ақуызы | YP_068025.1 | L1 | 10765 | 11937 | + | 390 |
| капсид ақуызының ізашары pIIIa | YP_068026.1 | L1 | 11961 | 13736 | + | 591 |
| пентон негізі (капсидтік ақуыз III) | YP_068027.1 | L2 | 13815 | 15422 | + | 535 |
| pVII негізгі ақуыздың ізашары | YP_068028.1 | L2 | 15426 | 16007 | + | 193 |
| негізгі ақуыз V | YP_068029.1 | L2 | 16055 | 17080 | + | 341 |
| негізгі протеин рХ | YP_068030.1 | L2 | 17103 | 17336 | + | 77 |
| капсид ақуызының ізашары pVI | YP_068031.1 | L3 | 17413 | 18141 | + | 242 |
| гексон (II капсидтік ақуыз) | YP_068032.1 | L3 | 18248 | 21058 | + | 936 |
| протеаза | YP_068033.1 | L3 | 21082 | 21702 | + | 206 |
| бір тізбекті ДНҚ-мен байланысатын ақуыз | YP_068034.1 | E2A-L | 21774 | 23312 | - | 512 |
| hexon құрастыру ақуызы 100K | YP_068035.1 | L4 | 23341 | 25716 | + | 791 |
| ақуыз 33K | YP_068036.1 | L4 | 25439 | 26252 | + | 214 |
| инкапсидациялық ақуыз 22К | YP_068037.1 | L4 | 25439 | 25978 | + | 179 |
| pVIII капсид ақуызының ізашары | YP_068038.1 | L4 | 26321 | 27004 | + | 227 |
| бақылау ақуызы E3 12.5K | YP_068039.1 | E3 | 27005 | 27325 | + | 106 |
| мембраналық гликопротеин E3 CR1-альфа | YP_068040.1 | E3 | 27279 | 27911 | + | 210 |
| мембраналық гликопротеин E3 gp19K | YP_068041.1 | E3 | 27893 | 28417 | + | 174 |
| мембраналық гликопротеин E3 CR1-бета | YP_068042.1 | E3 | 28449 | 29111 | + | 220 |
| мембраналық гликопротеин E3 CR1-дельта | YP_068043.1 | E3 | 29440 | 30264 | + | 274 |
| мембраналық ақуыз E3 RID-альфа | YP_068044.1 | E3 | 30273 | 30548 | + | 91 |
| мембраналық ақуыз E3 RID-бета | YP_068045.1 | E3 | 30554 | 30994 | + | 146 |
| бақылау ақуызы E3 14.7K | YP_068046.1 | E3 | 30987 | 31388 | + | 133 |
| ақуыз U | YP_068047.1 | U | 31481 | 31632 | - | 50 |
| талшық (IV ақуыз капсид) | YP_068048.1 | L5 | 31649 | 32926 | + | 425 |
| E4orf6 / 7 ақуызын бақылау | YP_068049.1 | E4 | 33022 | 34169 | - | 141 |
| E4 34K ақуызын бақылау | YP_068050.1 | E4 | 33270 | 34169 | - | 299 |
| E4orf4 ақуызын бақылау | YP_068051.1 | E4 | 34072 | 34440 | - | 122 |
| E4orf3 ақуызын бақылау | YP_068052.1 | E4 | 34449 | 34802 | - | 117 |
| E4orf2 ақуызын бақылау | YP_068053.1 | E4 | 34799 | 35188 | - | 129 |
| E4orf1 ақуызын бақылау | YP_068054.1 | E4 | 35236 | 35610 | - | 124 |
Көптеген аденовирустық ақуыздардың функциялары белгілі:[5]
- Құрылымдық белоктарға капсид ақуыздары II (гексон ), III (пентон негізі), IIIа, IV (талшық), VI, VIII және IX; және V, VII, X негізгі ақуыздары және ақырғы ақуыз TP.
- Вирустық капсидтерді біріктіруге IVa2, 52K және L1 энкапсидациясы ақуыздары мен 100K гексонды құрастыру ақуыздары қатысады.
- L3 протеазы жетілген вирустық ақуыздарды алу үшін pTP, pVI, pVII, pVIII және IIIa вирустық прекурсорларының белоктарын бөліп алады.
- Басқарушы ақуыз E1A вирустық гендердің, сонымен қатар қабылдаушы жасуша гендерінің транскрипциясын белсендіреді.
- Бақылау ақуызы E1B 19K Bcl-2 жасушалық ақуыздың әсерін имитациялау арқылы апоптозды басады.
- E1B 55K бақылаушы ақуызы р53 транскрипциялық реттегішімен байланысады және инактивациялайды, осылайша қалыпты түрде р53 активтендірілген гендердің транскрипциясын блоктайды және апоптоздың басылуына ықпал етеді.
- E2A және E2B транскрипция қондырғыларымен кодталған үш ақуыздың барлығы вирустық ДНҚ репликациясына қатысады. Аденовирустың ДНҚ репликациясы вирустық ДНҚ-ның әр ұшынан басталып, TP ақуызын (РНҚ-дан гөрі) праймер ретінде қолданады, сондықтан вирустық ДНҚ-полимераза геномның барлық негіздерін қайталайды.
- Мембраналық ақуыз E3 RID-альфа және мембраналық ақуыз E3 RID-бета апоптозды тежеуге ықпал ететін әр түрлі молекулалық функцияларды орындайды.[8]
- CR1 бета мембраналық гликопротеин иесінің иммундық реакциясын модуляциялайды.[9]
- Мембраналық гликопротеин E3 gp19K хост клеткасының мембранасына I класты MHC ақуыздарының енуін тежейді, осылайша Т-жасушалық лимфоциттердің иесі жасушаға вирус жұқтырғанын мойындамайды.[10]
- E3 14.7K протеинін бақылаушы вирусты хосттың вирусқа қарсы реакцияларынан қорғайды.[11]
- E4 транскрипциясының басқарушы ақуыздары вирустық ДНҚ-ның транскрипциясын реттеуге қатысады.[12]
Әдебиеттер тізімі
- ^ «Вирустар - толық геномдар». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «Адам аденовирусы геномы». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «Адам аденовирусына шолу». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «Аденовирустар». МикробиологияБайттар. Архивтелген түпнұсқа 2013-04-20. Алынған 2013-01-17.
- ^ а б Брантон, Филипп; Марцеллус, Ричард С. (2011). «23». Николас Х. Ахесонда (ред.) Аденовирустар. Молекулалық вирусология негіздері (2 басылым). John Wiley & Sons, Inc.
- ^ «Адам аденовирусына арналған ақуыздар туралы мәліметтер». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ Рассел, ДС (қаңтар 2009). «Аденовирустар: құрылымы мен қызметі туралы жаңарту». Жалпы вирусология журналы. 90 (Pt 1): 1-20. дои:10.1099 / vir.0.003087-0. PMID 19088268. Архивтелген түпнұсқа 2014-10-31. Алынған 2013-01-17.
- ^ «PHA3612: рецепторлардың интерализациясы және альфа ақуызының деградациясы». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «PHA3620: бета мембрана гликопротеин CR1». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «PHA3615: E3 gp19K ақуызы». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «PHA3613: E3 14.7K ақуыз». NCBI. Алынған 2013-01-17.
- ^ «PHA3605: бақылау ақуызы E4orf4». NCBI. Алынған 2013-01-17.